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- PDB-7ul1: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the neutraliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ul1
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the neutralizing IGHV3-53-encoded antibody EH3 isolated from a nonvaccinated pediatric patient
要素
  • Heavy chain of EH3
  • Light chain of EH3
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Pediatric neutralizing mAb / IGHV3-53 Ab / / Class-1 RBD-binding antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chen, Y. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentStart-up funds from the Uniformed Services University of the Health Sciences 米国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for antiviral activity of two pediatric neutralizing antibodies targeting SARS-CoV-2 Spike RBD.
著者: Chen, Y. / Prevost, J. / Ullah, I. / Romero, H. / Lisi, V. / Tolbert, W.D. / Grover, J.R. / Ding, S. / Gong, S.Y. / Beaudoin-Bussieres, G. / Gasser, R. / Benlarbi, M. / Vezina, D. / Anand, S. ...著者: Chen, Y. / Prevost, J. / Ullah, I. / Romero, H. / Lisi, V. / Tolbert, W.D. / Grover, J.R. / Ding, S. / Gong, S.Y. / Beaudoin-Bussieres, G. / Gasser, R. / Benlarbi, M. / Vezina, D. / Anand, S.P. / Chatterjee, D. / Goyette, G. / Grunst, M.W. / Yang, Z. / Bo, Y. / Zhou, F. / Beland, K. / Bai, X. / Zeher, A.R. / Huang, R.K. / Nguyen, D.N. / Sherburn, R. / Wu, D. / Piszczek, G. / Pare, B. / Matthies, D. / Xia, D. / Richard, J. / Kumar, P. / Mothes, W. / Cote, M. / Uchil, P.D. / Lavallee, V.P. / Smith, M.A. / Pazgier, M. / Haddad, E. / Finzi, A.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: Heavy chain of EH3
L: Light chain of EH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3784
ポリマ－70,1563
非ポリマー2211
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.691, 103.117, 112.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23593.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Heavy chain of EH3


分子量: 23282.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of EH3


分子量: 23280.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.0, 8% w/v PEG8000 / PH範囲: 5.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→35 Å / Num. obs: 29750 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 197624
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.746.60.7229380.7720.3010.7820.56799.8
2.74-2.856.20.60428940.8380.260.660.58399
2.85-2.9870.46829550.9030.1910.5060.64299.8
2.98-3.146.90.34929400.9340.1420.3780.74199.8
3.14-3.346.80.28529460.9450.1170.3090.85699.4
3.34-3.66.60.22229390.9610.0930.2411.04499.5
3.6-3.966.60.16729940.9740.070.1811.03799.7
3.96-4.536.90.13529830.9840.0550.1461.27899.9
4.53-5.76.40.1229990.9830.0510.1311.18498.4
5.7-356.50.11931620.9830.0520.131.11999.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S4S, 7NAB

