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万見
- PDB-7ulc: Crystal structure of queuine salvage enzyme DUF2419 mutant D231N,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ulc
タイトルCrystal structure of queuine salvage enzyme DUF2419 mutant D231N, in complex with queuosine-5'-monophosphate
要素Queuosine salvage protein DUF2419
キーワードHYDROLASE / 7-deazaguanine salvage / queuosine / tRNA modification
機能・相同性Queuosine salvage protein family / Queuosine salvage protein / tRNA-guanine transglycosylation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / hydrolase activity / Chem-56B / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Queuosine 5'-phosphate N-glycosylase/hydrolase
機能・相同性情報
生物種Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Hung, S.-H. / Swairjo, M.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM70641 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110588-06A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of Qng1-mediated salvage of the micronutrient queuine from queuosine-5'-monophosphate as the biological substrate.
著者: Hung, S.H. / Elliott, G.I. / Ramkumar, T.R. / Burtnyak, L. / McGrenaghan, C.J. / Alkuzweny, S. / Quaiyum, S. / Iwata-Reuyl, D. / Pan, X. / Green, B.D. / Kelly, V.P. / de Crecy-Lagard, V. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuosine salvage protein DUF2419
B: Queuosine salvage protein DUF2419
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4605
ポリマ－74,3752
非ポリマー1,0853
水4,774265
1
A: Queuosine salvage protein DUF2419
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6772
ポリマ－37,1881
非ポリマー4891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Queuosine salvage protein DUF2419
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7833
ポリマ－37,1881
非ポリマー5952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.254, 106.254, 157.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Queuosine salvage protein DUF2419


分子量: 37187.699 Da / 分子数: 2 / 変異: D231N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_2331 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: D1C7A6
#2: 化合物 ChemComp-56B / 2-amino-5-({[(1S,4S,5R)-4,5-dihydroxycyclopent-2-en-1-yl]amino}methyl)-7-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one


タイプ: RNA linking / 分子量: 489.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N5O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 % / 解説: Long, thin clustered crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M Sodium malonate, 0.1 M HEPES, 0.5% (v/v) Jaffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 62834 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 1056419
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.99-2.029.93.56630800.1911.1573.7550.96199.4
2.02-2.0612.73.14530990.3570.8933.2720.97299.9
2.06-2.114.72.59430870.4610.6852.6841.001100
2.1-2.1416.42.33130900.530.5822.4040.985100
2.14-2.1917.51.98530890.6530.482.0421100
2.19-2.2417.51.48231160.7430.3591.5261.006100
2.24-2.316.41.16430900.8040.2931.2010.99899.9
2.3-2.3617.41.03831160.8610.2521.0691.01199.9
2.36-2.4318.60.8631130.9120.2010.8841.007100
2.43-2.5118.50.68431160.9410.160.7031.001100
2.51-2.618.10.58631200.9490.1390.6031.011100
2.6-2.717.70.44631050.9710.1070.4591.009100
2.7-2.8216.20.33931410.9750.0860.351.01699.9
2.82-2.9718.30.23931310.9910.0560.2461.008100
2.97-3.1618.40.17131380.9950.040.1761.002100
3.16-3.418.10.11131820.9970.0260.1141.004100
3.4-3.7416.60.06731550.9980.0170.0690.96799.8
3.74-4.2918.70.04732080.9990.0110.0480.952100
4.29-5.417.20.03632400.9990.0090.0370.90699.5
5.4-50170.03134180.9990.0070.0310.89999.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-3000v721.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000v721.3データ削減
REFMAC5.8.0267位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7U07

7u07


解像度: 1.99→47.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.1715 / WRfactor Rwork: 0.1437 / FOM work R set: 0.9153 / SU B: 6.229 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.3231 / SU Rfree: 0.1141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1715 2817 4.9 %RANDOM
Rwork0.1437 ---
obs0.1451 54109 90.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.75 Å2 / Biso mean: 32.533 Å2 / Biso min: 13.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→47.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 73 267 5367
Biso mean--33.99 37.42 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0145362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.677336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9481.6410846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7725658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18919.762336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07615799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3151565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021083
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.253310009
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.5825113
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.831510020
LS精密化 シェル解像度: 1.991→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 24 -
Rwork0.349 538 -
all-562 -
obs--12.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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