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- PDB-7ula: Structure of the Pseudomonas putida AlgKX modification and secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ula
タイトルStructure of the Pseudomonas putida AlgKX modification and secretion complex
要素(Alginate biosynthesis protein ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase / TPR / complex / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Alginate biosynthesis protein AlgX, C-terminal carbohydrate-binding module / Alginate biosynthesis protein AlgX, N-terminal / AlgX, C-terminal domain superfamily / C-terminal carbohydrate-binding module / AlgX/AlgJ, SGNH hydrolase-like domain / SGNH hydrolase-like domain, acetyltransferase AlgX / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat ...: / Alginate biosynthesis protein AlgX, C-terminal carbohydrate-binding module / Alginate biosynthesis protein AlgX, N-terminal / AlgX, C-terminal domain superfamily / C-terminal carbohydrate-binding module / AlgX/AlgJ, SGNH hydrolase-like domain / SGNH hydrolase-like domain, acetyltransferase AlgX / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Alginate biosynthesis protein AlgK / Alginate biosynthesis protein AlgX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Gheorghita, A.A. / Li, E.Y. / Pfoh, R. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the AlgKX modification and secretion complex required for alginate production and biofilm attachment in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Gheorghita, A.A. / Li, Y.E. / Kitova, E.N. / Bui, D.T. / Pfoh, R. / Low, K.E. / Whitfield, G.B. / Walvoort, M.T.C. / Zhang, Q. / Codee, J.D.C. / Klassen, J.S. / Howell, P.L.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alginate biosynthesis protein AlgK
A: Alginate biosynthesis protein AlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,66113
ポリマ－104,9052
非ポリマー75611
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area33770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.950, 169.950, 143.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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Alginate biosynthesis protein ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Alginate biosynthesis protein AlgK


分子量: 50415.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algK, PP_1285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88NC7
#2: タンパク質 Alginate biosynthesis protein AlgX / Probable alginate O-acetyltransferase AlgX


分子量: 54489.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algX, PP_1282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q88ND0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH = 8.5, 0.01 M Nickel (II) chloride, 20% (w/v) PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.512 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.512 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→46 Å / Num. obs: 38142 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 61.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 2.46→2.548 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Num. unique obs: 3741 / CC1/2: 0.666 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E4B, 4KNC

