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万見
- PDB-7uda: Structure of the EstG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uda
タイトルStructure of the EstG
要素Beta-lactamase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta fold
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Beta-lactamase-related domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Chen, Z. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R35GM136221 米国
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2023
タイトル: EstG is a novel esterase required for cell envelope integrity in Caulobacter.
著者: Daitch, A.K. / Orsburn, B.C. / Chen, Z. / Alvarez, L. / Eberhard, C.D. / Sundararajan, K. / Zeinert, R. / Kreitler, D.F. / Jakoncic, J. / Chien, P. / Cava, F. / Gabelli, S.B. / Goley, E.D.
履歴
登録2022年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4396
ポリマ－49,2251
非ポリマー2145
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.321, 110.321, 55.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase domain-containing protein


分子量: 49224.500 Da / 分子数: 1
断片: estG, Esterase for Stress Tolerance acting on glucans
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
プラスミド: pEG1622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9A800
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG500 MME, 10% PEG20000, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5 and 90 mM mixture of sodium nitrate, sodium phosphate dibasic and ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→29.62 Å / Num. obs: 24085 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.47-2.570.7811634525150.7550.3240.8472.491.9
8.92-29.60.04736105540.9950.020.05226.397.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ci8

1ci8


解像度: 2.47→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2159 / WRfactor Rwork: 0.1752 / FOM work R set: 0.8406 / SU B: 6.945 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.2452 / SU Rfree: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 1171 4.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 22895 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 187.25 Å2 / Biso mean: 52.356 Å2 / Biso min: 23.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3018 0 12 31 3061
Biso mean--48.75 43.13 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7351.6464241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2861.5756864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.525401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2921.242153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24715488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6581524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
LS精密化 シェル解像度: 2.474→2.538 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 73 -
Rwork0.273 1470 -
all-1543 -
obs--87.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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