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Yorodumi- PDB-7ubu: Crystal structure of ZMET2 in complex with hemimethylated CAG DNA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ubu | ||||||
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Title | Crystal structure of ZMET2 in complex with hemimethylated CAG DNA and a histone H3Kc9me2 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / chromocenter / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zea mays (maize) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Fang, J. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Mechanistic basis for maintenance of CHG DNA methylation in plants. Authors: Fang, J. / Jiang, J. / Leichter, S.M. / Liu, J. / Biswal, M. / Khudaverdyan, N. / Zhong, X. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ubu.cif.gz | 358.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ubu.ent.gz | 281.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ubu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ft2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#3: DNA chain | Mass: 5583.666 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Zea mays (maize) |
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#4: DNA chain | Mass: 5537.673 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Zea mays (maize) |
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 3 molecules APQ
#1: Protein | Mass: 87504.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zea mays (maize) / Gene: MET2A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9AXT8, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
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#2: Protein/peptide | Mass: 3480.077 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zea mays (maize) / Gene: H3C2, H3C3, H3C4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P69246 |
-Non-polymers , 2 types, 121 molecules
#5: Chemical | ChemComp-SAH / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 15% w/v polyethylene glycol 6,000 PH range: 5.0-7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: AGILENT ATLAS CCD / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→160.45 Å / Num. obs: 50383 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 62.9 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 286070 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FT2 Resolution: 2.39→96.81 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.33 Å2 / Biso mean: 77.662 Å2 / Biso min: 40.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.39→96.81 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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