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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ufk | ||||||||||||
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| タイトル | Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with human ACE2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / ACE2 / RBD / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / viral life cycle / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / viral translation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト)![]() | ||||||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.38 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| 資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022タイトル: Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. 著者: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Ye, G. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 7ufk.cif.gz | 796.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb7ufk.ent.gz | 553.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 7ufk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 7ufk_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 7ufk_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 7ufk_validation.xml.gz | 53.7 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 7ufk_validation.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7ufk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 7uflC ![]() 6vw1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF
| #1: タンパク質 | 分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2 #2: タンパク質 | 分子量: 24408.705 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
|---|
-糖 , 4種, 14分子 
| #3: 多糖 | | #4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
|---|
-非ポリマー , 5種, 30分子 








| #6: 化合物 | | #7: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-NA / | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 18-22% PEG6000, 100 mM sodium chloride |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.38→81.6 Å / Num. obs: 43192 / % possible obs: 51.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 66.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.38→2.71 Å / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.673 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成開始モデル: PDB entry 6VW1 解像度: 2.38→29.01 Å / SU ML: 0.3259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0653 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 77.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→29.01 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
米国, 3件
引用

PDBj





