PDB-7ufz: Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ768

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ufz

タイトル

Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ768

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

HYDROLASE / phosphodiesterase / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.559 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Wang, W. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2022
タイトル: Phosphonic acid-containing inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1.
著者: Zhao, X.Z. / Wang, W. / Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2022年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ufz.cif.gz	394.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ufz.ent.gz	319.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ufz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ufz_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ufz_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7ufz_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	7ufz_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ufyC 6dhuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.889, 104.604, 193.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-N7U / (4-{[(4S)-2-phenylimidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]amino}phenyl)phosphonic acid 分子量: 365.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆N₃O₃P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.559→50 Å / Num. obs: 142916 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6267 / CC_1/2: 0.775 / CC star: 0.935 / R_pim(I) all: 0.286 / R_rim(I) all: 0.652 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu

解像度: 1.559→43.831 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1948	6955	4.87 %
R_work	0.1708	135842	-
obs	0.172	142797	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.23 Å² / B_iso mean: 28.8442 Å² / B_iso min: 9.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.559→43.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7012	0	106	777	7895
B_iso mean	-	-	35.1	38.86	-
残基数	-	-	-	-	880

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5594-1.5771	0.2611	189	0.2473	3743	84
1.5771-1.5957	0.2866	208	0.242	4072	90
1.5957-1.6152	0.2557	199	0.2401	4221	92
1.6152-1.6356	0.2419	244	0.2278	4346	97
1.6356-1.6571	0.2366	248	0.219	4527	99
1.6571-1.6798	0.2407	230	0.204	4519	100
1.6798-1.7038	0.2189	223	0.1966	4538	100
1.7038-1.7293	0.2278	234	0.1954	4534	100
1.7293-1.7563	0.2347	255	0.1809	4507	100
1.7563-1.7851	0.2069	222	0.1769	4617	100
1.7851-1.8159	0.2062	231	0.1743	4488	100
1.8159-1.8489	0.2191	224	0.1727	4603	100
1.8489-1.8844	0.2263	197	0.1689	4546	100
1.8844-1.9229	0.1838	236	0.1708	4577	100
1.9229-1.9647	0.1879	232	0.1745	4526	100
1.9647-2.0104	0.2195	256	0.1717	4588	100
2.0104-2.0607	0.1938	226	0.1678	4552	100
2.0607-2.1164	0.1902	229	0.1644	4564	100
2.1164-2.1787	0.2153	245	0.163	4579	100
2.1787-2.249	0.1872	244	0.1598	4547	100
2.249-2.3294	0.1848	232	0.1642	4591	100
2.3294-2.4226	0.2125	238	0.1695	4581	100
2.4226-2.5329	0.1918	221	0.1686	4624	100
2.5329-2.6664	0.1898	237	0.1728	4587	100
2.6664-2.8334	0.2034	249	0.1708	4627	100
2.8334-3.0522	0.1871	238	0.1749	4637	100
3.0522-3.3592	0.1926	243	0.1683	4651	100
3.3592-3.8451	0.1861	244	0.161	4680	100
3.8451-4.8434	0.1535	231	0.1397	4729	100
4.8434-43.83	0.1887	250	0.1828	4941	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.848	-0.5163	0.4613	0.3701	-0.4595	0.7555	-0.0854	-0.0851	0.4202	0.0271	-0.0444	-0.0769	-0.2266	0.0265	0.1243	0.1718	0.0063	-0.0206	0.0947	-0.0167	0.2114	10.7163	6.8636	-36.8175
2	1.9569	0.0926	-0.0487	1.119	-0.1011	2.0127	-0.0487	-0.2878	-0.0173	0.0771	0.0467	0.1575	0.0736	-0.2082	-0.0157	0.1133	0.0243	-0.0011	0.1281	0.0012	0.1418	-3.1764	-2.9245	-35.0446
3	1.2793	0.0202	0.1852	0.4756	-0.041	1.846	-0.0483	0.078	0.1584	-0.0533	0.0042	0.0897	-0.1207	-0.1948	0.0307	0.112	0.0152	-0.0164	0.0655	0.006	0.1507	0.2414	0.291	-49.2473
4	1.395	-0.285	0.3932	1.0337	-0.493	1.4907	0.0967	0.2365	-0.274	-0.1626	-0.0643	0.0194	0.3293	0.1381	0.0144	0.1863	0.0115	-0.0059	0.1051	-0.0299	0.1894	13.914	-15.9496	-53.2352
5	1.0605	0.0249	0.3582	0.1955	0.1262	1.0259	0.0447	-0.0785	-0.1688	0.0415	-0.0222	0.0108	0.2189	0.0571	-0.0082	0.1394	0.0045	-0.008	0.0724	0.0185	0.1556	17.8282	-14.8261	-40.0474
6	1.9149	-0.1445	0.3497	0.4902	-0.3623	4.2285	0.0293	-0.1034	0.058	0.1535	-0.074	-0.0718	-0.1451	0.2255	0.061	0.1166	-0.0041	0.0007	0.1313	-0.0046	0.1744	23.9393	-9.3031	-34.5874
7	1.791	0.0966	0.5406	0.8635	0.5196	2.394	-0.0684	0.1691	0.4638	0.0428	-0.2035	-0.1091	-0.7724	-0.0172	0.2067	0.3365	-0.0211	-0.03	0.2986	0.127	0.2395	3.895	16.5151	-86.1863
8	1.5369	-0.2946	0.5069	0.9722	-0.3997	2.1755	-0.0079	0.5325	0.1829	-0.0795	-0.1905	-0.2262	-0.1415	0.8284	0.085	0.1557	-0.027	0.0191	0.5086	0.1519	0.2051	16.1287	6.7304	-84.5222
9	1.1877	-0.1086	-0.1475	1.9502	0.0866	2.8976	0.0589	-0.222	-0.3184	0.0848	0.0158	-0.0004	0.9195	-0.2323	-0.0161	0.3574	-0.0256	-0.009	0.2703	0.049	0.2081	0.666	-13.2846	-81.4981
10	0.9988	0.0697	0.2964	0.4216	-0.0671	3.3515	0.0359	0.0904	-0.138	-0.0657	0.0135	-0.0159	0.4916	-0.2877	-0.0477	0.1862	-0.0197	0.0037	0.2682	0.0245	0.1546	-2.9075	-5.6301	-90.2832
11	0.9577	0.1112	0.3149	0.4678	-0.85	3.877	-0.0163	0.0594	0.0054	-0.0457	0.0002	0.0263	-0.0582	-0.6039	0.0296	0.1323	0.009	0.0071	0.3979	0.0316	0.1985	-8.4562	1.8773	-95.9905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 202 )	A	162 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 285 )	A	203 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 344 )	A	286 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 345 through 436 )	A	345 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 548 )	A	437 - 548
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 549 through 607 )	A	549 - 607
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 202 )	B	162 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 359 )	B	203 - 359
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 360 through 421 )	B	360 - 421
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 422 through 548 )	B	422 - 548
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 549 through 608 )	B	549 - 608

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新型コロナ情報

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