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万見
- PDB-7ubf: Solution NMR structure of 8-residue Rosetta-designed cyclic pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ubf
タイトルSolution NMR structure of 8-residue Rosetta-designed cyclic peptide D8.21 in 50% d6-DMSO and 50% water with cis/trans switching (CC conformation, 50%)
要素Cyclic peptide D8.21 DVA-MLE-DPR-LEU-DVA-MLE-DPR-LEU
キーワードDE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / non natural amino acids / cis/trans / switch peptides / de novo design / membrane permeability
機能・相同性polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / na
データ登録者Ramelot, T.A. / Tejero, R. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM141818 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Accurate de novo design of membrane-traversing macrocycles.
著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / ...著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / Craven, T.W. / Tejero, R. / Lauko, A. / Choi, R. / Glynn, C. / Dong, L. / Griffin, R. / van Voorhis, W.C. / Rodriguez, J. / Stewart, L. / Montelione, G.T. / Craik, D. / Baker, D.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic peptide D8.21 DVA-MLE-DPR-LEU-DVA-MLE-DPR-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8911
ポリマ－8911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: noesy data
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: Polypeptide(D) Cyclic peptide D8.21 DVA-MLE-DPR-LEU-DVA-MLE-DPR-LEU


分子量: 891.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D 1H
121isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic11D 1H
142isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-1H TOCSY
172isotropic12D 1H-1H COSY
162isotropic12D 1H-1H ROESY
182isotropic12D 1H-13C HSQC
1101isotropic12D 1H-15N SOFAST
191isotropic22D 1H-13C HSQC-TOCSY
1111isotropic21H-13C HMBC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution16 mg/L peptide, 0.03 % TMS, 50% H2O / 50% DMSOcyclic peptide in 50% d6-DMSO and 50% H2OD8.21-DMSO50-H2O-5050% H2O / 50% DMSO
solution26 mg/mL peptide, 0.03 % TMS, 50% D2O/50% DMSOpeptide in 50% d6-DMSO and 50% D2OD8.21-DMSO50-D2O-5050% D2O/50% DMSO
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
6 mg/Lpeptidenatural abundance1
0.03 %TMSnatural abundance1
6 mg/mLpeptidenatural abundance2
0.03 %TMSnatural abundance2
試料状態イオン強度: NA Not defined / Label: conditions_1 / pH: 0.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001CP TCI - Pharaoh RPI
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002CP TCI - Mohawk RPI

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert , Mumenthaler, and Wuthrich精密化
NMRFAM-SPARKYv1.370Lee, Tonelli, Markleypeak picking
NMRPipe10.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PdbStat5.21.6Tejero, Snyder, Mao, Aramini, Montelioneデータ解析
CYANA3.98.13Guntert , Mumenthaler, and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
詳細: This is conformation A (TT) of the same 8-residue cyclic peptide present in the same NMR sample in 50% d6-DMSO and 50% water. TT symmetric conformation has trans DPR3 and trans DPR7 (7UBF, ...詳細: This is conformation A (TT) of the same 8-residue cyclic peptide present in the same NMR sample in 50% d6-DMSO and 50% water. TT symmetric conformation has trans DPR3 and trans DPR7 (7UBF, 50%). CC symmetric conformation has cis DPR3 and cis DPR7 (50%).
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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