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- PDB-7udm: Crystal structure of designed helical repeat protein RPB_PLP1_R6 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udm
タイトルCrystal structure of designed helical repeat protein RPB_PLP1_R6 in alternative conformation 1 (with peptide)
要素
  • 6xPLP
  • Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6
キーワードDE NOVO PROTEIN / peptide binding / designed helical repeat (DHR)
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chang, Y. / Redler, R.L. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128777 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: De novo design of modular peptide-binding proteins by superhelical matching.
著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C. ...著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C.M. / Shen, Y. / Stewart, L. / Derivery, E. / Silva, D.A. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_oper
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6
B: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6
C: 6xPLP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8593
ポリマ－65,8593
非ポリマー00
水00
1
A: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9981
ポリマ－31,9981
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9981
ポリマ－31,9981
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 6xPLP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8621
ポリマ－1,8621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.380, 80.260, 154.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6


分子量: 31998.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド 6xPLP


分子量: 1862.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02 M calcium chloride, 30% v/v MPD, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→43.22 Å / Num. obs: 20350 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 69.44 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 1492 / CC1/2: 0.57 / Rrim(I) all: 2.11 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 2.65→43.22 Å / SU ML: 0.4361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 40.3997
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 1167 6.45 %RANDOM
Rwork0.2597 16916 --
obs0.2623 18083 88.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→43.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4544 0 0 0 4544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00134615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.2946233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0289748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0013823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.98521815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.770.45891130.45631719X-RAY DIFFRACTION73.4
2.77-2.920.43221310.35871797X-RAY DIFFRACTION78.12
2.92-3.10.35011310.35781932X-RAY DIFFRACTION81.96
3.1-3.340.35411420.32812078X-RAY DIFFRACTION88.73
3.34-3.670.3731500.28352211X-RAY DIFFRACTION93.39
3.67-4.210.29011620.24112290X-RAY DIFFRACTION96.04
4.21-5.30.26841640.23862377X-RAY DIFFRACTION99.22
5.3-43.220.25861740.22312512X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.29733301711-2.56494773908-0.5891045690883.59335131575-2.669637762823.14925315686-1.24375367085-0.7915161894710.466593795942-2.036209477150.7028115089453.1000492680.0163254433104-1.594217504370.213633402481.753467118180.00876363817697-0.4051882056021.01274007660.008449430649881.097051188765.2333647874112.795288006520.9401225435
23.842817612393.344362070770.4926748360218.02909050275-0.2278192803690.877531156435-0.0957298941806-0.2213041986530.4194819935261.059357016130.05150772052071.327852444691.14280210398-0.07599030878470.130781207031.59630227035-0.0370173074699-0.002216897384110.4581209070730.07068096928730.5481638671120.296960140726.149502765130.9444037352
33.45423024062.455903427053.152007841933.469513912382.513245258424.47571574046-0.06803898169350.2443489787510.135997899194-0.4743721108740.19094732498-0.05822326742310.1759081512850.0287823095919-0.143416130931.54768754568-0.02821602633170.0998888756690.5076210151490.03464969819980.57806625653226.37025043726.852080902121.9129130212
42.415480317562.129597874634.34462959473.396539158583.420971688759.765992878530.1226143282320.485268590149-0.505905558466-0.2366425589650.477822200933-0.5219924568050.8972123112930.942259205348-0.6169478217641.297969564170.1092113087160.2729219202720.630420836759-0.05688813636740.78825577340737.332112876322.167242296626.646780433
56.02273724164-4.39905712417-4.087995071146.757060807654.521455826286.718131826490.1739589810070.0646364677947-0.00799689980603-0.0826222660556-0.31098839722-0.0228393852429-0.506794647462-0.702534103140.1465783338031.214839628940.0833955125558-0.02213884931470.4603839004440.02729572348590.56028444236224.361407995717.928170680656.4676174957
64.03346965245-1.19767359025-3.070766025292.34105610441.317461210456.804524406950.257715592704-0.0640717317914-0.1396803246430.177097271637-0.140488865003-0.257141847477-0.7789500833390.301421189813-0.09818350883991.409558901660.0365968472501-0.1029410512630.4206561984370.03307409442560.75376008709238.636891308420.773030558457.9592351607
75.928046947180.316741600434-0.8352985226774.96419329555-3.870166980453.637711299620.3784809496251.160722345620.270460820144-1.601070827490.335909015568-0.579515107359-0.0567173280264-0.392702406517-0.03088713888062.322231765560.259454605503-0.03542880165360.7110522755850.07681874725731.0444313051231.540744854715.926587900437.6761459384
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 25 )AA0 - 251 - 26
22chain 'A' and (resid 26 through 70 )AA26 - 7027 - 73
33chain 'A' and (resid 71 through 211 )AA71 - 21174 - 215
44chain 'A' and (resid 212 through 279 )AA212 - 279216 - 283
55chain 'B' and (resid 1 through 117 )BB1 - 1171 - 117
66chain 'B' and (resid 118 through 281 )BB118 - 281118 - 282
77chain 'C' and (resid 1 through 12 )CC1 - 121 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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