PDB-7ula: Structure of the Pseudomonas putida AlgKX modification and secret...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ula

タイトル

Structure of the Pseudomonas putida AlgKX modification and secretion complex

要素

(Alginate biosynthesis protein ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Acetyltransferase / TPR / complex / SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

alginic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Gheorghita, A.A. / Li, E.Y. / Pfoh, R. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the AlgKX modification and secretion complex required for alginate production and biofilm attachment in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Gheorghita, A.A. / Li, Y.E. / Kitova, E.N. / Bui, D.T. / Pfoh, R. / Low, K.E. / Whitfield, G.B. / Walvoort, M.T.C. / Zhang, Q. / Codee, J.D.C. / Klassen, J.S. / Howell, P.L.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ula.cif.gz	365.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ula.ent.gz	245.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ula.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ula_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ula_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	7ula_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	7ula_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ula ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ula	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e4bS 4kncS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Alginate biosynthesis protein AlgK

A: Alginate biosynthesis protein AlgX

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.950, 169.950, 143.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
Alginate biosynthesis protein ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Alginate biosynthesis protein AlgK 分子量: 50415.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algK, PP_1285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88NC7
#2: タンパク質	Alginate biosynthesis protein AlgX / Probable alginate O-acetyltransferase AlgX 分子量: 54489.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algX, PP_1282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q88ND0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#1: タンパク質

Alginate biosynthesis protein AlgK

分子量: 50415.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algK, PP_1285 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88NC7

#2: タンパク質

Alginate biosynthesis protein AlgX / Probable alginate O-acetyltransferase AlgX

分子量: 54489.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: algX, PP_1282 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q88ND0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH = 8.5, 0.01 M Nickel (II) chloride, 20% (w/v) PEG2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.512 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.512 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→46 Å / Num. obs: 38142 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 61.89 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.2
反射シェル	解像度: 2.46→2.548 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.158 / Num. unique obs: 3741 / CC_1/2: 0.666 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874+SVN	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3E4B, 4KNC

3e4b

4knc

解像度: 2.46→46 Å / SU ML: 0.4365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	1916	5.03 %
R_work	0.2154	36189	-
obs	0.2173	38105	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5628	0	31	27	5686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	7860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	861
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9897	817

