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Yorodumi- PDB-7ufl: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ufl | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with chimeric mouse ACE2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RBD / ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.84 Å | ||||||||||||
Authors | Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022Title: Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. Authors: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ufl.cif.gz | 791 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ufl.ent.gz | 553 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ufl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ufl_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ufl_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7ufl_validation.xml.gz | 56.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ufl_validation.cif.gz | 75.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufl | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABEF
| #1: Protein | Mass: 69075.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 24408.705 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receptor-binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 3 types, 8 molecules 
| #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
|---|---|---|---|
| #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 33 molecules 






| #5: Chemical | | #6: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.15 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Tris, pH 8.5, 18-22% PEG6000, 100 mM sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.84→80.852 Å / Num. obs: 26691 / % possible obs: 54.5 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 83.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10 |
| Reflection shell | Resolution: 2.84→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 1335 / CC1/2: 0.757 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: PDB entry 6VW1 Resolution: 2.84→30.39 Å / SU ML: 0.363 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.743 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 97.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→30.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 3items
Citation

PDBj


