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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ubx | ||||||
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タイトル | Structure of a pore forming fragment of Clostridium difficile toxin A in complex with VHH AA6 | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / pore forming / neutralizing antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) Camelidae (哺乳類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, B. / Rongsheng, J. / Kay, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022 タイトル: Neutralizing epitopes on Clostridioides difficile toxin A revealed by the structures of two camelid VHH antibodies. 著者: Chen, B. / Perry, K. / Jin, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ubx.cif.gz | 250.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ubx.ent.gz | 158.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ubx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ubx_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ubx_full_validation.pdf.gz | 451.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ubx_validation.xml.gz | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ubx_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ubyC 5m2jS 7u1zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43746.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: tcdA, toxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16154, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 抗体 | 分子量: 12995.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.7, 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→54.65 Å / Num. obs: 88827 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.85 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.88 Å / Num. unique obs: 8321 / CC1/2: 0.702 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7U1Z, 5M2J 解像度: 1.81→54.65 Å / SU ML: 0.2493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9725 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→54.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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