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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ugh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of enolase family protein from Naegleria fowleri with bound 2-phosphoglyceric acid | ||||||
要素 | Phosphopyruvate hydrataseホスホピルビン酸ヒドラターゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / SSGCID / enolase (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / 2-phosphoglyceric acid (2-ホスホグリセリン酸) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of enolase family protein from Naegleria fowleri with bound 2-phosphoglyceric acid 著者: Bolejack, M.J. / DeBouver, N.D. / Morris, J.C. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ugh.cif.gz | 368.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ugh.ent.gz | 296 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ugh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ugh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ugh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4a3rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52356.973 Da / 分子数: 2 / 断片: NafoA.00379.a.B5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0118810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6A5BXC3, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 656分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein at 36 mg/mL was combined with 5 mM 2-PG and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM Tris/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate ...詳細: Protein at 36 mg/mL was combined with 5 mM 2-PG and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM Tris/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate (JCSG TOP96 A11). Cryo: Direct. Puck: vfn4-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→47.26 Å / Num. obs: 75148 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.926 % / Biso Wilson estimate: 32.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 19.58 / Num. measured all: 520503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4a3r 解像度: 1.95→47.26 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.94 Å2 / Biso mean: 37.5154 Å2 / Biso min: 19.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→47.26 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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