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- PDB-7ufl: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ufl
タイトルCrystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with chimeric mouse ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RBD / ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant.
著者: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,43225
ポリマ－186,9684
非ポリマー3,46421
水36020
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,14613
ポリマ－93,4842
非ポリマー1,66111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,28712
ポリマ－93,4842
非ポリマー1,80210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.048, 118.467, 110.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 32 through 85 or resid 87 through 434 or resid 436 through 613))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 32 through 85 or resid 87...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 334 through 479 or resid 481 through 516 or resid 523 through 526))
d_2ens_2(chain "F" and (resid 334 through 345 or (resid 346...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PHELEUA13 - 66
d_12ens_1GLUTHRA68 - 415
d_13ens_1ILETYRA417 - 594
d_21ens_1PHELEUG12 - 65
d_22ens_1GLUTHRG67 - 414
d_23ens_1ILETYRG416 - 593
d_11ens_2ASNPROQ1 - 146
d_12ens_2ASNGLUQ148 - 183
d_13ens_2THRGLYQ185 - 188
d_21ens_2ASNPROS2 - 147
d_22ens_2ASNGLYS149 - 188

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.951280685626, 0.24148879514, 0.191698249802), (0.197961435243, 0.0017088599185, 0.980208319672), (0.236381740648, 0.970402103058, -0.049431073916)9.29599504924, -23.2254271976, 0.258902526249
2given(-0.983959301374, 0.170587827888, 0.0521908633414), (0.0549860994751, 0.0116992901825, 0.998418577288), (0.169707460368, 0.98527301779, -0.020891584668)17.1589517059, -22.6607172657, -0.459040707435

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE2


分子量: 69075.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24408.705 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 18-22% PEG6000, 100 mM sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→80.852 Å / Num. obs: 26691 / % possible obs: 54.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 83.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.84→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 1335 / CC1/2: 0.757

