PDB-7ucw: Structure of mouse Decr1 in complex with 2'-5' oligoadenylate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ucw

タイトル

Structure of mouse Decr1 in complex with 2'-5' oligoadenylate

要素

Decr1 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Govande, A.A. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2023
タイトル: RNase L-activating 2'-5' oligoadenylates bind ABCF1, ABCF3 and Decr-1.
著者: Govande, A.A. / Babnis, A.W. / Urban, C. / Habjan, M. / Hartmann, R. / Kranzusch, P.J. / Pichlmair, A.

履歴

登録	2022年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / reflns Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _reflns.percent_possible_obs
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ucw.cif.gz	780.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ucw.ent.gz	539.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ucw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ucw_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ucw_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7ucw_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	7ucw_validation.cif.gz	76 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w6uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Decr1 protein

B: Decr1 protein

C: Decr1 protein

D: Decr1 protein

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.379, 117.191, 232.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-725- HOH

#1: タンパク質	Decr1 protein 分子量: 32489.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Decr1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FJK0
#2: 化合物	ChemComp-25L / [[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 2'-5'-oligoadenylate trimer / 2′-O-[2′-O-(5′-アデニリル)-5′-アデニリル]アデノシン5′-三りん酸分子量: 1165.593 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₀N₁₅O₂₅P₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 34% PEG-300, 100 mM Tris-HCl pH 8.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→67.39 Å / Num. obs: 244100 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 11679 / CC_1/2: 0.525 / R_pim(I) all: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W6U

1w6u

解像度: 1.35→67.39 Å / SU ML: 0.1344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.4363
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1598	2000	0.82 %
R_work	0.1512	241889	-
obs	0.1512	243889	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→67.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8465	0	300	954	9719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	8987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0843	12228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0778	1385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	1515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5099	3207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.38	0.2813	138	0.2705	16746	X-RAY DIFFRACTION	97.84
1.38-1.42	0.2258	143	0.2429	17149	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.42-1.46	0.2186	142	0.2224	17179	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.46-1.51	0.2195	141	0.2048	17131	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.51-1.56	0.2263	143	0.2021	17249	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.56-1.63	0.1798	143	0.1743	17266	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.63-1.7	0.1594	142	0.1569	17228	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.7-1.79	0.1695	143	0.1485	17255	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.79-1.9	0.1585	142	0.1518	17239	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-2.05	0.1333	143	0.1348	17355	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.05-2.26	0.1413	143	0.1272	17313	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.58	0.1268	144	0.1264	17401	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.58-3.25	0.151	146	0.1437	17502	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-67.39	0.1655	147	0.1517	17876	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.03492149238	-0.265512646857	-0.181439290401	0.662706674965	-0.199108527104	0.136810398148	0.0474667833264	-0.0206145960366	0.130642178049	0.05674207512	-0.102368582403	-0.22796730725	-0.165352049191	0.255999087139	0.0300238742142	0.166054190447	-0.0277454041564	-0.00916258520758	0.210365879517	0.0102693229189	0.22817588315	0.92222038146	-4.9694043814	25.6863815147
2	0.32937817338	-0.0651747343137	-0.031686049087	0.19874478311	0.00165990329376	0.000782396356901	0.00139128935169	-0.0112698703906	0.00810463609653	0.0141711139025	-0.0178946677382	-0.0722852075805	-0.0545758450197	0.0318440932849	-0.0715129368593	0.156670194473	-0.0108385484756	0.012327148644	0.163112251897	0.0140291941459	0.166093776222	-12.7299838281	3.99606775576	18.8696023658
3	0.734004736552	-0.803300629222	-0.230663549952	0.822200541957	0.27332281293	1.09707857217	0.0592202914663	0.0411765729875	0.226000168475	-0.059906794568	0.00896200909933	0.0227000372816	-0.201235853225	-0.0483819005957	-0.192629889081	0.18231856941	-0.0048887044777	0.0195908825894	0.129013611407	0.0136430550082	0.179359088297	-20.2970683068	10.541410527	17.6563181589
4	-0.0544445871842	0.146834481248	-0.165823505149	0.41045973793	-0.337314070434	0.175231628515	0.050545435143	-0.0101590901827	0.0639222299619	0.110310662315	-0.041269657537	0.00535229816485	-0.287395281168	0.0358181263592	-0.135542789064	0.197645178633	0.00430490061584	0.0197904844357	0.172446582212	0.000749000427881	0.146954670427	-23.9623758319	-1.40202160836	29.6629971729
5	0.375705442339	0.114660262096	0.269108708625	0.675512760682	-0.266321169629	0.340469242341	-0.0491410790253	0.0100267684476	0.0837251703593	0.0229953047822	0.0295530374894	0.162185729927	-0.248062623664	-0.315276742657	-0.1315029126	0.178041566666	0.0252517770211	0.0185804745057	0.172545955113	0.0149890317794	0.157518171534	-30.7668994876	-1.74620694127	21.7512592246
6	0.27186085736	0.288460429553	-0.125024435954	0.497585629362	0.0567896377655	0.200804382654	-0.00119397569204	-0.0323344962018	0.0470519617716	-0.0328908164222	-0.00137645194023	-0.0114501372514	-0.122016475415	0.0885329848772	-0.0459370010737	0.148433748239	0.0167520161893	0.010949765601	0.160664563037	0.00531535811678	0.130892178555	-20.7316080579	-8.95978821984	25.5467411624
7	0.190120706888	-0.149200978746	0.0354528403343	0.239044335405	0.0262718573978	0.221765492206	0.0566543919917	-0.0394510810933	0.037216263943	-0.0419398296637	0.0318973028992	0.0354488153839	-0.0546521058818	-0.0259273554188	0.0777754614805	0.153916634488	-0.000638612998995	0.00870995123358	0.154703715963	0.00395404846204	0.13183977713	-26.2428412147	-11.4097398988	24.5970255698
8	0.521015676703	-0.151367604465	0.143527477261	0.436389445313	-0.329977264723	0.598407033926	-0.018185825045	-0.0684126211139	0.0435823894062	0.00719458183357	0.00251756999858	-0.0342929302301	-0.0264773738766	-0.00599336646118	0.0822691086424	0.143063316363	0.00650958619218	0.0127433949466	0.171345524413	0.00351972713455	0.146144161364	-11.4821856842	-10.834911229	26.1088423216
9	0.457390715324	0.158453311475	-0.031776468413	0.741526823429	-0.110256864994	0.0273822132037	-0.133994657363	-0.314655478907	0.20495281815	0.513746398513	0.080818013126	-0.155654994526	0.0948023513731	0.419576429802	0.012697045378	0.355048116876	0.0781044447717	-0.0648678786229	0.464692870247	-0.0047437790834	0.213908898888	1.36582720843	-27.4330460613	49.1076069616
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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