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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ue1
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Mutant (KGD) in Complex with Inhibitor GRL-142
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7OA / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Aoki, M. / Aoki-Ogata, H. / Bulut, H. / Hayashi, H. / Davis, D. / Hasegawa, K. / Yarchoan, R. / Ghosh, A.K. / Pau, A.K. / Mitsuya, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: GRL-142 binds to and impairs HIV-1 integrase nuclear localization signal and potently suppresses highly INSTI-resistant HIV-1 variants.
著者: Aoki, M. / Aoki-Ogata, H. / Bulut, H. / Hayashi, H. / Takamune, N. / Kishimoto, N. / Tanaka, H. / Higashi-Kuwata, N. / Hattori, S.I. / Das, D. / Venkateswara Rao, K. / Iwama, K. / Davis, D.A. ...著者: Aoki, M. / Aoki-Ogata, H. / Bulut, H. / Hayashi, H. / Takamune, N. / Kishimoto, N. / Tanaka, H. / Higashi-Kuwata, N. / Hattori, S.I. / Das, D. / Venkateswara Rao, K. / Iwama, K. / Davis, D.A. / Hasegawa, K. / Murayama, K. / Yarchoan, R. / Ghosh, A.K. / Pau, A.K. / Machida, S. / Misumi, S. / Mitsuya, H.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1444
ポリマ－36,3412
非ポリマー8032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.368, 111.368, 137.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 57 through 187 or resid 193 through 208))
21(chain B and (resid 57 through 138 or resid 151 through 208))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARG(chain A and (resid 57 through 187 or resid 193 through 208))AA57 - 18711 - 141
12GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 57 through 187 or resid 193 through 208))AA193 - 208147 - 162
21SERSERGLUGLU(chain B and (resid 57 through 138 or resid 151 through 208))BB57 - 13811 - 92
22VALVALLEULEU(chain B and (resid 57 through 138 or resid 151 through 208))BB151 - 208105 - 162

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 18170.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YUI7
#2: 化合物 ChemComp-7OA / (3S,3aR,5R,7aS,8S)-hexahydro-4H-3,5-methanofuro[2,3-b]pyran-8-yl [(2S,3R)-4-[{[2-(cyclopropylamino)-1,3-benzothiazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxybutan-2-yl]carbamate


分子量: 706.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40F2N4O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2% polyethylene glycol (PEG) 400, and 2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→86.49 Å / Num. obs: 8978 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 14.07 % / Biso Wilson estimate: 89.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 15.86
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 13.52 % / Rmerge(I) obs: 1.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 875 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L3U

3l3u


解像度: 3→86.49 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3174 420 4.69 %RANDOM
Rwork0.2233 8541 --
obs0.2274 8961 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 524.18 Å2 / Biso mean: 112.4495 Å2 / Biso min: 45.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→86.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 93 0 2317
Biso mean--119.39 --
残基数----288
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A800X-RAY DIFFRACTION12.664TORSIONAL
12B800X-RAY DIFFRACTION12.664TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.430.42041430.341327732916
3.43-4.330.31681450.22828032948
4.33-86.490.28831320.19529653097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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