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- PDB-7ucc: Transcription factor FosB/JunD bZIP domain in the reduced form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ucc
タイトルTranscription factor FosB/JunD bZIP domain in the reduced form
要素
  • Protein fosB
  • Transcription factor jun-D
キーワードDNA BINDING PROTEIN / FosB / JunD / redox switch / redox sensor / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor AP-1 complex / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of macrophage activation / cellular response to fatty acid / response to steroid hormone / osteoblast development / response to morphine / response to corticosterone / response to light stimulus ...transcription factor AP-1 complex / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of macrophage activation / cellular response to fatty acid / response to steroid hormone / osteoblast development / response to morphine / response to corticosterone / response to light stimulus / response to cAMP / response to mechanical stimulus / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to hormone stimulus / behavioral response to cocaine / transcription repressor complex / cellular response to calcium ion / response to progesterone / response to amphetamine / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / response to nicotine / female pregnancy / protein-DNA complex / response to peptide hormone / circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / cellular response to hypoxia / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Transcription factor JunD / Protein FosB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kumar, A. / Machius, M.C. / Rudenko, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA040621 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Chemically targeting the redox switch in AP1 transcription factor Delta FOSB.
著者: Kumar, A. / Aglyamova, G. / Yim, Y.Y. / Bailey, A.O. / Lynch, H.M. / Powell, R.T. / Nguyen, N.D. / Rosenthal, Z. / Zhao, W.N. / Li, Y. / Chen, J. / Fan, S. / Lee, H. / Russell, W.K. / ...著者: Kumar, A. / Aglyamova, G. / Yim, Y.Y. / Bailey, A.O. / Lynch, H.M. / Powell, R.T. / Nguyen, N.D. / Rosenthal, Z. / Zhao, W.N. / Li, Y. / Chen, J. / Fan, S. / Lee, H. / Russell, W.K. / Stephan, C. / Robison, A.J. / Haggarty, S.J. / Nestler, E.J. / Zhou, J. / Machius, M. / Rudenko, G.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Protein fosB
J: Transcription factor jun-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4327
ポリマ－16,2572
非ポリマー1755
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.939, 70.244, 122.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-302-

CL

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 FJ

#1: タンパク質 Protein fosB / G0/G1 switch regulatory protein 3


分子量: 8267.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOSB, G0S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): D3 / 参照: UniProt: P53539
#2: タンパク質 Transcription factor jun-D


分子量: 7989.425 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 266-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUND / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): D3 / 参照: UniProt: P17535

-
非ポリマー , 4種, 146分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % / 解説: diamond-shaped, size 200-300 micrometers
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Tris, pH 7.0, 40% (v/v) ethanol / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 13357 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 19.41 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.94-1.975.80.3281940.9590.120.3520.78325.1
1.97-2.016.60.333270.9720.1110.350.88841.7
2.01-2.057.10.253790.9910.080.2640.87849
2.05-2.096.90.3134930.9760.1010.330.82261.9
2.09-2.147.50.2865520.9770.0920.3020.88770.6
2.14-2.187.80.2925900.9770.0930.3080.94176.6
2.18-2.248.60.2356180.9890.0730.2470.94779.9
2.24-2.39.20.2366640.9890.0730.2480.95884.1
2.3-2.379.60.2127220.9910.0650.2220.98991.9
2.37-2.4410.40.2057810.9920.0630.2150.97498.5
2.44-2.5311.90.197800.9960.0560.1990.95999.6
2.53-2.6312.10.1677830.9970.050.1740.949100
2.63-2.7511.40.1517820.9950.0470.1580.945100
2.75-2.9120.1118010.9970.0330.1160.969100
2.9-3.0812.70.0887880.9970.0260.0920.994100
3.08-3.3213.60.0788020.9980.0220.0810.992100
3.32-3.6513.30.068060.9980.0170.0620.971100
3.65-4.18130.0498040.9990.0140.0510.88599.5
4.18-5.2611.20.0488150.9960.0150.0510.86299.6
5.26-33.2312.30.0428760.9990.0130.0440.89499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20002.3.15データ削減
HKL-20002.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VPF, poly-alanine

5vpf


解像度: 1.94→33.23 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 565 4.98 %0.05
Rwork0.2045 10770 --
obs0.2077 11335 72.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.53 Å2 / Biso mean: 32.4423 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→33.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1073 0 13 152 1238
Biso mean--42.39 31.4 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-2.140.2788570.20421101115830
2.14-2.450.2471230.2012335245864
2.45-3.080.29141840.21573510369495
3.08-33.230.26042010.19973824402599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29050.12570.95180.16030.24733.48870.0913-0.0648-0.07620.1886-0.0738-0.01530.10210.0205-0.05460.1177-0.018-0.15040.1401-0.0317-0.0017-16.1493-22.086-13.8265
20.30620.20180.4880.4990.63281.76290.0435-0.01370.04390.01280.00960.03070.0328-0.03520.05190.0454-0.1152-0.05410.1269-0.16240.0865-22.9723-16.5521-14.2495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'J' and (resid 265 through 332 )J265 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 155 through 217 )F155 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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