3e4b

4knc


解像度: 2.46→46 Å / SU ML: 0.4365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1916 5.03 %
Rwork0.2154 36189 -
obs0.2173 38105 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5628 0 31 27 5686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8597860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9897817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.520.4091240.39692520X-RAY DIFFRACTION99.44
2.52-2.590.41381300.35612557X-RAY DIFFRACTION99.56
2.59-2.670.34241450.32682508X-RAY DIFFRACTION99.89
2.67-2.750.351330.29252599X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.850.30241420.2862540X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.960.32511280.2862575X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.10.33371370.26182554X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.260.29691390.23962574X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.470.27051500.21772562X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.730.22741300.20242584X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.110.18441410.17482598X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.70.23011450.16762601X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.920.22571350.19142643X-RAY DIFFRACTION100
5.93-460.22261370.22774X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.741230526868-0.0732536434686-1.212577277320.05806977659990.04427106672052.094568673260.0573152355564-0.690487042509-0.5027836475060.968973022374-0.0504423257672-0.2469377701860.0118121268579-0.120344572045-0.2891457293210.6504821112350.3064610385540.06621874531221.614233207410.3182804760861.02654079654.60230677489-35.4422481113-15.0952032188
22.38199277754-0.755173908917-2.43424212950.9058006477840.6184985156072.513866504690.8752707725863.098756791850.539537559541-1.37695958961-0.614964690263-0.423453789904-1.5258683618-2.202416880260.1692546678721.30055447189-0.391340970645-0.274252182081.567572539210.1471873014530.743764724503-0.588103720174-44.1406027189-12.732382802
32.31466202971-0.6446620246481.329031667396.5692561425-0.6572566180555.21407377068-0.480723936239-0.4648245490390.1533348646510.2815430494140.0819518995353-0.5483311022410.3597963963890.1312836872820.8397208018361.16119922221-0.14766202346-0.1119352481251.992344183830.1227221924220.662574362875-1.86323156007-30.7748845512-6.04924228619
42.09818903578-0.232462195115-0.8612848552791.57782456173-0.8205835118961.029237718450.168755020097-1.23161526836-1.016749738880.551933750531-0.0437391397926-0.136050400289-0.0721972213114-0.301387109572-0.1949321243590.607072008551-0.229037174535-0.08627825644691.055099473170.2351916835740.769138541489-7.34402646375-31.6552568033-17.6719972314
53.45476953385-0.2357090541521.191159626522.244968082060.7630146236293.150445618040.177641320529-1.44135563464-0.1670286795591.05653675787-0.06494704106160.04166218525850.16504458581-0.223233210236-0.1447402846530.658611766914-0.03503745532490.06714333326640.7568368633130.1016368773930.610384905297-8.39284062397-21.3583237567-22.3902620283
65.895987345060.396440514055-0.1921588602183.407717555450.3136820699573.726353090710.13066769317-0.950693129381.13437208520.2501752182340.232453207238-0.0983342003136-0.534663675818-0.134693268147-0.164047591850.547677014012-0.01128690406590.09605090906190.403966013223-0.002505979428940.540942959376-4.62332444552-12.2040451266-28.8303029533
73.431723153851.152170950892.152138612770.986891725613-0.6956965199275.104479928740.04120229974130.278464013493-0.2292178023440.3021214519880.5253050823060.2215549141530.793530668437-0.0620333117558-0.2221318662560.518116306016-0.05572281761690.001284618898820.4446998480750.05485488275180.733762960149-8.44973746986-23.3794130461-35.5892218084
82.70202722207-2.952579392810.4480769267953.49258682271-0.9857952331327.248616120420.2158693041270.564142910030.548459593004-0.09485317070850.4248309449170.007384243068930.0528442832680.344197021497-0.3921227043990.490997034193-0.0934456157957-0.03510452543720.5333612687580.007692320102690.511981175696-5.43643049022-19.8843360385-44.90929451
93.39710923062-1.26172867044-0.1705740514334.76938790272-0.7104354682582.757180269960.3240312572490.8375070609040.678401895631-0.866634530936-0.164447787286-0.9772945820340.5297250663810.7084331800530.1065590751841.03799809348-0.04656800093780.1339690056820.7411277748150.01045253458860.6713968820290.114969207925-23.3339445127-52.9248876132
102.54756535545-0.2634134034960.1032001989752.808123478780.1620547787271.41395829775-0.202470948209-0.5466195787810.01507784387740.06028795122120.192019568803-0.3545471711430.1621013969120.00790851870493-0.04251084275280.4592367395710.0547765647512-0.0628635941850.5775000800310.001907545692480.614464369682-3.91718646062-35.416399944-55.678203805
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 139 through 148 )BA139 - 1482 - 11
22chain 'B' and (resid 149 through 160 )BA149 - 16012 - 19
33chain 'B' and (resid 161 through 172 )BA161 - 17220 - 31
44chain 'B' and (resid 173 through 192 )BA173 - 19232 - 51
55chain 'B' and (resid 193 through 223 )BA193 - 22352 - 82
66chain 'B' and (resid 224 through 243 )BA224 - 24383 - 102
77chain 'B' and (resid 244 through 264 )BA244 - 264103 - 125
88chain 'B' and (resid 265 through 298 )BA265 - 298126 - 159
99chain 'B' and (resid 299 through 314 )BA299 - 314160 - 175
1010chain 'B' and (resid 315 through 347 )BA315 - 347176 - 208
1111chain 'B' and (resid 348 through 396 )BA348 - 396209 - 259
1212chain 'B' and (resid 397 through 408 )BA397 - 408260 - 271
1313chain 'B' and (resid 409 through 457 )BA409 - 457272 - 320
1414chain 'A' and (resid 29 through 52 )AJ29 - 521 - 24
1515chain 'A' and (resid 53 through 180 )AJ53 - 18025 - 152
1616chain 'A' and (resid 181 through 231 )AJ181 - 231153 - 203
1717chain 'A' and (resid 232 through 264 )AJ232 - 264204 - 229
1818chain 'A' and (resid 265 through 345 )AJ265 - 345230 - 310
1919chain 'A' and (resid 346 through 382 )AJ346 - 382311 - 342
2020chain 'A' and (resid 383 through 409 )AJ383 - 409343 - 369
2121chain 'A' and (resid 410 through 469 )AJ410 - 469370 - 429
2222chain 'A' and (resid 470 through 470 )AJ470430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る