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 6VW1

6vw1


解像度: 2.84→30.39 Å / SU ML: 0.363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1333 5.01 %
Rwork0.2137 25300 -
obs0.2167 26633 54.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→30.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12706 0 216 20 12942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002813285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.603318027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06881913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00432317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.20594825
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.71451565997
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.835705022617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.940.302170.4448160X-RAY DIFFRACTION3.45
2.94-3.060.4834170.3822392X-RAY DIFFRACTION8.43
3.06-3.20.49340.3648697X-RAY DIFFRACTION15.03
3.2-3.360.342460.35121180X-RAY DIFFRACTION25.26
3.36-3.570.3709890.30582386X-RAY DIFFRACTION50.59
3.57-3.850.33861850.27823136X-RAY DIFFRACTION68.17
3.85-4.240.32161770.22723634X-RAY DIFFRACTION78.06
4.24-4.850.26352500.19894482X-RAY DIFFRACTION96.61
4.85-6.10.24382650.20624610X-RAY DIFFRACTION99.33
6.1-30.390.2342630.17544623X-RAY DIFFRACTION98.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.594064298722.72093409567-1.642903632556.89884678180.1629062335415.4434372938-0.6805633940430.268132553389-0.572635191441-0.231902619187-0.532313142227-1.048794569481.284959456010.3064250496790.3743455115350.659725220949-0.04987382176050.01099753701050.8912581407520.2531509296191.0584390623516.0351227259-17.131702390762.4775945867
25.5145048051.17601423765-1.604596213551.87498310808-0.8589970861250.738714255525-1.44536784290.00579021072859-1.12036889511-0.3756617383010.363616498406-0.255659402741.17224902021-0.3199151950370.8654676693141.16157457226-0.2083724038610.1621097637151.044655662980.03924373519550.90834323459321.4617594726-21.237440429251.0646586553
32.249925524510.19311583979-2.02741313185.58109174873-0.1080899213442.04973661276-0.374942823679-1.19849261384-0.6023797250550.851467227182-0.521872129956-1.055682481690.5917385432960.6887890965630.2147928122420.6398096561260.366556347849-0.08390279780450.7940167792560.3327666829240.93606918776346.5916380022-4.4486120139451.6701024905
42.915369871380.544183064622-1.179384046720.553097013803-0.7944198489691.16630782783-0.7089712917231.55140159161-0.50292269385-0.2823810198540.6036514823780.1284361493730.78411507879-1.58927736840.05683058597660.984825201409-0.618185359115-0.03659189705221.47795745218-0.01456813149150.65605073149527.8192047208-4.6077823275534.066135607
51.546485990020.520083406827-0.8493942575411.6886417074-1.362484369842.424564657070.201824090325-0.2135884653140.150092553120.4988471269790.3825619167790.232259699061-0.276355314767-0.207876102462-0.106005479859-0.2711746007790.507751317397-0.4720059431830.4060084123780.4423021806460.65640758814841.98693713413.52322253841.3483657123
62.88133520750.122020211945-3.17724200225.03703102173-3.452658734555.592666413320.5883354028270.301416034661.330609285430.82865975095-0.0278458414606-0.321027201547-1.120198936270.0629606990409-0.4641239662150.538953288144-0.165357714018-0.03266708338060.8269489305610.2563562006831.0704878557519.62360551888.7019862023760.9210392689
73.353967771792.47808273881-2.132125040391.761276529-1.026363443292.85065420401-0.9763142690672.177957988130.421525780869-0.9355710113341.070356278060.6946173583090.632405773169-1.53451712873-0.2205016185230.3443943775770.00273596068011-0.2725294545641.083481501210.5909438601220.62840547658427.28621953364.133462444439.6381516388
80.5962385156380.3982817850761.301746961330.2774622920640.8750752714622.72009491428-0.1637249089691.466921543070.696060643572-1.172101476570.277020270337-0.138933936544-0.426048076792-0.80540613831-0.03826010105181.48383504890.115125168620.3253147453181.455270263130.3961777130070.7092137453051.0681838401841.2204565522-15.7526380508
93.681675169171.41065112401-1.103119217650.551008611139-0.4589502814710.4369968379170.1870783812111.35640624548-0.311192358212-0.663354914390.0115969594690.135584530742-0.164578989307-0.632637367016-0.1757083220922.250223246820.2067853148030.6473248321511.465189995070.2155709973140.884804240724-5.5242570025231.5123002508-17.6853397149
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180.539680687961-1.016874113090.8855486001463.3113920362-0.3765213229482.657160011660.5759744014170.341023599080.6141252072030.439336320344-0.699752338572-1.05455020784-1.426831490.1659869134790.006970340239671.672878390870.02397781307280.7409138393061.01219051450.5289939894971.1110664448932.750353244660.3222415624-10.7179946013
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221.90195194733-0.507188679964-0.850000834152.79860170592-0.8401629644674.624374172960.0004190193711430.1872125621240.411967271715-0.39072589999-0.416103239158-1.134967634470.07283544443770.4265066868320.2491277788231.071066191220.2070660177010.6241096597090.8385556155180.6237928275431.1716190933328.210004285846.7777499316-14.4165822927
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240.4490500426080.5799309953450.2448749013160.7578329815020.3140724063830.1290832172240.2055305308791.247729873840.292175476605-1.13541997217-0.207072444979-0.250161163780.5540835310310.1508517546250.06227117807571.490063300710.2420563310860.2863807064171.261869578020.3019566626190.78018571966613.846713819245.2816367123-19.1390661342
250.2877766130670.3122991346511.537505856090.747853509391.813467678018.2876449723-1.265038701231.024724648910.819498743325-0.03402224195460.846773445588-1.06873378569-0.7157767170661.600369146950.2933960812460.788109263662-0.05361717511880.3463130660030.8635510483550.2495556490011.4262644086940.788095869654.3228059359-7.38685650798
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 82 )AA20 - 821 - 63
22chain 'A' and (resid 83 through 128 )AA83 - 12864 - 109
33chain 'A' and (resid 129 through 194 )AA129 - 194110 - 175
44chain 'A' and (resid 195 through 251 )AA195 - 251176 - 232
55chain 'A' and (resid 252 through 293 )AA252 - 293233 - 274
66chain 'A' and (resid 294 through 387 )AA294 - 387275 - 368
77chain 'A' and (resid 388 through 614 )AA388 - 614369 - 595
88chain 'B' and (resid 21 through 82 )BG21 - 821 - 62
99chain 'B' and (resid 83 through 128 )BG83 - 12863 - 108
1010chain 'B' and (resid 129 through 194 )BG129 - 194109 - 174
1111chain 'B' and (resid 195 through 512 )BG195 - 512175 - 492
1212chain 'B' and (resid 513 through 613 )BG513 - 613493 - 593
1313chain 'E' and (resid 334 through 369 )EQ334 - 3691 - 36
1414chain 'E' and (resid 370 through 393 )EQ370 - 39337 - 60
1515chain 'E' and (resid 394 through 442 )EQ394 - 44261 - 109
1616chain 'E' and (resid 443 through 479 )EQ443 - 479110 - 146
1717chain 'E' and (resid 480 through 526 )EQ480 - 526147 - 188
1818chain 'F' and (resid 333 through 352 )FS333 - 3521 - 20
1919chain 'F' and (resid 353 through 368 )FS353 - 36821 - 36
2020chain 'F' and (resid 369 through 380 )FS369 - 38037 - 48
2121chain 'F' and (resid 381 through 391 )FS381 - 39149 - 59
2222chain 'F' and (resid 392 through 469 )FS392 - 46960 - 137
2323chain 'F' and (resid 470 through 479 )FS470 - 479138 - 147
2424chain 'F' and (resid 480 through 507 )FS480 - 507148 - 175
2525chain 'F' and (resid 508 through 528 )FS508 - 528176 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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