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- PDB-7ugw: M. tuberculosis DNA gyrase cleavage core bound to DNA and evybactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ugw
タイトルM. tuberculosis DNA gyrase cleavage core bound to DNA and evybactin
要素
  • DNA (46-MER)
  • DNA gyrase subunit A
  • DNA gyrase subunit B
  • evybactin
キーワードISOMERASE/ANTIBIOTIC/DNA / Topoisomerase / inhibitor / natural product / ISOMERASE-ANTIBIOTIC-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Photorhabdus noenieputensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hauk, G. / Imai, Y. / Lewis, K. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI118687 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA077373 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35263778 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Evybactin is a DNA gyrase inhibitor that selectively kills Mycobacterium tuberculosis.
著者: Imai, Y. / Hauk, G. / Quigley, J. / Liang, L. / Son, S. / Ghiglieri, M. / Gates, M.F. / Morrissette, M. / Shahsavari, N. / Niles, S. / Baldisseri, D. / Honrao, C. / Ma, X. / Guo, J.J. / Berger, J.M. / Lewis, K.
履歴
登録2022年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_molecule.prd_id / _pdbx_molecule_features.prd_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet.number_strands
解説: Chirality error
詳細: Our collaborators recently identified that evybactin contains D-Methylhistidine, rather than the L- isoform. The coordinates have been updated to reflect this.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
V: DNA (46-MER)
E: evybactin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7848
ポリマ－183,7366
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21790 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area63920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.075, 105.088, 250.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A / Type IIA topoisomerase subunit GyrA


分子量: 55870.184 Da / 分子数: 2 / 変異: Y129F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WG47, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 28129.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gyrB, Rv0005, MTCY10H4.03 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WG45, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#3: DNA鎖 DNA (46-MER)


分子量: 14228.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質・ペプチド evybactin


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1508.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Photorhabdus noenieputensis (バクテリア)
参照: BIRD: PRD_002540
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7-12% PEG10K; 100mM MES pH 6.0; 200mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.46 Å / Num. obs: 44612 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 59.17 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1395 / Rpim(I) all: 0.06624 / Rrim(I) all: 0.1549 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 4388 / CC1/2: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BS8

5bs8


解像度: 3→48.44 Å / SU ML: 0.4094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1809 4.06 %
Rwork0.2177 42778 -
obs0.22 44587 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11427 945 2 0 12374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.540217331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07011965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.35774830
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.080.43621370.33053237X-RAY DIFFRACTION99.73
3.08-3.170.36281360.3043217X-RAY DIFFRACTION99.76
3.17-3.270.31231390.28693264X-RAY DIFFRACTION99.71
3.27-3.390.32361350.26883220X-RAY DIFFRACTION99.53
3.39-3.530.3051390.24553278X-RAY DIFFRACTION99.82
3.53-3.690.2721360.23833215X-RAY DIFFRACTION99.67
3.69-3.880.2721400.21533301X-RAY DIFFRACTION99.42
3.88-4.120.26681380.20483252X-RAY DIFFRACTION99.74
4.12-4.440.26731380.18593284X-RAY DIFFRACTION99.59
4.44-4.890.24031410.17883320X-RAY DIFFRACTION99.68
4.89-5.60.24021400.19243307X-RAY DIFFRACTION99.77
5.6-7.050.30051410.22033375X-RAY DIFFRACTION99.72
7.05-48.440.23151490.18783508X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.027591474390.144332907066-0.1299748410590.235181330633-0.176893926820.2557751702950.0802164397599-0.260942831808-0.04376510915530.0422458588592-0.0604848183077-0.0416885826415-0.08090766768410.0401319949076-9.57066052597E-50.351334860527-0.0146919394604-0.01209773469770.3588227871650.03237266681760.25421755228947.333418352639.132934027944.1703222392
20.04846887942240.0165635345267-0.236125381720.3552640314930.4949663571531.230609682650.1207821098480.0180419459461-0.279142898276-0.240754008269-0.00343253069524-0.154489542289-0.4433639846910.1501882077120.2630717307710.33993359415-0.03342625259-0.03579744012581.097919350910.5381068755970.17899224356341.714075287526.650460152369.3177978473
30.1495333235740.01635037940360.3189151900720.1506962529720.2165827837230.903172318141-0.0805043302039-0.270412494895-0.265562831390.337441000959-0.459418089313-0.4261170391030.100567102653-0.27561248229-0.5726058104350.7030516743710.007102468236320.06459961751991.124890318010.4534516424660.58688111199238.339142523725.401213084775.6243271278
40.103571825289-0.1421727194740.017374185840.12056724117-0.1613717003380.2985164277760.153803342513-0.156996764631-0.161941545227-0.0921169771989-0.199383389426-0.110657207908-0.06967754616250.1850005231430.01229131609430.375973756531-0.0517865614293-0.06221470770590.5537146626360.1534408749880.39245809548455.974535411330.235336137858.2729603004
50.2071135777020.1247015242930.04077238109130.196386480169-0.2496533710020.021388314530.1517659275880.1220861404290.299481810197-0.0763270661147-0.296052814904-0.1817100714570.04897464472760.3076210862960.0002668021678240.528109356825-0.08943561136350.008624820946310.4062031274330.03979541188970.37041542812552.225127637861.617877608730.381204249
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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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