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- PDB-7ukz: CDK11 in complex with small molecule inhibitor OTS964 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ukz
タイトルCDK11 in complex with small molecule inhibitor OTS964
要素Cyclin-dependent kinase 11B
キーワードTRANSFERASE/Inhibitor / Kinase / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA processing / regulation of centrosome cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic cell cycle / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / regulation of cell growth / mitotic cell cycle / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle ...regulation of mRNA processing / regulation of centrosome cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic cell cycle / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / regulation of cell growth / mitotic cell cycle / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 11/PITSLRE, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OTS964 / Cyclin-dependent kinase 11B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kelso, S. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143277 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the CDK11 kinase domain bound to the small-molecule inhibitor OTS964.
著者: Kelso, S. / O'Brien, S. / Kurinov, I. / Angers, S. / Sicheri, F.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 11B
B: Cyclin-dependent kinase 11B
C: Cyclin-dependent kinase 11B
D: Cyclin-dependent kinase 11B
E: Cyclin-dependent kinase 11B
F: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,47418
ポリマ－219,5436
非ポリマー2,93112
水00
1
A: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0793
ポリマ－36,5901
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.678, 146.678, 230.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Cyclin-dependent kinase 11B / Cell division cycle 2-like protein kinase 1 / CLK-1 / Cell division protein kinase 11B / ...Cell division cycle 2-like protein kinase 1 / CLK-1 / Cell division protein kinase 11B / Galactosyltransferase-associated protein kinase p58/GTA / PITSLRE serine/threonine-protein kinase CDC2L1 / p58 CLK-1


分子量: 36590.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK11B, CDC2L1, CDK11, PITSLREA, PK58
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21127, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物
ChemComp-NK3 / OTS964


分子量: 392.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.75M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.65
反射解像度: 2.6→127.03 Å / Num. obs: 86275 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.58 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.823 / Net I/σ(I): 15.27 / Num. measured all: 740270
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.768.6972.0551.0112029013956138310.3112.18499.1
2.76-2.958.7851.1991.9311512313104131040.6291.274100
2.95-3.188.4960.6073.9810388412228122280.8930.647100
3.18-3.498.3660.2678.829390711225112250.9810.285100
3.49-3.98.8760.13717.659022510165101650.9930.146100
3.9-4.58.4860.07928.7676098896889670.9970.085100
4.5-5.518.2260.06335.2362566760876060.9970.067100
5.51-7.788.7560.05241.8551605589558940.9980.055100
7.78-127.038.1630.03454.7926572325532550.9990.036100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.27 Å127.03 Å
Translation3.27 Å127.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
XDS20210322データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS20210322データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IW8 homology model

2iw8


解像度: 2.6→127.03 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 248.55 / 位相誤差: 39.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 4313 5 %
Rwork0.2224 81873 -
obs0.2451 86184 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.93 Å2 / Biso mean: 73.768 Å2 / Biso min: 42.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→127.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13231 0 198 0 13429
Biso mean--70.91 --
残基数----1774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.640.33051990.30773761396087
2.64-2.690.30692140.30044074428895
2.69-2.740.31072180.29964109432795
2.74-2.80.31582180.29484101431995
2.8-2.860.28872150.29664135435095
2.86-2.920.30842130.30564083429695
2.92-30.30872170.29434108432595
3-3.080.33242140.30694098431295
3.08-3.170.32252170.29494092430995
3.17-3.270.3032150.2894116433195
3.27-3.390.25622160.28554118433495
3.39-3.520.28782170.27834098431595
3.52-3.680.27952170.27094104432195
3.68-3.880.25332150.26024109432495
3.88-4.120.24242160.24174102431895
4.12-4.440.24182190.22364138435795
4.44-4.890.22282150.21144124433995
4.89-5.590.22832180.2054106432495
5.59-7.050.23122180.21524137435595
7.05-127.030.2452200.22164160438095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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