PDB-7u8x: hTRAP1 with inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u8x

タイトル

hTRAP1 with inhibitors

要素

Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial

キーワード

CHAPERONE / hTRAP1 / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Deng, J. / Matts, R. / Peng, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Elucidation of novel TRAP1-Selective inhibitors that regulate mitochondrial processes.
著者: Merfeld, T. / Peng, S. / Keegan, B.M. / Crowley, V.M. / Brackett, C.M. / Gutierrez, A. / McCann, N.R. / Reynolds, T.S. / Rhodes, M.C. / Byrd, K.M. / Deng, J. / Matts, R.L. / Blagg, B.S.J.

履歴

登録	2022年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u8x.cif.gz	205.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u8x.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u8x_validation.pdf.gz	978.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u8x_full_validation.pdf.gz	984.3 KB	表示
XML形式データ	7u8x_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	7u8x_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u8uC 7u8vC 7u8wC 5hphS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial

ヘテロ分子

56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.758, 68.863, 183.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / HSP 75 / TNFR-associated protein 1 / Tumor necrosis factor type 1 receptor-associated protein / TRAP-1 分子量: 55200.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12931
#2: 化合物	ChemComp-UJV / [5-(4-fluoro-2H-isoindole-2-carbonyl)-2-hydroxyphenyl](5-methoxy-2H-isoindol-2-yl)methanone 分子量: 428.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₇FN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1% w/v tryptone, 0.05M HepesNa PH7.0, 12%PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 70222 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.879 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 24.028
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.622 / Num. unique obs: 6727 / CC_1/2: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HPH

5hph

解像度: 1.6→45.772 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	1999	2.85 %
R_work	0.1894	68086	-
obs	0.1901	70085	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.87 Å² / B_iso mean: 40.3395 Å² / B_iso min: 20.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→45.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3568	0	64	316	3948
B_iso mean	-	-	39.23	46.29	-
残基数	-	-	-	-	440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	5004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.072	2217

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3308	132	0.2982	4508	93
1.64-1.6844	0.351	139	0.2806	4733	98
1.6844-1.7339	0.3075	141	0.2463	4794	99
1.7339-1.7899	0.2806	140	0.235	4789	99
1.7899-1.8539	0.2652	141	0.2225	4800	99
1.8539-1.9281	0.2595	143	0.2113	4837	100
1.9281-2.0159	0.2211	143	0.1906	4884	100
2.0159-2.1221	0.2195	143	0.1941	4861	100
2.1221-2.2551	0.2218	142	0.1914	4864	100
2.2551-2.4292	0.2194	145	0.1945	4909	100
2.4292-2.6736	0.2206	144	0.1943	4923	100
2.6736-3.0605	0.2336	145	0.1929	4950	100
3.0605-3.8555	0.182	147	0.1734	5012	100
3.8555-45.7	0.1889	154	0.1748	5222	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3433	-0.3921	0.1258	2.4389	0.9562	3.1798	0.113	0.1644	0.0504	-0.4023	-0.0092	-0.1284	-0.6676	0.3315	-0.0584	0.4559	-0.0083	-0.0074	0.3111	0.029	0.2756	39.649	108.6363	213.1513
2	3.8291	-0.3051	1.1593	4.1946	-0.5788	3.5456	-0.0226	0.0879	0.0971	-0.1042	0.031	-0.301	0.0764	0.1708	-0.0343	0.2347	-0.0135	0.0025	0.1612	0.0181	0.2044	43.0159	96.8324	219.1244
3	1.5581	0.3966	-1.4105	7.9171	-1.7227	2.0291	0.1086	-0.0778	0.0228	-0.1585	0.1946	-1.1728	0.04	0.8765	-0.0822	0.7553	-0.1269	0.0459	0.6923	-0.0914	0.4846	48.823	101.5415	211.253
4	1.8057	0.2356	0.6475	6.6158	0.3153	3.5934	-0.1798	0.1259	0.0651	-0.3378	0.2232	0.0694	-0.2904	-0.0325	-0.0357	0.2503	-0.0217	-0.0087	0.2166	0.0216	0.1941	37.0863	103.5469	215.0375
5	2.3094	-3.4152	-2.0663	5.1971	2.3756	2.9475	-0.2748	-0.0819	-0.2609	-0.1162	0.2041	0.346	0.1615	-0.0304	0.0812	0.3497	-0.0471	-0.025	0.2146	0.0028	0.2623	41.2885	83.0315	219.1666
6	2.3319	-1.3939	-0.926	4.0172	0.8413	4.8921	-0.0952	-0.1495	-0.0639	0.0872	0.0035	-0.0056	-0.0449	-0.2549	0.0649	0.2682	-0.0369	0.0109	0.2598	-0.041	0.1913	51.8062	68.6822	213.2793
7	3.282	-0.4522	-0.4442	2.9034	-1.8953	4.6429	0.1843	0.9666	-1.2828	-0.2367	-0.2408	0.7707	0.3323	-0.4815	0.0506	0.4644	-0.1775	0.0963	1.07	-0.6266	1.2983	44.3229	63.1673	197.2345
8	6.8783	-3.4683	-4.594	5.5294	-0.6435	5.4099	0.3393	0.776	0.0154	-0.4496	-0.3488	0.1217	0.2923	-0.7801	-0.1129	0.4634	0.0184	-0.0181	0.3578	-0.0196	0.2847	47.3473	80.5452	205.1622
9	3.5291	-0.8902	-1.1181	5.0193	1.6908	4.244	0.1449	0.1012	0.3664	-0.2928	-0.1238	0.1283	-0.5441	-0.0855	0.0275	0.3068	0.0074	-0.0102	0.2366	0.0124	0.2149	52.4479	75.1843	201.978
10	4.8773	-3.0902	0.6827	3.2775	-2.6906	5.7642	0.0514	0.0257	0.3684	0.056	-0.1235	-0.4219	-0.3969	0.2935	0.0342	0.293	-0.0563	-0.0083	0.2606	-0.0409	0.2034	61.4233	70.6185	202.7577
11	4.5991	-0.2274	-2.5994	4.3545	-0.9564	8.5757	-0.0014	0.0175	-0.0057	-0.0715	0.0614	0.0629	0.2209	-0.1431	-0.0248	0.2273	-0.0182	-0.0165	0.1987	-0.0562	0.1909	58.4706	59.758	196.9639
12	2.413	-1.1906	-0.9923	2.6224	0.1417	2.4506	0.0219	-0.1009	-0.1088	-0.0281	-0.063	-0.0628	0.1553	0.2308	0.0225	0.2304	-0.011	0.0057	0.2933	-0.0006	0.1922	69.6216	50.1354	190.7952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 70:103)	A	70 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 104:170)	A	104 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 171:204)	A	171 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 205:275)	A	205 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 276:302)	A	276 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 303:350)	A	303 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 351:362)	A	351 - 362
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 363:379)	A	363 - 379
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 380:406)	A	380 - 406
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 407:434)	A	407 - 434
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 435:459)	A	435 - 459
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 460:552)	A	460 - 552

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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