PDB-7ufy: Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ766

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ufy

タイトル

Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ766

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

HYDROLASE / phosphodiesterase / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.584 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Wang, W. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2022
タイトル: Phosphonic acid-containing inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1.
著者: Zhao, X.Z. / Wang, W. / Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2022年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ufy.cif.gz	394.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ufy.ent.gz	319.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ufy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ufy_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ufy_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7ufy_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	7ufy_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ufzC 6dhuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.813, 104.732, 193.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-N8I / [(4-{[(4S)-2,7-diphenylimidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]amino}phenyl)methyl]phosphonic acid 分子量: 455.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₂N₃O₃P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 137386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 35.8
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6750 / CC_1/2: 0.848 / CC star: 0.958 / R_pim(I) all: 0.304 / R_rim(I) all: 0.738 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu

解像度: 1.584→44.271 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	6803	4.96 %
R_work	0.1656	130444	-
obs	0.1669	137247	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.4 Å² / B_iso mean: 30.479 Å² / B_iso min: 12.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.584→44.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7001	0	94	808	7903
B_iso mean	-	-	42.71	42.62	-
残基数	-	-	-	-	876

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5843-1.6023	0.2732	185	0.2473	3561	83
1.6023-1.6211	0.2676	216	0.236	4320	100
1.6211-1.6409	0.2722	228	0.219	4326	100
1.6409-1.6616	0.2197	230	0.1942	4385	100
1.6616-1.6835	0.2278	237	0.1863	4242	100
1.6835-1.7066	0.2238	252	0.1859	4319	100
1.7066-1.731	0.2093	230	0.1773	4329	100
1.731-1.7568	0.2119	244	0.1756	4294	100
1.7568-1.7842	0.2022	228	0.1722	4369	100
1.7842-1.8135	0.2087	222	0.168	4280	100
1.8135-1.8448	0.2066	228	0.1686	4384	100
1.8448-1.8783	0.1906	207	0.1615	4329	100
1.8783-1.9144	0.2086	209	0.1576	4364	100
1.9144-1.9535	0.1837	212	0.1578	4334	100
1.9535-1.996	0.1884	250	0.1542	4375	100
1.996-2.0424	0.1756	210	0.1538	4303	100
2.0424-2.0935	0.1957	213	0.1552	4400	100
2.0935-2.1501	0.175	216	0.1619	4367	100
2.1501-2.2134	0.1794	230	0.1515	4342	100
2.2134-2.2848	0.1802	228	0.1603	4370	100
2.2848-2.3665	0.2002	237	0.1653	4399	100
2.3665-2.4612	0.1869	215	0.1673	4356	100
2.4612-2.5732	0.1955	218	0.1679	4394	100
2.5732-2.7089	0.2041	232	0.17	4396	100
2.7089-2.8786	0.1999	246	0.1763	4385	100
2.8786-3.1008	0.1946	226	0.1764	4443	100
3.1008-3.4127	0.2015	261	0.1651	4391	100
3.4127-3.9063	0.1789	234	0.1498	4475	100
3.9063-4.9205	0.1682	220	0.1403	4529	100
4.9205-44.27	0.1986	239	0.1878	4683	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9885	-0.3885	0.3753	0.3511	-0.3424	0.7852	-0.1026	-0.1031	0.3304	0.0586	-0.0134	-0.1058	-0.2601	-0.031	0.1322	0.206	0.0116	-0.0314	0.1231	-0.0113	0.2145	10.6035	6.4063	-36.8217
2	1.655	-0.1615	0.0516	1.6402	-0.1352	2.0367	-0.0991	-0.2791	-0.0387	0.147	0.1286	0.2131	0.0162	-0.3521	-0.0261	0.123	0.0311	0.0024	0.1921	0.0195	0.1656	-3.2313	-3.3114	-35.0327
3	1.5619	0.079	0.3032	0.636	-0.0351	2.2636	-0.0627	0.0835	0.1467	-0.0438	0.0522	0.1081	-0.1426	-0.2891	0.0043	0.1076	0.0174	-0.0191	0.1005	0.0065	0.1562	0.3065	-0.1456	-49.1514
4	1.425	-0.3641	0.418	1.1263	-0.4994	1.78	0.0973	0.2277	-0.2456	-0.1739	-0.0433	-0.0077	0.3665	0.1355	-0.0161	0.1901	0.0039	-0.0072	0.1248	-0.0276	0.186	13.5848	-15.88	-53.4404
5	1.0867	0.075	0.4097	0.1613	0.0571	1.216	0.0504	-0.0425	-0.1453	0.0345	-0.0136	-0.0162	0.2615	0.0571	-0.0238	0.162	0.0101	-0.0117	0.09	0.0101	0.1791	17.8451	-15.2972	-40.1772
6	1.4354	-0.1136	0.1687	0.5272	-0.2567	4.9794	0.0333	-0.0226	-0.0163	0.152	-0.0687	-0.0432	-0.0811	0.2095	0.0422	0.1025	-0.0003	-0.0095	0.1417	0.0042	0.192	24.1128	-10.1931	-34.1473
7	3.005	0.1413	1.0549	0.7297	0.1466	2.6304	-0.1694	-0.0308	0.5273	0.0576	-0.1553	-0.0758	-0.7378	0.1147	0.2868	0.2929	-0.0233	-0.0337	0.2097	0.0682	0.2426	4.4836	16.6765	-85.6051
8	1.9123	-0.142	0.3554	1.0457	-0.5545	2.4252	-0.0561	0.3927	0.1378	-0.1109	-0.1551	-0.2425	-0.2023	0.7484	0.0785	0.1661	-0.0562	0.0044	0.3922	0.1226	0.2154	15.7393	8.7821	-87.7737
9	2.245	0.3314	0.4269	0.9902	0.1772	2.5766	0.0581	0.0484	-0.1987	0.0529	-0.091	-0.1465	0.3445	0.4692	0.0197	0.1637	0.0685	0.0035	0.2757	0.0766	0.1655	13.4665	-3.612	-76.2027
10	1.4853	-0.2781	0.4502	0.6856	0.2694	2.5763	0.0528	-0.1924	-0.3079	0.0439	0.0044	0.117	0.7305	-0.3882	-0.0211	0.2708	-0.0811	0.0108	0.2585	0.0382	0.2048	-6.4027	-9.8332	-88.0476
11	0.957	0.003	0.4421	0.4013	-0.3286	3.0035	0.0374	0.0899	-0.1527	-0.0996	-0.0342	-0.0042	0.4337	-0.145	-0.0039	0.1852	-0.0057	0.0145	0.2011	0.0158	0.1724	-1.3953	-5.5205	-90.0347
12	0.8604	0.1215	0.1612	0.6643	-0.7744	4.5104	-0.0202	-0.0397	0.0007	-0.0498	-0.0262	0.0565	-0.0662	-0.4976	0.0531	0.1354	0.0082	-0.0006	0.3234	0.0066	0.2039	-8.3545	2.2502	-95.7452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 202 )	A	162 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 285 )	A	203 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 343 )	A	286 - 343
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 344 through 436 )	A	344 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 548 )	A	437 - 548
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 549 through 607 )	A	549 - 607
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 202 )	B	162 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 318 )	B	203 - 318
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 319 through 382 )	B	319 - 382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 383 through 452 )	B	383 - 452
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 453 through 548 )	B	453 - 548
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 549 through 608 )	B	549 - 608

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)