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- PDB-7ufe: Human CYP3A4 bound to an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ufe
タイトルHuman CYP3A4 bound to an inhibitor
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / CYP3A4 / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / : / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NXR / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sevrioukova, I.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES025767 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Interaction of CYP3A4 with Rationally Designed Ritonavir Analogues: Impact of Steric Constraints Imposed on the Heme-Ligating Group and the End-Pyridine Attachment.
著者: Samuels, E.R. / Sevrioukova, I.F.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8709
ポリマ－111,2832
非ポリマー2,5877
水95553
1
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8709
ポリマ－111,2832
非ポリマー2,5877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_758-x+5/2,y+1/2,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)153.617, 96.749, 93.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase ...1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase


分子量: 55641.609 Da / 分子数: 2 / 変異: residues 3-22 deleted, K421A and K424A mutations / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 4-histidine tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A4, CYP3A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NXR / N-[(2S)-1-{[(2R)-1-oxo-3-phenyl-1-{[3-(pyridin-3-yl)propyl]amino}propan-2-yl]sulfanyl}-3-phenylpropan-2-yl]pyridine-3-carboxamide


分子量: 538.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H34N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG 3350, tacsimate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→77.63 Å / Num. obs: 43861 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.257 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6382 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 0.777 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7kvh, molecule A

7kvh


解像度: 2.4→48.375 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 2117 4.84 %
Rwork0.221 --
obs0.2226 43781 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7268 0 182 53 7503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50310390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6914623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45580.4241580.36222736X-RAY DIFFRACTION98
2.4558-2.51720.37261590.35632736X-RAY DIFFRACTION98
2.5172-2.58530.36171610.31922740X-RAY DIFFRACTION98
2.5853-2.66140.35041160.31132784X-RAY DIFFRACTION98
2.6614-2.74730.40051130.30092816X-RAY DIFFRACTION99
2.7473-2.84540.31071370.29632711X-RAY DIFFRACTION97
2.8454-2.95940.3321010.28762819X-RAY DIFFRACTION98
2.9594-3.0940.30891190.27152769X-RAY DIFFRACTION99
3.094-3.25710.31521210.26912852X-RAY DIFFRACTION99
3.2571-3.46110.27411430.25962770X-RAY DIFFRACTION99
3.4611-3.72830.29591500.24662748X-RAY DIFFRACTION98
3.7283-4.10330.25841740.20932797X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-4.69660.22021500.18552777X-RAY DIFFRACTION99
4.6966-5.91550.2311850.19422740X-RAY DIFFRACTION98
5.9155-48.3750.18831300.17812869X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 125.4397 Å / Origin y: -21.755 Å / Origin z: 108.2844 Å
111213212223313233
T0.4628 Å20.0018 Å2-0.0113 Å2-0.5313 Å20.0371 Å2--0.5641 Å2
L0.7275 °2-0.0764 °20.0865 °2-1.0828 °2-0.9362 °2--2.4645 °2
S-0.0277 Å °-0.2123 Å °-0.0107 Å °0.2932 Å °-0.0002 Å °-0.0068 Å °-0.2115 Å °0.0203 Å °0.0126 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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