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Yorodumi- PDB-7ufl: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ufl | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with chimeric mouse ACE2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RBD / ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.84 Å | ||||||||||||
Authors | Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022 Title: Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. Authors: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ufl.cif.gz | 791 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ufl.ent.gz | 553 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ufl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ufl_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ufl_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7ufl_validation.xml.gz | 56.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7ufl_validation.cif.gz | 75.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufl | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABEF
#1: Protein | Mass: 69075.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) #2: Protein | Mass: 24408.705 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receptor-binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) |
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-Sugars , 3 types, 8 molecules
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 33 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Tris, pH 8.5, 18-22% PEG6000, 100 mM sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.84→80.852 Å / Num. obs: 26691 / % possible obs: 54.5 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 83.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.84→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 1335 / CC1/2: 0.757 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB entry 6VW1 Resolution: 2.84→30.39 Å / SU ML: 0.363 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.743 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→30.39 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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