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- PDB-7u8y: TREX1 Structural Studies Capture Small Molecule Inhibition and Im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8y
タイトルTREX1 Structural Studies Capture Small Molecule Inhibition and Implicate Novel DNA Dynamics
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Exonuclease / Immunotherapy / Complex / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding / T cell antigen processing and presentation / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / MutLalpha complex binding / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of immunoglobulin production / 3'-5'-DNA exonuclease activity / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of T cell activation / DNA catabolic process / regulation of cellular respiration / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA metabolic process / DNA duplex unwinding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to UV / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / kidney development / DNA damage checkpoint signaling / protein-DNA complex / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALIZARIN RED / : / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Hemphill, W.O. / Harvey, S.E. / Simpson, S.R. / Smalley, T.L. / Salsbury, F.R. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116725 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110734 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA012197 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32-AI007401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM095440 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: TREX1 Structural Studies Capture Small Molecule Inhibition and Implicate Novel DNA Dynamics
著者: Hemphill, W.O. / Harvey, S.E. / Simpson, S.R. / Smalley, T.L. / Salsbury, F.R. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,67810
ポリマ－50,1772
非ポリマー1,5018
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, TREX1 from gel filtration consistent with size of dimer. Also, there are many additional X-ray structures of TREX enzymes, all with the same dimer configuration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.555, 127.555, 80.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 25088.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-AZN / ALIZARIN RED / 3,4-ジヒドロキシ-9,10-ジオキソ-9,10-ジヒドロアントラセン-2-スルホン酸


分子量: 320.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein was dialyzed into 20 mM MES (pH 6.5) with 50 mM NaCl. Complex was formed by incubating the protein at 5 mg/mL with 2 mM dAMP and 5 mM MnCl2. 0.3 uL protein complex at 5 mg/ml TREX1 ...詳細: Protein was dialyzed into 20 mM MES (pH 6.5) with 50 mM NaCl. Complex was formed by incubating the protein at 5 mg/mL with 2 mM dAMP and 5 mM MnCl2. 0.3 uL protein complex at 5 mg/ml TREX1 was mixed with an equal volume of reservoir solution and placed on a bridge above 50 uL of the reservoir solution. mTREX1-dAMP crystals grew in initial conditions of 0.2 M MES monohydrate, sodium hydroxide (pH 6.2), and 20% w/v polyethylene glycol 4,000. All crystals grew within one week. After crystal formation, 4 mM TIM009 was soaked into mTREX1-dAMP crystals for 5 days. Prior to data collection crystals were dipped into reservoir solution containing 15% glycerol in preparation for cryo-cooling

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月17日 / 詳細: varimax HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 23262 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1804 / CC1/2: 0.953 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.355 / Χ2: 1.027 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASERv2.1.2位相決定
Cootv0.8.9.2モデル構築
CrysalisProデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OA8

2oa8


解像度: 2.22→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.347 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22175 1194 5.1 %RANDOM
Rwork0.18097 ---
obs0.18309 22068 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.402 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 92 124 3664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0173629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0193390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.9134968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0742.6377826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2975441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66721.149174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49315577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1181528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0772.5931776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0442.591774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9543.8762213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9263.8752213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0663.141853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0653.1411854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.564.6222751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.52134.9254407
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.52934.8194389
LS精密化 シェル解像度: 2.222→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 66 -
Rwork0.208 1616 -
obs--93.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26410.29970.31642.23360.36043.2654-0.15150.55980.1578-0.32150.00420.048-0.4229-0.38910.14730.1180.0196-0.05650.17260.01020.0563-27.02-8.123-6.008
22.5791-0.13091.20132.31740.26233.15070.1045-0.3995-0.23370.3137-0.02380.03620.3381-0.3599-0.08070.1101-0.0459-0.03050.08010.03570.0431-19.558-20.05816.608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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