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万見
- PDB-7ugh: Crystal Structure of enolase family protein from Naegleria fowler... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ugh
タイトルCrystal Structure of enolase family protein from Naegleria fowleri with bound 2-phosphoglyceric acid
要素Phosphopyruvate hydratase
キーワードLYASE / SSGCID / enolase / 2-phosphoglyceric acid / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / ACETATE ION / phosphopyruvate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of enolase family protein from Naegleria fowleri with bound 2-phosphoglyceric acid
著者: Bolejack, M.J. / DeBouver, N.D. / Morris, J.C. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopyruvate hydratase
B: Phosphopyruvate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,78718
ポリマ－104,7142
非ポリマー1,07316
水11,530640
1
A: Phosphopyruvate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8939
ポリマ－52,3571
非ポリマー5368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphopyruvate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8939
ポリマ－52,3571
非ポリマー5368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.860, 96.860, 216.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphopyruvate hydratase


分子量: 52356.973 Da / 分子数: 2 / 断片: NafoA.00379.a.B5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0118810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5BXC3, phosphopyruvate hydratase

-
非ポリマー , 5種, 656分子

#2: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein at 36 mg/mL was combined with 5 mM 2-PG and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM Tris/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate ...詳細: Protein at 36 mg/mL was combined with 5 mM 2-PG and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM Tris/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate (JCSG TOP96 A11). Cryo: Direct. Puck: vfn4-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.26 Å / Num. obs: 75148 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.926 % / Biso Wilson estimate: 32.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 19.58 / Num. measured all: 520503
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-27.0770.5993.1638442551754320.8680.64698.5
2-2.067.0720.4554.237512538553040.9240.49198.5
2.06-2.127.0670.3445.4536557524351730.9530.3798.7
2.12-2.187.0570.2617.1235332507050070.970.28298.8
2.18-2.257.0360.2059.1834703499149320.9810.22198.8
2.25-2.337.0220.16411.0833173477647240.9890.17798.9
2.33-2.427.0350.13813.1632383464746030.9910.14899.1
2.42-2.527.0070.11614.9630882444944070.9940.12599.1
2.52-2.636.9710.09717.9129683429142580.9950.10599.2
2.63-2.766.9590.08121.3228468412440910.9970.08799.2
2.76-2.916.9140.06725.2126703388538620.9970.07299.4
2.91-3.086.8680.05629.4125425372737020.9980.06199.3
3.08-3.36.8490.0532.4324041353435100.9980.05499.3
3.3-3.566.7750.04436.7321978326332440.9980.04899.4
3.56-3.96.6920.0440.2620204303730190.9980.04399.4
3.9-4.366.7170.03742.1518370275427350.9990.0499.3
4.36-5.036.6710.03543.1316277246024400.9990.03899.2
5.03-6.176.6930.03442.3713962211220860.9990.03698.8
6.17-8.726.5280.03142.8110797168416540.9990.03498.2
8.72-47.265.8150.02941.81561110179650.9980.03294.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4a3r

4a3r


解像度: 1.95→47.26 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1914 1956 2.6 %
Rwork0.1527 73185 -
obs0.1537 75141 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.94 Å2 / Biso mean: 37.5154 Å2 / Biso min: 19.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6659 0 66 641 7366
Biso mean--47.36 42.69 -
残基数----870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.26341440.20435060520498
2-2.050.20771410.19035112525399
2.05-2.110.21351230.17785173529699
2.11-2.180.20981310.16145146527799
2.18-2.260.17451450.15325150529599
2.26-2.350.19691410.15735166530799
2.35-2.460.21211450.16255150529599
2.46-2.590.21091340.16725224535899
2.59-2.750.22821330.16815207534099
2.75-2.960.19371540.158552485402100
2.96-3.260.19211420.15915278542099
3.26-3.730.18111330.143253185451100
3.73-4.70.15341240.12275383550799
4.7-47.260.19491660.15655570573699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38960.93460.60722.11820.78672.52510.0354-0.0352-0.49630.3295-0.00010.0070.35830.0881-0.07240.3407-0.0356-0.0050.22080.03620.3441-46.6161-8.4984-9.0972
21.62810.70710.12681.43880.34651.00050.0425-0.0123-0.23540.1526-0.02550.22620.225-0.1966-0.01420.2416-0.04850.02550.22740.00930.2932-56.6528-3.0175-14.3924
31.86650.7452-0.24262.1274-0.48082.25240.1591-0.2827-0.02720.4236-0.0972-0.27010.00490.2308-0.05490.2865-0.0126-0.06250.275-0.03580.2145-25.071513.1945-1.1128
40.922-0.148-0.1911.47160.22770.88110.0220.1105-0.1555-0.07340.0708-0.29720.14360.2602-0.07990.21660.0471-0.0210.3213-0.07180.2455-18.55220.1905-22.5125
52.1375-0.2192-0.25021.678-0.06563.37670.07450.0740.26850.0478-0.06110.2551-0.2664-0.1419-0.00530.17540.00950.00140.1437-0.00460.2388-48.711120.1411-19.8096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 233 through 286 )B233 - 286
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 287 through 512 )B287 - 512
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 232 )A77 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 555 )A233 - 555
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 79 through 232 )B79 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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