[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7ugk: Crystal structure of the human queuine salvage enzyme DUF2419, wi... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ugk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the human queuine salvage enzyme DUF2419, wild-type apo form | |||||||||
![]() | Queuosine salvage protein DUF2419 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / 7-deazaguanine salvage / queuosine / tRNA modification | |||||||||
Function / homology | Queuosine salvage protein family / Queuosine salvage protein / tRNA modification / tRNA-guanine transglycosylation / Queuosine salvage protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hung, S.-H. / Swairjo, M.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of Qng1-mediated salvage of the micronutrient queuine from queuosine-5'-monophosphate as the biological substrate. Authors: Hung, S.H. / Elliott, G.I. / Ramkumar, T.R. / Burtnyak, L. / McGrenaghan, C.J. / Alkuzweny, S. / Quaiyum, S. / Iwata-Reuyl, D. / Pan, X. / Green, B.D. / Kelly, V.P. / de Crecy-Lagard, V. / Swairjo, M.A. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 302 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 243.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7u07SC ![]() 7u1oC ![]() 7u5aC ![]() 7u91C ![]() 7uk3C ![]() 7ulcC ![]() 8dl3C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 39361.777 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 37.52 % / Description: Long, thin clustered crystals |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: 0.2M NaCl, 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 18, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→50 Å / Num. obs: 56376 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 371082 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7U07 Resolution: 1.78→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1603 / WRfactor Rwork: 0.1317 / FOM work R set: 0.9393 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.05 / SU Rfree: 0.0986 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.5 Å2 / Biso mean: 20.888 Å2 / Biso min: 9.63 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→49.34 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.781→1.827 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|