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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ucp | ||||||
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タイトル | computationally designed macrocycle | ||||||
要素 | computationally designed cyclic peptide D8.3.p2 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / D8.3.p2 / cyclic peptide | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bhardwaj, G. / Baker, D. / Rettie, S. / Glynn, C. / Sawaya, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Accurate de novo design of membrane-traversing macrocycles. 著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / ...著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / Craven, T.W. / Tejero, R. / Lauko, A. / Choi, R. / Glynn, C. / Dong, L. / Griffin, R. / van Voorhis, W.C. / Rodriguez, J. / Stewart, L. / Montelione, G.T. / Craik, D. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ucp.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ucp.ent.gz | 13.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ucp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ucp_validation.pdf.gz | 406.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ucp_full_validation.pdf.gz | 406.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ucp_validation.xml.gz | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ucp_validation.cif.gz | 2.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 905.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Designed target sequence: Leu Val D-Pro MLE Leu Ile D-Pro MLE Peptide is N to C cyclized. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.43 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1mg/ml peptide in acetonitrile |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 196 K / Ambient temp details: LN2 gas / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.8377 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8377 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.85→100 Å / Num. obs: 8258 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.96 % / Biso Wilson estimate: 47.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.63 |
反射 シェル | 解像度: 0.85→0.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique obs: 364 / CC1/2: 0.942 / % possible all: 56.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.85→22.46 Å / SU ML: 0.0543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 8.1592 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.85→22.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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