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- PDB-7uce: Structure of the anti-HIV-1 neutralizing antibody BG24 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uce
タイトルStructure of the anti-HIV-1 neutralizing antibody BG24 Fab fragment
要素
  • BG24 Fab heavy chain
  • BG24 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / broadly neutralizing antibody / bNAb / HIV-1 / CD4 binding site / VH1-2 / VRC01-class / antiviral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150464 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1124068 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: A naturally arising broad and potent CD4-binding site antibody with low somatic mutation.
著者: Christopher O Barnes / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Jovana Golijanin / Kathryn E Huey-Tubman / Henning Gruell / Philipp Schommers / Nina Suh-Toma / Yu Erica Lee / Julio C ...著者: Christopher O Barnes / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Jovana Golijanin / Kathryn E Huey-Tubman / Henning Gruell / Philipp Schommers / Nina Suh-Toma / Yu Erica Lee / Julio C Cetrulo Lorenzi / Alicja Piechocka-Trocha / Johannes F Scheid / Anthony P West / Bruce D Walker / Michael S Seaman / Florian Klein / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a potential strategy for a vaccine against HIV-1. However, most bNAbs exhibit features such as unusually high somatic hypermutation, ...The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a potential strategy for a vaccine against HIV-1. However, most bNAbs exhibit features such as unusually high somatic hypermutation, including insertions and deletions, which make their induction challenging. VRC01-class bNAbs not only exhibit extraordinary breadth and potency but also rank among the most highly somatically mutated bNAbs. Here, we describe a VRC01-class antibody isolated from a viremic controller, BG24, that is much less mutated than most relatives of its class while achieving comparable breadth and potency. A 3.8-Å x-ray crystal structure of a BG24-BG505 Env trimer complex revealed conserved contacts at the gp120 interface characteristic of the VRC01-class Abs, despite lacking common CDR3 sequence motifs. The existence of moderately mutated CD4-binding site (CD4bs) bNAbs such as BG24 provides a simpler blueprint for CD4bs antibody induction by a vaccine, raising the prospect that such an induction might be feasible with a germline-targeting approach.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年10月5日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: BG24 Fab light chain
H: BG24 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6763
ポリマ－47,2522
非ポリマー4241
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.603, 118.424, 119.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: 抗体 BG24 Fab light chain


分子量: 21897.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BG24 Fab heavy chain


分子量: 25354.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.25 M potassium chloride, 18% polyethylene glycol PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.3 Å / Num. obs: 28013 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 54.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 3.82 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2270 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 1.34 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LSU

