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Yorodumi- PDB-7ufk: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ufk | ||||||||||||
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| Title | Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with human ACE2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / ACE2 / RBD / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / viral life cycle / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / viral translation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.38 Å | ||||||||||||
Authors | Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022Title: Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. Authors: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ufk.cif.gz | 796.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ufk.ent.gz | 553.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ufk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ufk_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ufk_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 7ufk_validation.xml.gz | 53.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ufk_validation.cif.gz | 71.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7uflC ![]() 6vw1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABEF
| #1: Protein | Mass: 69153.664 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 19-615 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ACE2, UNQ868/PRO1885 / Production host: ![]() References: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2 #2: Protein | Mass: 24408.705 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receptor-binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 4 types, 14 molecules 
| #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 30 molecules 








| #6: Chemical | | #7: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-NA / | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.99 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Tris, pH 8.5, 18-22% PEG6000, 100 mM sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.38→81.6 Å / Num. obs: 43192 / % possible obs: 51.4 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 66.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17 |
| Reflection shell | Resolution: 2.38→2.71 Å / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.673 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: PDB entry 6VW1 Resolution: 2.38→29.01 Å / SU ML: 0.3259 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.0653 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 77.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→29.01 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 3items
Citation

PDBj





