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万見
- PDB-7udj: Crystal structure of designed helical repeat protein RPB_PEW3_R4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udj
タイトルCrystal structure of designed helical repeat protein RPB_PEW3_R4 bound to PAWx4 peptide
要素
  • 4xPAW peptide
  • De novo designed helical repeat protein RPB_PEW3_R4
キーワードDE NOVO PROTEIN / Synthetic protein / designed helical repeat protein / peptide binder
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Redler, R.L. / Chang, Y. / Bhabha, G. / Ekiert, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128777 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: De novo design of modular peptide-binding proteins by superhelical matching.
著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C. ...著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C.M. / Shen, Y. / Stewart, L. / Derivery, E. / Silva, D.A. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 4xPAW peptide
H: De novo designed helical repeat protein RPB_PEW3_R4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8092
ポリマ－22,8092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.400, 67.600, 71.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 4xPAW peptide


分子量: 1435.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 De novo designed helical repeat protein RPB_PEW3_R4


分子量: 21373.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5, 30% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.3 Å / Num. obs: 6383 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 92.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06972 / Rpim(I) all: 0.03122 / Rrim(I) all: 0.07664 / Net I/σ(I): 12.04
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.056 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 612 / CC1/2: 0.808 / Rpim(I) all: 0.444 / Rrim(I) all: 1.147 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.16-3549-0000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 2.7→38.3 Å / SU ML: 0.4486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.2494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 316 4.96 %RANDOM
Rwork0.2454 6057 --
obs0.2467 6373 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 0 0 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00161627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40642198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0288252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.89571004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-3.40.33051540.32242966X-RAY DIFFRACTION99.7
3.4-38.30.26011620.23073091X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.69073608352 Å / Origin y: 10.8001177745 Å / Origin z: -15.7001410167 Å
111213212223313233
T0.936999298107 Å20.0526791361269 Å20.107826749706 Å2-0.878876753353 Å2-0.0380459411827 Å2--0.989968430863 Å2
L2.87733854926 °20.989953469839 °20.54483620355 °2-2.41385610431 °20.641048822901 °2--2.28727170323 °2
S-0.0780953222183 Å °0.0535710525337 Å °-0.0480430855582 Å °-0.354288186773 Å °-0.00265694971785 Å °0.0144314022264 Å °-0.27018598087 Å °-0.0705369110623 Å °-0.000157040928673 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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