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- PDB-7ubo: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRDT in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ubo
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRDT in complex with the inhibitor CCD-956
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / INHIBITOR / REGULATOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MJN / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Ta, H.M. / Modukuri, R.K. / Yu, Z. / Tan, Z. / Matzuk, M.M. / Kim, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)P01HD087157 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Discovery of potent BET bromodomain 1 stereoselective inhibitors using DNA-encoded chemical library selections.
著者: Modukuri, R.K. / Yu, Z. / Tan, Z. / Ta, H.M. / Ucisik, M.N. / Jin, Z. / Anglin, J.L. / Sharma, K.L. / Nyshadham, P. / Li, F. / Riehle, K. / Faver, J.C. / Duong, K. / Nagarajan, S. / Simmons, ...著者: Modukuri, R.K. / Yu, Z. / Tan, Z. / Ta, H.M. / Ucisik, M.N. / Jin, Z. / Anglin, J.L. / Sharma, K.L. / Nyshadham, P. / Li, F. / Riehle, K. / Faver, J.C. / Duong, K. / Nagarajan, S. / Simmons, N. / Palmer, S.S. / Teng, M. / Young, D.W. / Yi, J.S. / Kim, C. / Matzuk, M.M.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
C: Bromodomain testis-specific protein
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9269
ポリマ－52,5854
非ポリマー2,3415
水8,593477
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7122
ポリマ－13,1461
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7903
ポリマ－13,1461
非ポリマー6442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7122
ポリマ－13,1461
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7122
ポリマ－13,1461
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.691, 94.382, 112.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 13146.237 Da / 分子数: 4 / 断片: first bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1_Alpha_S (その他)
参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物
ChemComp-MJN / N-[(2R)-1-(methylamino)-3-{1-[(4-methyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-6-yl)acetyl]piperidin-4-yl}-1-oxopropan-2-yl]-5-phenylpyridine-2-carboxamide


分子量: 565.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.26 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris 8.5, 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→48.37 Å / Num. obs: 113916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.82→1.885 Å / Num. unique obs: 5882 / CC1/2: 0.306 / CC star: 0.684