4lsu


解像度: 2.25→33.3 Å / SU ML: 0.2893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.2041
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1088 4.78 %
Rwork0.2038 21667 -
obs0.2059 22755 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 28 35 3271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00543316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86524519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2393469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.350.40681490.34432636X-RAY DIFFRACTION98.86
2.35-2.480.39331520.32182635X-RAY DIFFRACTION99.22
2.48-2.630.35981460.30612681X-RAY DIFFRACTION99.65
2.63-2.830.3885970.28972712X-RAY DIFFRACTION99.33
2.83-3.120.36311130.26592721X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.570.25961630.22872680X-RAY DIFFRACTION99.79
3.57-4.50.24211260.17752749X-RAY DIFFRACTION99.86
4.5-33.30.16311420.14472853X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.728659203441.65963039412-1.521958202976.513842079731.35509753123.023253405930.3526978310050.789605921394-0.0689474838894-0.0893331042538-0.2974324713170.0848771446162-0.00266352766126-0.7355678518450.005298547499970.602122416546-0.0762925159907-0.06684967855160.839662865689-0.02426682177340.5318402652420.7183930967339.66302015462.2966544502
24.797797615130.07258870296622.286149491584.09705999246-0.9828715490013.816215679890.06451770058120.104651710449-0.1299677381830.1204475963950.4076874120840.271817877321-0.039641341227-0.295076546131-0.5022506292620.4589103303740.0385978778793-0.006687857325870.575418598837-0.006254286898260.529627574287.6311466780841.892842942870.1103009157
37.89281602713-3.275726892443.512078764228.82169099492-5.80882610624.34048704051-0.801759681831-1.164739552870.4413006382441.694257922230.8832313897540.13100893394-1.05900333236-1.56095634117-0.2819133998070.7579598184930.1285379997740.09853430242210.842973649002-0.006943944802050.6812305483573.3818087549748.333154234777.6847390198
46.065222272810.774196659321-0.1827964416222.50735986893-1.708788481075.94659450812-0.0214536029476-0.300873935603-0.310091980273-0.0005570058790280.2383106788040.4526577190830.0305105965933-0.933581463094-0.2105786185830.452505382604-0.02881969537330.03246416624530.7012468285930.03416626301580.5284357564414.3179849351941.269815923768.8234748036
50.358696500819-0.24283314177-2.054609458931.05020447056-0.212449024878.337851747580.230807886210.4318715450490.092916815334-0.4559457728790.09418398803940.498229168453-1.06803681956-1.90084345958-0.3132267588180.6179350877280.139991391067-0.1152117529570.751310959589-0.003362383598120.635975173632.6015064527546.997184377245.6514499406
65.10902406405-0.45477692936-1.15632025462.837926080480.07343126212166.1526262327-0.239280450782-0.0781124756082-0.1450031509410.07170270880470.255132488121-0.1567430763760.511892836472-0.00701905233983-0.0680296434260.5286049529470.0259551687486-0.1429756964870.45110264681-0.01079417572120.38791468585313.96356140139.230065781135.1359867235
78.25296113245-0.116541222695-5.624718836853.388532818930.6480882583048.02275274094-0.1237738251430.232727811767-0.7028856447340.0328909944407-0.2000971306390.285233735767-0.0735345779872-1.34331234570.217062593510.8372346145850.0503531762033-0.1849431715380.722660466171-0.0326556980910.5607389835035.1800211781937.735701091833.2480916211
84.16574903095-2.33656945263-1.293416722443.416097998141.724784719056.330010473980.242677299544-0.5871276787440.2615421910640.02051477205010.0944057624092-0.35118404651-0.6366445232620.491781048538-0.2343291445730.480282400621-0.0616131018951-0.0477011949070.4746277832670.002230279076890.50520211865629.618326911447.121533425771.5182055068
96.16720590865-0.374417713139-1.081593698074.299180646391.790129360257.004373963130.3092824912780.076462658407-0.5362109981490.07090496979210.1152090367530.2101738768310.486906316352-0.229744160152-0.3977519063890.488402818070.0519837731416-0.01082024085450.314652654710.04788115420950.50352703070123.835568371837.98908803771.8923180323
106.38040984811-2.656742807840.1045165081735.305140927361.002827754066.316473617140.154352629156-0.0612369063701-0.9229558814-0.141632308362-0.265278788070.02817254330870.7761687940080.4546153694380.1949921549450.5860940298260.123595980030.03491162775730.4878836802130.126756057610.59319542688331.12449801833.470652529272.8077787966
115.44032830491-0.617919668708-2.34538413953.769954075230.7441960704145.710497822480.084779397325-0.305180108854-0.02662360115110.243812825039-0.150517825070.0576169639164-0.1721862962720.38787526270.04732201122670.433294727772-0.00014732574029-0.03408285406490.3554811304320.0694635662160.43465770489625.132358731142.672929331270.9418991063
123.070918533170.392439606016-0.5833393165143.336249046971.261632705824.93404873477-0.08734389886880.71078664911-0.339290719799-0.3957813268620.1628969408940.407039637216-0.1127952755650.0871971912677-0.08252745229060.6770096735-0.0392935440504-0.1093714513860.354151739681-0.04026744898190.54442134935220.790432735447.295577944631.6670095781
137.125390187110.6004403425311.703106539230.7265193819941.829935311214.75888599529-0.328981677987-0.2569837931960.4302640823050.2728710544140.113990791503-0.104122391061-0.5442423122970.01447147616990.1939143730310.7222084503260.0607998955374-0.1538137205670.477700897027-0.04727769425760.4974383353720.643649048652.03534705137.3529910762
145.05109678874-0.1171139361882.281183134721.827228819130.3546652500033.1097493772-0.5863271956670.7119283675151.05560053898-0.55911328274-0.167210438210.14934253999-0.2670346780950.2059903975720.620819832681.09551860366-0.0669129267628-0.2004764462640.6539526074470.05487987105130.68837815224820.085391595257.877409241625.5087956411
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 2 through 17 )LA2 - 171 - 16
22chain 'L' and (resid 18 through 45 )LA18 - 4517 - 44
33chain 'L' and (resid 46 through 57 )LA46 - 5745 - 56
44chain 'L' and (resid 58 through 93 )LA58 - 9357 - 92
55chain 'L' and (resid 94 through 111 )LA94 - 11193 - 110
66chain 'L' and (resid 112 through 183 )LA112 - 183111 - 182
77chain 'L' and (resid 184 through 202 )LA184 - 202183 - 201
88chain 'H' and (resid 1 through 33 )HD1 - 331 - 33
99chain 'H' and (resid 34 through 57 )HD34 - 5734 - 57
1010chain 'H' and (resid 58 through 73 )HD58 - 7358 - 73
1111chain 'H' and (resid 74 through 121 )HD74 - 12174 - 121
1212chain 'H' and (resid 122 through 155 )HD122 - 155122 - 155
1313chain 'H' and (resid 156 through 195 )HD156 - 195156 - 195
1414chain 'H' and (resid 196 through 210 )HD196 - 210196 - 210
1515chain 'H' and (resid 211 through 225 )HD211 - 225211 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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