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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ucw | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of mouse Decr1 in complex with 2'-5' oligoadenylate | ||||||
Components | Decr1 protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / immunity | ||||||
| Function / homology | Function and homology information2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Govande, A.A. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Gen.Virol. / Year: 2023Title: RNase L-activating 2'-5' oligoadenylates bind ABCF1, ABCF3 and Decr-1. Authors: Govande, A.A. / Babnis, A.W. / Urban, C. / Habjan, M. / Hartmann, R. / Kranzusch, P.J. / Pichlmair, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ucw.cif.gz | 780.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ucw.ent.gz | 539.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ucw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ucw_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ucw_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7ucw_validation.xml.gz | 53.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ucw_validation.cif.gz | 76 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucw | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1w6uS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||||
| Unit cell |
| ||||||||||
| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 32489.334 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-25L / [[( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.97 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 34% PEG-300, 100 mM Tris-HCl pH 8.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 16, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.35→67.39 Å / Num. obs: 244100 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 10.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 11679 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.559 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1W6U Resolution: 1.35→67.39 Å / SU ML: 0.1344 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 16.4363 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→67.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj




