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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7uie | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of HcE-JLE-G6 | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITOXIN/TOXIN / Single domain antibody / Botulinum neurotoxin / VHH / Receptor / ANTITOXIN / ANTITOXIN-TOXIN complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhost cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.23 Å | ||||||
Authors | Jin, R. / Lam, K. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: Structural basis for botulinum neurotoxin E recognition of synaptic vesicle protein 2. Authors: Liu, Z. / Lee, P.G. / Krez, N. / Lam, K.H. / Liu, H. / Przykopanski, A. / Chen, P. / Yao, G. / Zhang, S. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Dong, M. / Jin, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7uie.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7uie.ent.gz | 905.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7uie.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7uie_validation.pdf.gz | 501.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7uie_full_validation.pdf.gz | 524.7 KB | Display | |
| Data in XML | 7uie_validation.xml.gz | 85.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7uie_validation.cif.gz | 114.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uie | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7uiaC ![]() 7uibC ![]() 3ffzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| 5 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 15386.082 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 49249.867 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M HEPES, pH 7.0, 0.2 M NaCl and 18% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.23→174.63 Å / Num. obs: 54051 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.1057 / Net I/σ(I): 8.6 |
| Reflection shell | Resolution: 3.23→3.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 5309 / CC1/2: 0.328 / Rpim(I) all: 0.8736 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3FFZ Resolution: 3.23→135.41 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.49 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.23→135.41 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation


PDBj






