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- PDB-7u8u: hTRAP1 with inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8u
タイトルhTRAP1 with inhibitors
要素Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
キーワードCHAPERONE / hTRAP1 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UJY / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.065 Å
データ登録者Deng, J. / Matts, R. / Peng, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Elucidation of novel TRAP1-Selective inhibitors that regulate mitochondrial processes.
著者: Merfeld, T. / Peng, S. / Keegan, B.M. / Crowley, V.M. / Brackett, C.M. / Gutierrez, A. / McCann, N.R. / Reynolds, T.S. / Rhodes, M.C. / Byrd, K.M. / Deng, J. / Matts, R.L. / Blagg, B.S.J.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
B: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8034
ポリマ－110,4022
非ポリマー1,4022
水00
1
A: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9022
ポリマ－55,2011
非ポリマー7011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9022
ポリマ－55,2011
非ポリマー7011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.368, 118.587, 69.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...
21(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILE(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 741 - 5
12ILEILEILEILE(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA756
13PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
14PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
15PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
16PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
17PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
18PROPROLEULEU(chain A and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...AA70 - 5471 - 478
21PROPROILEILE(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 741 - 5
22ILEILEILEILE(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB756
23PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482
24PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482
25PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482
26PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482
27PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482
28PROPROGLUGLU(chain B and (resseq 70:74 or (resid 75 and (name...BB70 - 5511 - 482

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / HSP 75 / TNFR-associated protein 1 / Tumor necrosis factor type 1 receptor-associated protein / TRAP-1


分子量: 55200.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12931
#2: 化合物 ChemComp-UJY / [2-hydroxy-5-(2H-isoindole-2-carbonyl)phenyl]{5-[3-(triphenyl-lambda~5~-phosphanyl)propoxy]-2H-isoindol-2-yl}methanone


分子量: 700.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H37N2O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes PH7.0, 15%PEG20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 19398 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.963 / Rmerge(I) obs: 0.238 / Net I/σ(I): 11.211
反射 シェル解像度: 3.06→3.21 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.111 / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.606 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HPH

5hph


解像度: 3.065→48.324 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 39.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 1824 10.03 %
Rwork0.2202 16361 -
obs0.2294 18185 89.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.84 Å2 / Biso mean: 101.6096 Å2 / Biso min: 22.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.065→48.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6737 0 104 0 6841
Biso mean--105.07 --
残基数----831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5429408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0784194
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3199X-RAY DIFFRACTION9.541TORSIONAL
12B3199X-RAY DIFFRACTION9.541TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.065-3.14740.4468730.309563846
3.1474-3.240.40611210.3145111480
3.24-3.34450.43961240.3139120586
3.3445-3.4640.3981420.282122988
3.464-3.60270.35561330.251127391
3.6027-3.76660.29541510.239127893
3.7666-3.96510.31391620.2271131595
3.9651-4.21330.33151420.224135997
4.2133-4.53840.31261640.1929137598
4.5384-4.99470.27821500.1792136297
4.9947-5.71650.2931600.2013139599
5.7165-7.19840.28781430.2449141199
7.1984-48.30.27931590.1903140798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91390.45130.22883.8799-0.766.51990.2104-0.8522-0.50520.8216-0.12440.4491.4046-1.17990.11691.2726-0.04610.18870.79540.19340.5764-13.486421.6175-4.7569
25.028-0.23750.95454.5612-0.16438.226-0.04820.0696-0.37710.5257-0.07790.09050.7317-0.39310.1730.6953-0.01690.17140.580.00310.3724-11.122925.9048-11.5585
35.44821.51833.67730.64711.21884.29230.146-0.09220.14080.00030.01840.0554-0.1350.2555-0.01850.8055-0.04860.17340.484-0.12060.5284-24.675824.1539-41.0795
46.61870.8172.1583.9141.19445.55780.30811.3574-0.4139-1.3379-0.17140.35060.410.2031-0.02981.07690.0209-0.02440.8162-0.18930.741-45.901514.8596-62.5832
54.273-0.8397-1.00023.8841-0.29094.54410.31311.17841.0212-0.2242-0.38380.4758-0.0858-1.0508-0.05840.70940.1984-0.07931.14620.04460.8792-1.7724-10.8724-30.6175
66.29661.7304-2.95288.8328-1.3786.889-0.6458-0.0081-0.39130.1120.48680.09990.3209-0.33360.15920.5970.1622-0.01250.6573-0.11410.365-0.6181-22.4154-16.1746
75.71390.5202-4.02868.39290.0592.8445-0.2670.51510.47230.30030.23780.1601-0.6811-0.7883-0.00490.89920.28820.05160.81750.04830.55380.4173-15.3269-26.223
83.9358-2.3952-0.89776.22151.62375.75930.40060.45810.6478-0.72710.3676-0.2313-0.879-0.2359-0.43291.57840.720.09281.02530.05040.43820.6854-11.4306-29.1701
95.7958-0.0806-5.83660.1044-0.32998.02990.7622-0.81421.05660.4819-0.23140.3317-1.0618-0.2001-0.43221.09430.2642-0.03690.87040.00110.64783.5947-10.2953-9.1001
107.778-0.4349-2.26347.57820.52819.82850.0935-1.1604-0.01150.5203-0.145-0.56560.50760.93170.34760.57680.2818-0.06220.866-0.04680.5171-7.8652-18.18837.0927
116.8651-3.0231-2.64859.86611.88115.7459-0.17430.4585-0.0534-0.74280.1621-0.08180.87610.85650.02750.76250.24490.06571.0169-0.0020.5014-14.1145-12.92391.4594
124.8105-0.6239-0.63095.33362.97498.5068-0.26670.65090.271-0.25810.2268-0.485-0.28840.4681-0.16261.03030.1761-0.02830.5078-0.06490.783-20.0119-7.39540.6738
134.18590.4307-6.45593.12651.04522.352-0.3140.069-0.46650.31820.23120.25450.4996-0.38220.090.83760.19560.01050.79740.00210.7158-28.7567-10.376919.1533
144.3141-2.55020.87053.15231.66619.1549-0.1173-1.2999-0.27940.90570.41990.68140.3436-0.6891-0.45611.53150.12630.461.16440.17410.9818-35.6497-0.357935.3163
157.26011.5007-3.20247.22490.23074.64560.2760.6047-0.73130.4689-0.13110.58740.027-1.2087-0.14210.6316-0.10030.10370.7473-0.0120.7372-40.2297-2.558621.0383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 70 through 110 )A70 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 277 )A111 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 278 through 454 )A278 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 455 through 547 )A455 - 547
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 70 through 110 )B70 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 111 through 147 )B111 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 148 through 203 )B148 - 203
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 204 through 266 )B204 - 266
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 292 )B267 - 292
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 293 through 333 )B293 - 333
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 334 through 373 )B334 - 373
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 374 through 413 )B374 - 413
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 414 through 499 )B414 - 499
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 500 through 531 )B500 - 531
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 532 through 551 )B532 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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