7s4s

7nab


解像度: 2.65→34.79 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2002 6.74 %
Rwork0.174 27698 -
obs0.1772 29700 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.95 Å2 / Biso mean: 45.1853 Å2 / Biso min: 14.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4804 0 14 144 4962
Biso mean--99.79 42.48 -
残基数----628
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.720.31461340.24241935206998
2.72-2.790.27971290.23091971210099
2.79-2.870.29851650.24351919208499
2.87-2.960.28621340.226719532087100
2.96-3.070.29711500.208819392089100
3.07-3.190.21921310.198519842115100
3.19-3.340.26951510.19521951210299
3.34-3.510.23241430.19571961210499
3.51-3.730.24161390.18052001214099
3.73-4.020.19931360.152319612097100
4.02-4.430.17591520.133619942146100
4.43-5.060.13011400.12082007214799
5.07-6.370.18871510.14962000215198
6.38-34.790.22721470.17272122226998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64390.85880.12444.8540.0451.318-0.154-0.0549-0.6443-0.0280.16670.08420.9912-0.3303-0.12030.7164-0.10170.02320.37340.01890.49419.4841-42.417-3.1512
23.3854-1.58720.24975.31170.40770.78830.0265-0.1162-0.48270.3830.05440.75110.96950.0181-0.11570.71020.09290.01420.2705-0.01790.251416.6782-40.79681.1403
31.7708-0.3763-1.30115.19670.05281.975-0.03560.2219-0.6818-0.34730.1547-0.20810.92030.289-0.06740.860.1165-0.00190.5383-0.13350.549821.6714-45.6352-12.3627
42.90690.1885-0.48634.51981.09953.41560.01880.04470.0267-0.01450.0948-0.23170.24010.4293-0.07080.2568-0.01550.01540.2474-0.02960.215319.8164-28.1079-7.2529
51.76710.38850.16374.94811.26473.5266-0.03230.1537-0.0294-0.0981-0.01310.29610.2481-0.1985-0.00080.2919-0.05790.02060.28120.01920.188813.5496-27.239-6.2888
61.617-0.8559-0.74924.31680.76041.0240.0196-0.1713-0.0030.5784-0.00070.02260.0788-0.1408-0.00660.36660.04250.03620.34680.0310.223316.1324-14.025.3071
71.17011.4206-0.93373.62911.79671.4346-0.3948-0.09410.25330.38440.2284-0.59850.183-0.05020.13140.3880.02940.04640.3683-0.0710.266816.7684-37.307-7.3626
8-0.24860.0899-0.19220.80830.0520.36410.0519-0.16970.06720.1951-0.1498-0.1542-0.18740.2118-00.18490.00340.01270.180.01350.207828.47921.2287-9.7595
90.95260.4034-0.24871.2137-0.3451.1725-0.060.0908-0.0127-0.09450.0102-0.08250.06830.0189-0.2180.1867-0.00270.0130.1878-0.00120.168427.9427-2.0917-14.7575
106.64852.0239-0.36866.803-2.02035.30.0423-0.17971.22580.22570.21351.7203-1.1244-1.4593-0.17660.79640.1615-0.02360.5531-0.0030.715621.310738.1624-26.3916
113.6674-1.7537-0.60633.71770.36112.9493-0.2122-0.28020.07190.23850.03250.0009-0.52760.03080.17220.36320.0225-0.00160.2733-0.02880.233426.10227.9342-20.6643
120.20350.40960.10560.38230.09630.1233-0.05960.391-0.6799-0.1912-0.02690.4774-0.1335-0.1419-0.01060.1559-0.0109-0.03920.34540.1060.28653.77881.8628-25.4755
130.4888-0.59230.74120.5615-0.63390.7995-0.0136-0.0715-0.05160.07570.11070.2302-0.1293-0.248600.2405-0.01680.0350.28660.01950.29875.3976-2.363-15.8735
141.12420.5742-0.28050.67450.18290.9777-0.07750.41070.12420.48550.11720.1832-0.4406-0.02780.04050.03850.03480.01990.19380.0450.17197.20736.1149-21.1923
152.14320.1399-0.50753.5241-1.67863.0756-0.0301-0.22090.1069-0.05040.08360.0217-0.150.1803-0.05030.38970.06440.02740.2656-0.05270.271420.296930.5155-33.6743
161.07640.4555-0.74144.2984-5.18945.59790.2340.2531-0.1318-0.2861-0.17950.2922-0.01420.27130.0860.56360.0264-0.0060.3486-0.04930.315621.536226.975-42.0982
175.03272.9008-3.08122.839-1.24153.104-0.02560.10370.15960.00530.09870.0572-0.2881-0.1038-0.10330.39410.0979-0.01830.2617-0.00930.269417.738231.3187-35.7943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 334 through 349 )A334 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 350 through 364 )A350 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 365 through 393 )A365 - 393
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 421 )A394 - 421
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 422 through 459 )A422 - 459
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 460 through 494 )A460 - 494
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 495 through 529 )A495 - 529
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 39 )H1 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 40 through 119 )H40 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 120 through 134 )H120 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 135 through 214 )H135 - 214
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 19 through 75 )L19 - 75
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 76 through 113 )L76 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 114 through 150 )L114 - 150
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 151 through 163 )L151 - 163
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 164 through 213 )L164 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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