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万見
- PDB-7u9c: Crystal Structure of the wild type Escherichia coli Pyridoxal 5'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u9c
タイトルCrystal Structure of the wild type Escherichia coli Pyridoxal 5'-phosphate homeostasis protein (YGGS)
要素Pyridoxal phosphate homeostasis protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PLP-binding protein / Vitamin B6 / PLP homeostasis
機能・相同性Uncharacterized protein family UPF0001 signature. / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / PLP-binding barrel / pyridoxal phosphate binding / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Pyridoxal phosphate homeostasis protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Donkor, A.K. / Ghatge, M.S. / Safo, M.K. / Musayev, F.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129793 米国
Other governmentS10OD021756 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Characterization of the Escherichia coli pyridoxal 5'-phosphate homeostasis protein (YggS): Role of lysine residues in PLP binding and protein stability.
著者: Tramonti, A. / Ghatge, M.S. / Babor, J.T. / Musayev, F.N. / di Salvo, M.L. / Barile, A. / Colotti, G. / Giorgi, A. / Paredes, S.D. / Donkor, A.K. / Al Mughram, M.H. / de Crecy-Lagard, V. / ...著者: Tramonti, A. / Ghatge, M.S. / Babor, J.T. / Musayev, F.N. / di Salvo, M.L. / Barile, A. / Colotti, G. / Giorgi, A. / Paredes, S.D. / Donkor, A.K. / Al Mughram, M.H. / de Crecy-Lagard, V. / Safo, M.K. / Contestabile, R.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation_author.name
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.52023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal phosphate homeostasis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4104
ポリマ－25,8201
非ポリマー5893
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.188, 124.188, 83.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-554-

HOH

21A-562-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxal phosphate homeostasis protein / PLP homeostasis protein


分子量: 25820.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yggS, yggS_1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: C3SV52
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES/NaOH pH 7.5, 0.8 NaH2PO4/0.8M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日 / 詳細: VariMax TM-VHF Arc)Sec Confocal Optical System
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.271 Å / Num. obs: 19252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 31.82 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.16140.68415570.9070.1880.71100
8.91-29.27112.20.01528810.0040.01697.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisPro41.64.69aデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1w8g

1w8g


解像度: 2.1→29.271 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 1003 5.21 %
Rwork0.1777 18235 -
obs0.1799 19238 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.49 Å2 / Biso mean: 34.9622 Å2 / Biso min: 17.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 36 189 1965
Biso mean--56.36 42.25 -
残基数----226
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1001-2.21080.27091430.22372557
2.2108-2.34920.26771430.22222553
2.3492-2.53050.28891550.21042558
2.5305-2.7850.27651300.20622601
2.785-3.18760.22551250.19362617
3.1876-4.01440.19081570.1562610
4.0144-29.2710.18141500.15152739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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