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万見
- PDB-7uem: Genomic and structural basis for the human anti-alpha-galactosyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uem
タイトルGenomic and structural basis for the human anti-alpha-galactosyl antibody response
要素
  • Heavy chain Fab arm of antibody HKB7
  • Light chain Fab of antibody HKB7
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha-galactosyl / antibody / anti-alpha-gal / immune response / M86
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.314 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Genetic and structural basis of the human anti-alpha-galactosyl antibody response.
著者: Langley, D.B. / Schofield, P. / Nevoltris, D. / Jackson, J. / Jackson, K.J.L. / Peters, T.J. / Burk, M. / Matthews, J.M. / Basten, A. / Goodnow, C.C. / van Nunen, S. / Reed, J.H. / Christ, D.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年6月29日ID: 6NV0
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Light chain Fab of antibody HKB7
D: Heavy chain Fab arm of antibody HKB7
H: Heavy chain Fab arm of antibody HKB7
L: Light chain Fab of antibody HKB7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,15421
ポリマ－96,9384
非ポリマー1,21617
水5,765320
1
C: Light chain Fab of antibody HKB7
D: Heavy chain Fab arm of antibody HKB7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,05910
ポリマ－48,4692
非ポリマー5908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
H: Heavy chain Fab arm of antibody HKB7
L: Light chain Fab of antibody HKB7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,09511
ポリマ－48,4692
非ポリマー6269
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.937, 65.931, 151.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-489-

HOH

21D-401-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Light chain Fab of antibody HKB7


分子量: 23999.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain Fab arm of antibody HKB7


分子量: 24469.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Equal volumes of protein (in 25 mM Tris, 100 mM NaCl) were combined with well solution (1 M LiCl2, 100 mM citrate (pH 4.0), 20% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→43.46 Å / Num. obs: 37114 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 33.28 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 215453 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.31-2.45.40.5191853734340.8570.2390.574392.9
8.96-43.465.90.06440056740.9940.0290.07124.698.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.21 Å43.36 Å
Translation3.21 Å43.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: generic Fab

解像度: 2.314→42.974 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1810 4.88 %
Rwork0.1889 35283 -
obs0.191 37093 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.32 Å2 / Biso mean: 37.0057 Å2 / Biso min: 20.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.314→42.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6581 0 61 320 6962
Biso mean--42.79 37.77 -
残基数----869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8049265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511044
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1654415
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.314-2.37650.33441340.2756250791
2.3765-2.44640.34241410.2541270699
2.4464-2.52540.28771300.2419271099
2.5254-2.61560.27321300.234275499
2.6156-2.72040.29291200.2318273199
2.7204-2.84410.24541260.2263269199
2.8441-2.9940.3111610.2351271199
2.994-3.18160.28731460.2172270299
3.1816-3.42710.24641530.1947271399
3.4271-3.77180.20711420.1685272999
3.7718-4.31720.18141380.1522273698
4.3172-5.43750.15411380.1397279099
5.4375-42.9740.20571510.1666280399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.264 Å / Origin y: 16.8824 Å / Origin z: 38.0035 Å
111213212223313233
T0.2409 Å20.0032 Å2-0.0172 Å2-0.2098 Å2-0.0014 Å2--0.221 Å2
L0.0057 °20.0125 °2-0.0122 °2-0.1076 °20.2202 °2--0.7424 °2
S0.0305 Å °-0.0018 Å °-0.0087 Å °0.002 Å °0.0166 Å °-0.0438 Å °0.0067 Å °-0.0438 Å °-0.0414 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 337
8X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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