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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ug5 | ||||||
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タイトル | Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 3 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / bromodomain / small molecule ligand / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schonbrunn, E. / Bikowitz, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of CBP and EP300 interaction with kinase inhibitors 著者: Schonbrunn, E. / Bikowitz, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ug5.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ug5.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ug5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ug5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ug5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ug5_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ug5_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13089.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.8 Å / Num. obs: 56001 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4129 / CC1/2: 0.677 / Rrim(I) all: 0.887 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7L9L 解像度: 1.8→19.8 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.22 Å2 / Biso mean: 26.0203 Å2 / Biso min: 11.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→19.8 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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