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- PDB-7ul0: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the ridge-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ul0
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with the ridge-binding nAb EH8 isolated from a nonvaccinated pediatric patient
要素
  • Heavy chain of EH8
  • Light chain of EH8
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Pediatric neutralizing mAb / RBD-ridge-targeting / bind to both closed and open SARS-CoV-2 spike / Class-2 RBD-binding antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Chen, Y. / Tolbert, W.D. / Bai, X. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentStart-up funds from the Uniformed Services University of the Health Sciences 米国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for antiviral activity of two pediatric neutralizing antibodies targeting SARS-CoV-2 Spike RBD.
著者: Chen, Y. / Prevost, J. / Ullah, I. / Romero, H. / Lisi, V. / Tolbert, W.D. / Grover, J.R. / Ding, S. / Gong, S.Y. / Beaudoin-Bussieres, G. / Gasser, R. / Benlarbi, M. / Vezina, D. / Anand, S. ...著者: Chen, Y. / Prevost, J. / Ullah, I. / Romero, H. / Lisi, V. / Tolbert, W.D. / Grover, J.R. / Ding, S. / Gong, S.Y. / Beaudoin-Bussieres, G. / Gasser, R. / Benlarbi, M. / Vezina, D. / Anand, S.P. / Chatterjee, D. / Goyette, G. / Grunst, M.W. / Yang, Z. / Bo, Y. / Zhou, F. / Beland, K. / Bai, X. / Zeher, A.R. / Huang, R.K. / Nguyen, D.N. / Sherburn, R. / Wu, D. / Piszczek, G. / Pare, B. / Matthies, D. / Xia, D. / Richard, J. / Kumar, P. / Mothes, W. / Cote, M. / Uchil, P.D. / Lavallee, V.P. / Smith, M.A. / Pazgier, M. / Haddad, E. / Finzi, A.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: Heavy chain of EH8
L: Light chain of EH8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2636
ポリマ－71,5953
非ポリマー6693
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.771, 100.709, 106.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24658.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of EH8


分子量: 23636.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of EH8


分子量: 23299.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 103分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 12% w/v PEG 8000
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 31070 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 57.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.193 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.49-2.5916.61.03730140.8770.2591.070.432100
2.59-2.6916.90.80530270.940.1970.8290.48499.9
2.69-2.8220.20.63830210.9660.1460.6550.521100
2.82-2.9620.30.44230330.9840.1010.4540.606100
2.96-3.1519.90.31130390.9880.0720.320.787100
3.15-3.3919.50.21930490.9930.0510.2251.062100
3.39-3.7318.40.16530540.9950.040.171.426100
3.73-4.2718.50.12130810.9960.0280.1251.9799.8
4.27-5.3819.80.10131170.9980.0230.1042.38899.9
5.38-5017.90.08432540.9980.020.0862.09399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S4S, 7NAB

7s4s

7nab


解像度: 2.49→46.91 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 2008 6.46 %
Rwork0.2246 29062 -
obs0.2266 31070 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.62 Å2 / Biso mean: 62.5875 Å2 / Biso min: 26.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→46.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4826 0 43 102 4971
Biso mean--96.86 49.96 -
残基数----632
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.550.42031290.42531803193288
2.55-2.620.42191400.369820682208100
2.62-2.70.40491350.323320552190100
2.7-2.790.341420.293520842226100
2.79-2.880.34451460.272320642210100
2.88-30.32391470.275620512198100
3-3.140.32711400.286320802220100
3.14-3.30.35591440.290320822226100
3.3-3.510.29351490.231220782227100
3.51-3.780.23691440.220620852229100
3.78-4.160.22941380.201721042242100
4.16-4.760.16921540.165421222276100
4.76-60.21851440.181521412285100
6-46.910.21331560.193622452401100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3233-0.4694-0.19340.43260.34010.96290.13940.4159-0.1545-0.38470.1252-0.01880.5440.02050.12150.61710.0847-0.04490.4544-0.15280.420922.5751-49.2248-10.6996
20.86770.0721-0.9471.18740.391.9746-0.1354-0.6758-0.74340.13460.2038-0.11341.13710.4310.25480.77940.06-0.04120.53070.27240.783723.1797-56.00532.8684
31.7014-0.10290.9492.6047-1.631.2293-0.08550.00580.1028-0.15050.1373-0.07550.02950.27180.00090.3280.00810.03890.3985-0.03560.302725.76-37.3145-5.0104
40.16620.3045-0.47260.8298-0.90540.4269-0.0270.81520.5121-0.30630.0519-0.1149-0.11830.26410.00440.5076-0.05260.01580.50350.10840.569923.6726-18.0578-14.7233
51.3309-1.48340.56741.99850.19271.37890.4127-0.66090.23730.1902-0.39670.4858-0.07810.28590.00050.33520.07060.05750.5274-0.01020.429326.0794-45.8964-3.9748
60.26012.6043-0.61613.8642-0.45341.14760.062-0.0753-0.15970.7079-0.2534-0.6698-0.09510.102-0.00050.5056-0.0097-0.08770.4610.10910.729534.9054.1575-13.3434
70.2345-0.1991-0.38980.47080.29650.47530.1370.15430.3411-0.0729-0.38571.1118-0.3367-0.38650.00350.78140.1799-0.12990.5794-0.00890.483634.771442.4093-30.169
80.97661.24090.5632.4814-0.78351.37680.0652-0.5582-0.03710.66820.13290.0804-0.3265-0.2890.60490.59750.10360.07630.55810.02430.209635.040633.0066-22.3693
90.84690.5284-0.65090.87340.2650.7773-0.10010.1503-0.2892-0.89210.20610.34420.6942-0.2089-0.00020.6885-0.07650.0640.65710.15870.568927.74563.6532-38.9764
101.08630.7766-0.47821.2111-1.45721.95820.0160.15110.11440.14360.01660.26370.0242-0.230800.42-0.1174-0.03490.44520.09340.680622.12381.1252-28.3046
11-0.8281-0.325-0.37310.4855-0.66160.8862-0.15610.17940.0229-0.48710.18680.06090.3411-0.151-0.00050.4027-0.068-0.02810.38750.15950.492425.54585.3374-34.5153
121.5014-0.335-0.08432.0982-0.97560.8240.0205-0.071-0.11690.32320.0665-0.1144-0.1586-0.07130.00050.46660.05130.02970.46290.02120.271539.869432.7801-36.2572
131.23530.9893-0.59840.3931-0.32231.07040.12480.07560.12740.01030.0781-0.157-0.29510.29660.00040.47520.0158-0.0060.4321-0.02830.383344.612240.4317-38.9474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 334 through 358 )A334 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 359 through 393 )A359 - 393
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 394 through 469 )A394 - 469
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 470 through 494 )A470 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 495 through 527 )A495 - 527
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 1 through 119 )H1 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 120 through 134 )H120 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 135 through 215 )H135 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 1 through 24 )L1 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 25 through 61 )L25 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 62 through 112 )L62 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 113 through 173 )L113 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 174 through 213 )L174 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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