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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uf6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of liganded Hb with the 5-HMF analog, MMA509 | |||||||||
要素 | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | |||||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / hemoglobin / 5-HMF / sickle cell disease / antisickling / oxygen equilibrium / aromatic aldehydes | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / platelet aggregation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Donkor, A.K. / Musayev, F.N. / Safo, M.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Improving the antisickling activity of furaldehyde 著者: El-Araby, M.E. / Omar, A.M. / Ghatge, M.S. / Musayev, F.N. / Donkor, A.K. / Paredes, S.D. / Abdulmalik, O. / Safo, M.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uf6.cif.gz | 144.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uf6.ent.gz | 111.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uf6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uf6_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uf6_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uf6_validation.xml.gz | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uf6_validation.cif.gz | 48 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7uf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7uf6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uf7C 3ic0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15281.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 16021.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 |
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-非ポリマー , 4種, 768分子
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 30 mg/dL of CO-ligated Hb crystallized using 10-20% PEG 6000, 100 mM Hepes, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日 / 詳細: VariMax TM-VHF Arc)Sec Confocal Optical System | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→28.3 Å / Num. obs: 38189 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 20.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 24.8 / Num. measured all: 284459 / Scaling rejects: 195 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IC0 解像度: 2→28.298 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.55 Å2 / Biso mean: 21.6014 Å2 / Biso min: 6.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→28.298 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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