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- PDB-7ujv: Structure of PHD2 in complex with HIF2a-CODD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ujv
タイトルStructure of PHD2 in complex with HIF2a-CODD
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / HIF-Prolyl-Hydroxylase / Complex / Oxygen-sensing / psuedohypoxic-disease
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression ...myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / norepinephrine metabolic process / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / cardiac muscle tissue morphogenesis / surfactant homeostasis / L-ascorbic acid binding / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / blood vessel remodeling / regulation of angiogenesis / embryonic placenta development / regulation of neuron apoptotic process / visual perception / regulation of heart rate / Pexophagy / erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrion organization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / postsynaptic density / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit ...: / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Endothelial PAS domain-containing protein 1 / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ferens, F.G. / Tarade, D. / Lee, J.E. / Ohh, M.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-159773 カナダ
Canada Research ChairsCRC-2017-00140 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Deficiency in PHD2-mediated hydroxylation of HIF2 alpha underlies Pacak-Zhuang syndrome.
著者: Ferens, F.G. / Taber, C.C. / Stuart, S. / Hubert, M. / Tarade, D. / Lee, J.E. / Ohh, M.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Egl nine homolog 1
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4165
ポリマ－30,1212
非ポリマー2953
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Microscale thermophoresis was used to support the interaction of HIF2a-CODD and PHD2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.078, 37.597, 42.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-670-

HOH

21B-690-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27813.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF-2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 2307.552 Da / 分子数: 1 / Fragment: CODD Peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99814

-
非ポリマー , 4種, 111分子

#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 32.5% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→129.08 Å / Num. obs: 19834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 967 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.86 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALS2.1データ削減
DIALS2.1データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9B

5l9b


解像度: 1.8→42.183 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.149 / SU B: 4.058 / SU ML: 0.115 / Average fsc free: 0.8855 / Average fsc work: 0.8965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.128
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 946 4.787 %Random
Rwork0.173 18814 --
all0.175 ---
obs-19760 99.838 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.715 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.482 Å20 Å2
3---1.198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 18 108 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0121944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.6392623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4611.5764193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1985237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08722.056107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.2415332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.351513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.21862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined00.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2720.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2150.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0372.662954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0372.662953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0783.9761189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0763.9761190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0232.995989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0222.995990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8374.3361433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8354.3361434
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.24831.4922220
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.2331.2812200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.302710.2971362X-RAY DIFFRACTION100
1.847-1.8970.291710.2691313X-RAY DIFFRACTION99.5683
1.897-1.9520.278640.2481303X-RAY DIFFRACTION99.9269
1.952-2.0120.246560.231279X-RAY DIFFRACTION99.6269
2.012-2.0780.244690.2071202X-RAY DIFFRACTION100
2.078-2.1510.216750.21156X-RAY DIFFRACTION99.7569
2.151-2.2330.185640.1851153X-RAY DIFFRACTION99.9179
2.233-2.3240.226480.171100X-RAY DIFFRACTION100
2.324-2.4270.247530.1781058X-RAY DIFFRACTION99.7307
2.427-2.5450.212370.1571026X-RAY DIFFRACTION99.8122
2.545-2.6830.149520.148983X-RAY DIFFRACTION99.4236
2.683-2.8460.213460.136911X-RAY DIFFRACTION99.8956
2.846-3.0420.219410.142866X-RAY DIFFRACTION100
3.042-3.2860.178380.15822X-RAY DIFFRACTION99.8839
3.286-3.5990.198320.134760X-RAY DIFFRACTION100
3.599-4.0230.207290.153700X-RAY DIFFRACTION100
4.023-4.6450.159360.146615X-RAY DIFFRACTION100
4.645-5.6870.225300.167519X-RAY DIFFRACTION100
5.687-8.0350.276230.241423X-RAY DIFFRACTION99.5536
8.035-42.1830.254110.188263X-RAY DIFFRACTION99.6364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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