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- PDB-7ujm: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with a M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ujm
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with a Methylated Lasofoxifene Derivative That Increases Receptor Resonance Time in the Nucleus of Breast Cancer Cells
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Alpha helical bundle / hormone / estrogen receptor / breast cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RL4 / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hosfield, D.J. / Greene, G.L. / Fanning, S.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Stereospecific lasofoxifene derivatives reveal the interplay between estrogen receptor alpha stability and antagonistic activity in ESR1 mutant breast cancer cells.
著者: Hosfield, D.J. / Weber, S. / Li, N.S. / Suavage, M. / Joiner, C.F. / Hancock, G.R. / Sullivan, E.A. / Ndukwe, E. / Han, R. / Cush, S. / Laine, M. / Mader, S.C. / Greene, G.L. / Fanning, S.W.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年6月15日ID: 7KCD
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Estrogen receptor
A: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0468
ポリマ－120,3364
非ポリマー1,7104
水12,322684
1
B: Estrogen receptor
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0234
ポリマ－60,1682
非ポリマー8552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0234
ポリマ－60,1682
非ポリマー8552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.467, 58.467, 275.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 30084.045 Da / 分子数: 4 / 変異: C381S, C417S, C530S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-RL4 / (5R,6S)-5-(4-{2-[(2R)-2-methylpyrrolidin-1-yl]ethoxy}phenyl)-6-phenyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-ol


分子量: 427.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H33NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8,000, MgCl2, Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.33 Å / Num. obs: 75567 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 18.01
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 3829 / CC1/2: 0.726