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.52	0.409	124	0.3969	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.52-2.59	0.4138	130	0.3561	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.59-2.67	0.3424	145	0.3268	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.67-2.75	0.35	133	0.2925	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.85	0.3024	142	0.286	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.96	0.3251	128	0.286	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.1	0.3337	137	0.2618	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.26	0.2969	139	0.2396	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.47	0.2705	150	0.2177	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.73	0.2274	130	0.2024	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.11	0.1844	141	0.1748	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.7	0.2301	145	0.1676	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.92	0.2257	135	0.1914	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.93-46	0.2226	137	0.2	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.741230526868	-0.0732536434686	-1.21257727732	0.0580697765999	0.0442710667205	2.09456867326	0.0573152355564	-0.690487042509	-0.502783647506	0.968973022374	-0.0504423257672	-0.246937770186	0.0118121268579	-0.120344572045	-0.289145729321	0.650482111235	0.306461038554	0.0662187453122	1.61423320741	0.318280476086	1.0265407965	4.60230677489	-35.4422481113	-15.0952032188
2	2.38199277754	-0.755173908917	-2.4342421295	0.905800647784	0.618498515607	2.51386650469	0.875270772586	3.09875679185	0.539537559541	-1.37695958961	-0.614964690263	-0.423453789904	-1.5258683618	-2.20241688026	0.169254667872	1.30055447189	-0.391340970645	-0.27425218208	1.56757253921	0.147187301453	0.743764724503	-0.588103720174	-44.1406027189	-12.732382802
3	2.31466202971	-0.644662024648	1.32903166739	6.5692561425	-0.657256618055	5.21407377068	-0.480723936239	-0.464824549039	0.153334864651	0.281543049414	0.0819518995353	-0.548331102241	0.359796396389	0.131283687282	0.839720801836	1.16119922221	-0.14766202346	-0.111935248125	1.99234418383	0.122722192422	0.662574362875	-1.86323156007	-30.7748845512	-6.04924228619
4	2.09818903578	-0.232462195115	-0.861284855279	1.57782456173	-0.820583511896	1.02923771845	0.168755020097	-1.23161526836	-1.01674973888	0.551933750531	-0.0437391397926	-0.136050400289	-0.0721972213114	-0.301387109572	-0.194932124359	0.607072008551	-0.229037174535	-0.0862782564469	1.05509947317	0.235191683574	0.769138541489	-7.34402646375	-31.6552568033	-17.6719972314
5	3.45476953385	-0.235709054152	1.19115962652	2.24496808206	0.763014623629	3.15044561804	0.177641320529	-1.44135563464	-0.167028679559	1.05653675787	-0.0649470410616	0.0416621852585	0.16504458581	-0.223233210236	-0.144740284653	0.658611766914	-0.0350374553249	0.0671433332664	0.756836863313	0.101636877393	0.610384905297	-8.39284062397	-21.3583237567	-22.3902620283
6	5.89598734506	0.396440514055	-0.192158860218	3.40771755545	0.313682069957	3.72635309071	0.13066769317	-0.95069312938	1.1343720852	0.250175218234	0.232453207238	-0.0983342003136	-0.534663675818	-0.134693268147	-0.16404759185	0.547677014012	-0.0112869040659	0.0960509090619	0.403966013223	-0.00250597942894	0.540942959376	-4.62332444552	-12.2040451266	-28.8303029533
7	3.43172315385	1.15217095089	2.15213861277	0.986891725613	-0.695696519927	5.10447992874	0.0412022997413	0.278464013493	-0.229217802344	0.302121451988	0.525305082306	0.221554914153	0.793530668437	-0.0620333117558	-0.222131866256	0.518116306016	-0.0557228176169	0.00128461889882	0.444699848075	0.0548548827518	0.733762960149	-8.44973746986	-23.3794130461	-35.5892218084
8	2.70202722207	-2.95257939281	0.448076926795	3.49258682271	-0.985795233132	7.24861612042	0.215869304127	0.56414291003	0.548459593004	-0.0948531707085	0.424830944917	0.00738424306893	0.052844283268	0.344197021497	-0.392122704399	0.490997034193	-0.0934456157957	-0.0351045254372	0.533361268758	0.00769232010269	0.511981175696	-5.43643049022	-19.8843360385	-44.90929451
9	3.39710923062	-1.26172867044	-0.170574051433	4.76938790272	-0.710435468258	2.75718026996	0.324031257249	0.837507060904	0.678401895631	-0.866634530936	-0.164447787286	-0.977294582034	0.529725066381	0.708433180053	0.106559075184	1.03799809348	-0.0465680009378	0.133969005682	0.741127774815	0.0104525345886	0.671396882029	0.114969207925	-23.3339445127	-52.9248876132
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 139 through 148 )	B	A	139 - 148	2 - 11
2	2	chain 'B' and (resid 149 through 160 )	B	A	149 - 160	12 - 19
3	3	chain 'B' and (resid 161 through 172 )	B	A	161 - 172	20 - 31
4	4	chain 'B' and (resid 173 through 192 )	B	A	173 - 192	32 - 51
5	5	chain 'B' and (resid 193 through 223 )	B	A	193 - 223	52 - 82
6	6	chain 'B' and (resid 224 through 243 )	B	A	224 - 243	83 - 102
7	7	chain 'B' and (resid 244 through 264 )	B	A	244 - 264	103 - 125
8	8	chain 'B' and (resid 265 through 298 )	B	A	265 - 298	126 - 159
9	9	chain 'B' and (resid 299 through 314 )	B	A	299 - 314	160 - 175
10	10	chain 'B' and (resid 315 through 347 )	B	A	315 - 347	176 - 208
11	11	chain 'B' and (resid 348 through 396 )	B	A	348 - 396	209 - 259
12	12	chain 'B' and (resid 397 through 408 )	B	A	397 - 408	260 - 271
13	13	chain 'B' and (resid 409 through 457 )	B	A	409 - 457	272 - 320
14	14	chain 'A' and (resid 29 through 52 )	A	J	29 - 52	1 - 24
15	15	chain 'A' and (resid 53 through 180 )	A	J	53 - 180	25 - 152
16	16	chain 'A' and (resid 181 through 231 )	A	J	181 - 231	153 - 203
17	17	chain 'A' and (resid 232 through 264 )	A	J	232 - 264	204 - 229
18	18	chain 'A' and (resid 265 through 345 )	A	J	265 - 345	230 - 310
19	19	chain 'A' and (resid 346 through 382 )	A	J	346 - 382	311 - 342
20	20	chain 'A' and (resid 383 through 409 )	A	J	383 - 409	343 - 369
21	21	chain 'A' and (resid 410 through 469 )	A	J	410 - 469	370 - 429
22	22	chain 'A' and (resid 470 through 470 )	A	J	470	430

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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