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- PDB-7ubu: Crystal structure of ZMET2 in complex with hemimethylated CAG DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ubu
タイトルCrystal structure of ZMET2 in complex with hemimethylated CAG DNA and a histone H3Kc9me2 peptide
要素
  • 5MC SSDNA
  • C49 SSDNA
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
  • Histone H3.2
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / structural constituent of chromatin / nucleosome / methylation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Bromo adjacent homology domain ...: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Histone H3.2 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Fang, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mechanistic basis for maintenance of CHG DNA methylation in plants.
著者: Fang, J. / Jiang, J. / Leichter, S.M. / Liu, J. / Biswal, M. / Khudaverdyan, N. / Zhong, X. / Song, J.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
P: Histone H3.2
B: 5MC SSDNA
C: C49 SSDNA
Q: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9716
ポリマ－105,5865
非ポリマー3841
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area35870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.574, 121.392, 160.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#3: DNA鎖 5MC SSDNA


分子量: 5583.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)
#4: DNA鎖 C49 SSDNA


分子量: 5537.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 APQ

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Chromomethylase 1 / DNA cytosine methyltransferase MET2a / Zea methyltransferase2 / Zmet2


分子量: 87504.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: MET2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9AXT8, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.2


分子量: 3480.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: H3C2, H3C3, H3C4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69246

-
非ポリマー , 2種, 121分子

#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 15% w/v polyethylene glycol 6,000
PH範囲: 5.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→160.45 Å / Num. obs: 50383 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 62.9 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 286070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.39-2.4761.8732754246040.380.842.0580.899.9
9.56-160.4550.03645499050.9970.0180.0432.798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30000.5.32データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FT2

4ft2


解像度: 2.39→96.81 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 2000 3.98 %
Rwork0.2114 48221 -
obs0.2132 50221 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.33 Å2 / Biso mean: 77.662 Å2 / Biso min: 40.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→96.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5803 733 26 120 6682
Biso mean--64.89 67.98 -
残基数----776
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.450.38921390.3873342348198
2.45-2.520.41411420.37253423356599
2.52-2.590.38191420.34723436357899
2.59-2.670.3761410.327533983539100
2.67-2.770.35221420.311434203562100
2.77-2.880.32191430.296934363579100
2.88-3.010.31591410.28993414355599
3.01-3.170.31081420.26443429357199
3.17-3.370.32721430.23573441358499
3.37-3.630.23981420.22043430357299
3.63-3.990.24381430.19933425356898
3.99-4.570.20821430.15323468361198
4.57-5.760.20041450.15863495364098
5.76-96.810.2091520.173664381698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07111.9350.05368.8844-0.70161.3376-0.041-0.01050.0250.15190.0478-0.3473-0.15810.1267-0.00850.35890.00970.00270.53990.03740.5552-2.258923.078412.5213
21.61320.5305-0.06812.63740.66210.8926-0.070.1808-0.4855-0.14110.00170.04040.19720.00730.07160.40220.02540.00320.40470.02540.5743-28.619-15.10150.4167
31.37340.3924-0.48561.5016-0.33461.09110.0508-0.2069-0.11060.2739-0.0550.14040.0368-0.035-0.00150.4673-0.0099-0.00440.48160.05880.6211-40.8051-0.554222.4789
44.2003-1.5836-3.94734.41630.72753.9726-0.1477-0.2848-0.53110.5793-0.48680.347-0.05370.39850.3690.9598-0.0168-0.18171.1705-0.13291.17156.68521.488324.2743
56.0315-5.1442-5.53524.38314.71875.07180.797-0.65381.84030.3947-1.11441.3851-1.0859-1.07320.19640.67030.02340.07110.7414-0.04621.1527-8.346621.108221.748
67.3862-6.0372-7.01955.77265.69756.6738-0.7371-0.05351.13410.63031.3731-2.3053-0.39281.1295-0.06421.0152-0.1445-0.04140.9661-0.14791.497-29.209821.201323.0136
71.94652.64161.90427.2273.66292.17810.77370.95332.42150.6744-0.97550.6194-1.86260.02920.12410.90090.08660.15910.96760.1321.1669-39.632520.361525.8805
82.95590.74711.3275.6094-0.78160.8463-0.1712-0.1442-0.8626-0.2796-0.1114-0.34170.93950.026-0.01651.2853-0.03580.16030.99530.13841.0057-41.1558-26.404333.9634
93.71911.3593-2.72133.8698-1.4282.03820.3218-1.378-0.43030.7476-0.6562-0.57140.00310.37430.27830.8703-0.054-0.10720.90040.16450.7413-32.1061-8.443440.4112
106.25343.87990.07177.19960.36518.98850.2258-0.11922.70721.335-0.6231-0.2729-1.1603-0.85540.340.95030.02330.00150.8008-0.1381.1429-29.335612.24337.0108
115.13374.0816-5.42925.4534-3.97595.7914-2.1622-0.3376-0.7460.06780.6655-0.46961.1212-1.09951.83961.37330.0193-0.25891.3708-0.78131.8683-31.363720.906447.8104
126.74042.3181.56543.88273.7593.54710.8031-0.45170.63730.7608-0.0379-1.4623-0.251-0.1524-0.81690.9255-0.0787-0.08070.6967-0.02571.0045-30.12897.452638.5416
135.45594.8055-4.48668.0438-6.40627.3872-0.2323-0.5047-0.87450.6442-0.0971-0.01480.91040.03570.29191.0666-0.0295-0.00420.81730.27291.0139-36.7565-22.598638.7578
142.3561-0.446-3.55390.15570.81425.77570.65230.337-0.0481-0.0641-0.1141-0.07860.18910.4414-0.52230.9565-0.0020.02440.8987-0.17411.1948-32.1549-41.6378-8.574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 133 through 268 )A133 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 269 through 518 )A269 - 518
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 519 through 889 )A519 - 889
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'P' and (resid 2 through 6 )P2 - 6
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (resid 7 through 14 )P7 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 15 through 19 )P15 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 20 through 24 )P20 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 6 through 11 )B6 - 11
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 12 through 16 )B12 - 16
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 17 through 18 )B17 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 12 through 18 )C12 - 18
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Q' and (resid 0 through 11 )Q0 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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