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UFX

5ufx


解像度: 1.8→44.33 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 3829 5.11 %
Rwork0.1897 71141 -
obs0.192 74970 76.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.64 Å2 / Biso mean: 23.3838 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7483 0 128 684 8295
Biso mean--19.62 30.27 -
残基数----951
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.820.2969860.25361297138338
1.82-1.850.2725820.26121433151543
1.85-1.870.29941060.23111589169547
1.87-1.90.33481160.24351922203857
1.9-1.930.24781240.22482233235765
1.93-1.960.31651130.23162425253869
1.96-1.990.28641350.22992602273778
1.99-2.020.26591400.22242670281077
2.02-2.060.29071570.23112752290981
2.06-2.10.25021410.21632728286979
2.1-2.140.24321600.21092743290380
2.14-2.190.27591410.19492772291381
2.19-2.240.25131570.19092724288178
2.24-2.30.20751330.19562743287682
2.3-2.360.27451490.18442757290679
2.36-2.430.2471480.19842695284379
2.43-2.510.23491370.18642755289281
2.51-2.60.25881600.18762732289280
2.6-2.70.25981490.19032714286380
2.7-2.820.25921510.19712771292280
2.82-2.970.23381250.18482799292481
2.97-3.160.22581320.19742868300083
3.16-3.40.23021650.18242998316387
3.4-3.740.18421720.16843213338594
3.74-4.290.20331730.15323385355899
4.29-5.390.18662020.163434233625100
5.4-44.330.20571750.19593398357399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9069-0.91731.18611.2382-0.39612.20760.3057-0.6482-0.12410.421-0.2461-0.1950.18930.3716-0.0631-0.05020.7389-0.0589-0.68390.22010.34995.177-23.44825.969
21.18860.45120.08650.87520.35361.3569-0.2805-0.2837-0.30250.2813-0.12790.13890.8059-0.341-0.0469-0.0208-0.2115-0.02520.0198-0.03060.0786-16.146-16.55319.446
31.09240.75870.22970.7485-0.00912.3999-0.05320.05870.0727-0.1757-0.06670.00920.0268-0.32350.03560.0751-0.0317-0.0010.0632-0.01550.0838-11.745-10.17213.861
41.23180.05190.45440.6337-0.47161.5484-0.03860.0489-0.05310.0132-0.0079-0.0123-0.06760.08180.01560.08230.00250.00280.046-0.00890.0811-1.83-8.36516.45
51.3858-0.4332-1.39010.88571.03753.51350.8004-0.9169-0.30970.6025-0.6687-0.16950.17540.36120.0123-0.04510.2678-0.1384-0.09050.11320.15278.339-12.67127.43
63.4399-0.8073-0.47271.94920.3131.45480.1013-0.09910.1558-0.1512-0.07150.09630.04190.01530.04070.0783-0.02390.00010.0227-0.01990.0976-0.259-3.78615.15
71.6361-0.88511.35590.4427-0.71961.10910.0949-0.07550.10110.02880.13990.3228-0.2416-0.118-0.03080.16260.00840.03930.4296-0.03970.2873-23.464-1.43723.964
81.93350.5664-0.34384.1769-1.45342.5799-0.0896-0.0251-0.5090.3332-0.10020.07670.3322-0.1458-0.00520.2531-0.1172-0.10910.49730.0684-0.3909-16.421-16.20636.267
91.3-0.37110.06821.459-0.02771.167-0.1752-0.0852-0.0552-0.2260.04210.015-0.60850.2396-0.02890.1052-0.12890.00890.11280.01220.08579.59420.1918.087
100.66360.20440.08581.57950.02791.73080.0342-0.12110.02090.1671-0.11610.0355-0.0247-0.09110.03690.0754-0.0324-0.00370.0567-0.01140.07163.26913.08123.104
110.73420.2774-0.13891.47660.14971.4201-0.05760.021-0.0374-0.1212-0.0125-0.0626-0.01940.18470.03740.0238-0.0075-0.00060.0894-0.00040.09439.171.86415.695
122.05880.089-1.25860.0041-0.03230.79780.10240.06770.0986-0.47680.18770.5953-0.2417-0.4242-0.01430.50350.03710.0140.37060.06450.1929-4.13720.4787.32
131.2469-0.65760.17042.8725-0.75951.4284-0.03370.0518-0.1711-0.268-0.3490.1763-0.0292-0.90160.02240.0819-0.16840.06220.07660.0020.14216.093-18.48463.055
141.5119-0.71770.24520.81530.22251.6096-0.05060.12420.0212-0.0826-0.0526-0.0043-0.0644-0.0520.0275-0.0062-0.0125-0.01640.10160.00360.057814.398-12.58861.383
151.7144-0.55590.29120.8494-0.64071.5812-0.0891-0.1361-0.06110.15850.121-0.00420.0316-0.15460.01830.0719-0.01180.00630.07580.00390.087220.888-20.15169.391
161.31181.05770.51553.20511.33181.7013-0.1320.0252-0.2425-0.070.0877-0.12920.19670.3066-0.00740.15180.07350.06190.18950.01370.205650.716-24.3161.744
170.3304-0.13710.41920.0559-0.17760.51920.0073-0.14690.18850.22860.11050.0337-0.23210.11170.01060.6267-0.2273-0.15250.51540.08460.397757.4462.08878.578
181.10130.73280.84231.10220.45411.7504-0.10930.133-0.01610.01540.0601-0.0235-0.01380.2784-0.01280.04350.00150.00930.1542-0.0060.060748.741-13.11258.832
190.90870.26940.05250.91470.3561.7439-0.15180.06740.0269-0.00830.0213-0.0242-0.4522-0.00110.02640.0189-0.01390.00580.06620.00360.092341.457-13.95759.458
202.13080.1946-0.54510.34630.36331.81160.1396-0.38590.27130.297-0.26960.1902-0.03930.17210.00770.08220.0068-0.04430.26180.03880.12346.111-9.25879.055
210.98670.211-0.00071.00010.56441.7662-0.0308-0.0804-0.01370.0276-0.0214-0.039-0.0352-0.10820.00940.05370.02270.00080.08060.00430.097937.447-18.79966.933
220.56410.22980.18351.5004-1.47393.4125-0.42441.834-0.3847-0.31080.5797-0.13460.36230.08630.00560.12290.21410.059-0.4835-0.21830.169936.077-30.41855.364
231.40230.05890.14844.2394-0.65541.4523-0.085-0.00060.02160.00820.09680.05250.027-0.0080.00580.03720.0232-0.00560.0934-0.00060.081832.415-20.04968.005
240.8409-1.439-0.94562.38241.59561.0595-0.13390.34730.4945-0.31390.31670.0213-0.7106-0.0453-0.06010.3054-0.04650.02610.2740.01680.225643.668-2.46554.464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 307:321 )A307 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 322:371 )A322 - 371
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 372:421 )A372 - 421
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 422:465 )A422 - 465
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 466:496 )A466 - 496
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 497:527 )A497 - 527
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 528:536 )A528 - 536
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 537:545 )A537 - 545
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 307:363 )B307 - 363
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 364:437 )B364 - 437
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 438:527 )B438 - 527
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 528:545 )B528 - 545
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 307:341 )C307 - 341
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 342:437 )C342 - 437
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 438:550 )C438 - 550
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 307:331 )D307 - 331
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 332:341 )D332 - 341
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 342:371 )D342 - 371
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 372:394 )D372 - 394
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 395:420 )D395 - 420
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 421:465 )D421 - 465
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 466:496 )D466 - 496
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 497:525 )D497 - 525
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 526:544 )D526 - 544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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