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FLP

4flp


解像度: 1.82→48.37 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 3820 3.35 %
Rwork0.1772 110096 -
obs0.1779 113916 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.28 Å2 / Biso mean: 34.0164 Å2 / Biso min: 16.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 178 477 4209
Biso mean--30.97 41.15 -
残基数----434
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.82-1.840.3721390.348440264165
1.84-1.870.31081460.333441384284
1.87-1.890.32591390.306840204159
1.89-1.920.32091460.302241714317
1.92-1.950.29951400.27839954135
1.95-1.980.27531460.263841334279
1.98-2.010.24451440.243540564200
2.01-2.050.25761410.228940794220
2.05-2.080.23971420.218740664208
2.08-2.120.20921440.193240954239
2.12-2.170.23221410.190140554196
2.17-2.210.23951450.188341104255
2.21-2.270.19961430.1940534196
2.27-2.320.22661420.186240384180
2.32-2.380.19951360.180341104246
2.38-2.450.21761400.174540904230
2.46-2.530.22151380.164740584196
2.53-2.620.1861420.172541314273
2.62-2.730.21851370.168740244161
2.73-2.850.18291450.176540904235
2.85-30.21691440.170940914235
3-3.190.23411420.172940804222
3.19-3.440.18121350.157840834218
3.44-3.780.14631410.14340804221
3.79-4.330.15421390.131240814220
4.33-5.460.15361470.142640664213
5.46-48.370.16941360.165640774213
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.00965.12834.98893.47434.3487.85540.22220.2405-0.78090.13180.1271-0.68810.47740.545-0.32570.21370.03410.00780.24960.0260.258212.64-32.78412.085
26.9633-6.7304-5.69299.36127.13315.6887-0.039-0.07930.4914-0.07270.4252-0.4965-0.24630.758-0.31470.2175-0.0195-0.00540.24710.02760.19389.152-24.62119.718
37.14224.2117-3.55635.7977-3.03613.67850.1312-0.51740.03180.537-0.13740.2212-0.17960.09760.03650.24270.02040.02830.192-0.00820.1612-4.066-26.2830.497
46.26390.2005-5.69955.4352-1.87228.9804-0.06640.1831-0.4073-0.0099-0.00110.31560.0745-0.35590.16460.2066-0.00830.01860.17760.02280.2753-8.738-35.92225.369
53.9368-1.0218-5.86745.32463.03479.1866-0.4032-0.5449-0.790.6897-0.0062-0.11420.55630.60940.3050.22530.0190.02250.21110.09710.3027.203-35.41723.2
62.6565-2.66951.70976.1364-4.94584.14190.2420.6322-0.7856-0.5681-0.4617-0.18370.2490.41530.12320.33360.07150.0310.216-0.01130.29418.031-41.80416.413
73.7292-0.9365-4.03920.26221.04964.5345-0.19280.1533-0.5846-0.03930.04460.36520.2143-0.09240.19950.1954-0.0073-0.00470.14370.00590.2686-4.151-31.87517.181
86.05644.86296.00124.83675.42456.3402-0.157-0.92260.55680.2732-0.1052.6259-0.5512-0.66710.36550.2640.03060.01590.2831-0.00340.4911-14.701-21.16823.973
95.1975-3.8502-5.48462.75714.07215.1420.0980.41540.1391-0.0669-0.1746-0.0265-0.1382-0.3469-0.04570.2401-0.0007-0.01280.23620.00830.26150.86-22.98813.413
103.4636-0.0737-1.0932.57090.82767.1314-0.1126-1.4191-0.28681.1240.0967-0.9940.57820.6610.02410.39150.0717-0.1320.3426-0.00490.320418.284-8.76637.178
113.3158-4.3391.46125.8565-2.56482.9659-0.5445-0.58750.51650.62650.3273-0.1808-0.20420.0980.17520.32910.01410.02270.2426-0.05590.21649.332-1.4135.451
124.40941.74521.96936.31392.10133.87090.1893-0.09450.116-0.067-0.25090.5676-0.0249-0.39020.07380.19210.03550.03310.1974-0.00510.2527-3.152-3.49824.117
135.7971-1.08815.04414.8339-2.4696.7840.1351-0.1123-0.22070.1756-0.0599-0.04090.45250.053-0.15490.22550.01110.03990.152-0.00380.16666.737-13.35926.471
147.6157-2.27226.05631.2113-2.08785.02840.20690.0286-0.036-0.0688-0.0351-0.06130.21370.1982-0.18410.26570.0210.02960.1991-0.03570.20510.575-6.97321.4
154.4738-1.65320.25532.57021.48932.11620.55080.65930.8584-1.7122-0.34380.3743-0.7304-0.345-0.04330.41890.05980.04290.26510.03720.35161.0283.64613.205
163.7211-2.40474.38064.2938-1.5826.89090.025-0.23570.3570.20830.0673-0.4938-0.10180.4414-0.00510.21840.00430.03210.2093-0.05990.240913.7011.89426.796
173.263-1.38680.46214.7943-2.12724.153-0.04990.4040.034-0.30260.13490.0926-0.0776-0.1419-0.10610.1562-0.0517-0.00350.2696-0.01660.134816.238-17.357-2.876
185.5286-2.83920.78443.835-0.50191.2737-0.0412-0.02770.030.06450.17780.1151-0.1495-0.0545-0.12290.2091-0.03320.03560.2470.02030.149413.779-14.9155.363
195.5357-3.4786-1.27495.7850.66341.5550.1071-0.02760.3284-0.37070.0707-0.2996-0.18470.1058-0.14380.2292-0.05120.03710.3131-0.02090.170924.686-12.086-1.539
207.13641.31813.19445.49773.17312.791-0.16240.3740.6373-0.62640.18030.1776-1.4781-0.14280.05820.4311-0.00120.08060.24070.02180.403922.4859.0176.191
214.0498-0.7792-0.00731.8159-2.45773.92990.1112-0.09960.35450.2079-0.0363-0.65740.11170.8318-0.08440.2675-0.0304-0.05280.4208-0.19240.452334.292-2.83519.346
226.6922-3.586-1.25393.4616-1.0773.5622-0.07120.05870.6191-0.35320.3202-1.8075-0.02830.8447-0.1280.2931-0.06140.070.4685-0.13030.609938.974-6.7099.634
235.26032.380.94388.3254-5.4865.09350.07490.6080.7846-0.89190.2864-0.3722-0.50920.8622-0.1790.5075-0.16160.20130.41860.01050.646532.8528.1043.683
245.1874-3.9843.82925.8696-2.71846.01540.1370.21350.5228-0.482-0.1227-0.5161-0.14590.59190.06980.2637-0.07930.09230.3222-0.06650.360329.351-4.3546.166
258.6352-5.5536-6.55124.52214.49875.0653-0.87510.1845-0.71240.59720.11830.04841.6028-0.26740.67120.3497-0.00520.06510.3242-0.05620.358328.856-14.53918.802
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:37 )A29 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 38:45 )A38 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 46:65 )A46 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 66:75 )A66 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 76:84 )A76 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 85:90 )A85 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 91:108 )A91 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 109:113 )A109 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 114:136 )A114 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 29:37 )B29 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 38:45 )B38 - 45
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 46:65 )B46 - 65
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 66:90 )B66 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 91:108 )B91 - 108
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 109:113 )B109 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 114:136 )B114 - 136
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 28:65 )C28 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 66:108 )C66 - 108
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 109:135 )C109 - 135
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 29:45 )D29 - 45
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 46:65 )D46 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 66:75 )D66 - 75
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 76:90 )D76 - 90
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 91:108 )D91 - 108
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 109:113 )D109 - 113
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 114:136 )D114 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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