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万見
- PDB-7ud0: Room Temperature Drosophila Cryptochrome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ud0
タイトルRoom Temperature Drosophila Cryptochrome
要素Cryptochrome-1
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / light-sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep ...UV-A, blue light phototransduction / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / Degradation of CRY / Degradation of TIM / blue light signaling pathway / response to magnetism / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / cellular response to light stimulus / blue light photoreceptor activity / response to blue light / entrainment of circadian clock / circadian behavior / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / response to light stimulus / photoreceptor activity / phototransduction / FAD binding / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / flavin adenine dinucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Schneps, C.M. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)R35122535 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Room-temperature serial synchrotron crystallography of Drosophila cryptochrome.
著者: Schneps, C.M. / Ganguly, A. / Crane, B.R.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
B: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1474
ポリマ－124,5762
非ポリマー1,5712
水00
1
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0742
ポリマ－62,2881
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0742
ポリマ－62,2881
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.000, 123.000, 81.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1 / DmCRY1 / dcry / Blue light photoreceptor


分子量: 62288.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cry, CG3772 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CmpX13 / 参照: UniProt: O77059
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5
詳細: 5 mg/mL twin-strep tagged dCRY (1-539) 100 mM Tris (pH 8.5) 150 mM Magnesium acetate tetrahydrate 18% PEG-4000 Mixed 1:1 in Eppendorf tube; no vortexing

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→19.84 Å / Num. obs: 14881 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 47.4 % / Biso Wilson estimate: 100.7 Å2 / CC1/2: 0.269 / Rmerge(I) obs: 0.649 / Rrim(I) all: 0.658 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 48.6 % / Rmerge(I) obs: 2.52 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1462 / CC1/2: 0.213 / Rrim(I) all: 2.55 / % possible all: 89.1
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Batch crystallization
Sample dehydration prevention: Sealed chips with mylar films
Sample holding: chip
Sample solvent: 100 mM Tris (pH 8.5), 150 mM Magnesium acetate tetrahydrate, 18% PEG-4000
Sample unit size: 10 µm / Support base: goniometer

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GU5

4gu5


解像度: 3.5→19.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 -10 %1419
Rwork0.251 ---
obs-14126 89.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8747 0 106 0 8853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00429103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.585812390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03931311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.78823322
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.63 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 --
Rwork0.296 1221 -
obs--89.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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