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- PDB-7u8h: Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8h
タイトルDiscovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit
要素GTPase KRas
キーワードSIGNALING PROTEIN / KRAS / P21 / GTP-BINDING PROTEIN / ONCOGENES / BINDER / HYDROLASE / INHIBITOR OF SOS-MEDIATED
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / visual learning / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-LX6 / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Phan, J. / Fesik, S.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Fragment Optimization of Reversible Binding to the Switch II Pocket on KRAS Leads to a Potent, In Vivo Active KRAS G12C Inhibitor.
著者: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. / ...著者: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. / Rumpel, K. / Savarese, F. / Gerstberger, T. / Mischerikow, N. / Treu, M. / Herdeis, L. / Wunberg, T. / Gollner, A. / Weinstabl, H. / Mantoulidis, A. / Kramer, O. / McConnell, D.B. / W Fesik, S.
履歴
登録2022年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: GTPase KRas
C: GTPase KRas
D: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,36718
ポリマ－77,4844
非ポリマー2,88314
水11,385632
1
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1815
ポリマ－19,3711
非ポリマー8104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1815
ポリマ－19,3711
非ポリマー8104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0034
ポリマ－19,3711
非ポリマー6323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0034
ポリマ－19,3711
非ポリマー6323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.835, 98.480, 149.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-323-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19370.891 Da / 分子数: 4 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 5種, 646分子

#2: 化合物
ChemComp-2XO / 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol / 1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-メタンチオ-ル


分子量: 164.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2S
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-LX6 / 2-amino-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carbonitrile / 2-アミノ-4,5,6,7-テトラヒドロベンゾ[b]チオフェン-3-カルボニトリル


分子量: 178.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 76938 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Num. unique obs: 3773 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EPY

4epy


解像度: 1.702→29.819 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 3861 5.02 %
Rwork0.1724 73027 -
obs0.1738 76888 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.52 Å2 / Biso mean: 28.4008 Å2 / Biso min: 5.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.702→29.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5297 0 184 634 6115
Biso mean--23.01 35.64 -
残基数----665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9747934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7892220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.702-1.72260.25941290.2078258299
1.7226-1.74440.23811480.20492548100
1.7444-1.76730.2031290.19782612100
1.7673-1.79150.2181430.19142609100
1.7915-1.81710.20751290.19012528100
1.8171-1.84420.23411510.19172618100
1.8442-1.8730.21421080.19322577100
1.873-1.90370.22381300.18792606100
1.9037-1.93660.22521480.17632569100
1.9366-1.97180.18811420.17752583100
1.9718-2.00970.21591200.17992649100
2.0097-2.05070.21611110.17782571100
2.0507-2.09530.23021380.18032589100
2.0953-2.1440.2251460.17822596100
2.144-2.19760.19661320.17832598100
2.1976-2.2570.18311330.16922594100
2.257-2.32340.22911330.1732598100
2.3234-2.39840.22021570.17582588100
2.3984-2.4840.19151270.17682614100
2.484-2.58350.20051370.17022624100
2.5835-2.7010.2181480.18412604100
2.701-2.84320.22921410.18932620100
2.8432-3.02120.22491460.1792593100
3.0212-3.25420.21281680.16312621100
3.2542-3.58120.17761410.1642634100
3.5812-4.09830.1721160.15432677100
4.0983-5.15910.16091540.14182663100
5.1591-29.8190.16741560.18152762100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6417-1.6251-0.0222.55210.09551.2827-0.1223-0.0632-0.00910.15520.1563-0.44360.04920.38250.01480.08670.0162-0.03310.18260.00030.262858.03834.64216.741
22.09981.3303-1.40694.5119-3.92863.50450.0605-0.50150.41390.50470.1457-0.6562-0.21670.7499-0.20720.3370.0183-0.0820.2886-0.0590.496660.49544.44522.501
33.5935-3.09861.65782.8493-1.8592.8389-0.1824-0.12850.44910.0975-0.1011-0.5205-0.17310.10430.25870.16530.04530.00740.19790.03360.363464.39929.816.831
42.1061-1.3549-0.54886.8833-3.58272.7353-0.1192-0.0496-0.384-0.3787-0.1495-0.19620.17050.07680.25750.1450.0336-0.02340.17790.02920.330361.42626.26814.452
51.7488-0.96272.97236.13650.51835.9354-0.05050.46040.3743-0.4531-0.0083-0.109-0.45890.0513-0.00130.2397-0.01610.01650.35590.08970.256555.38542.6942.885
64.0279-2.3893-4.43964.20794.34758.5911-0.12180.04130.04370.2380.0529-0.1050.24040.13970.07150.08190.0271-0.03520.1171-0.00250.101848.03936.59716.52
71.3326-0.1302-1.56411.17171.64516.68150.15380.62020.0732-0.1961-0.16290.1082-0.2215-0.58210.03740.1030.0333-0.03980.24630.00860.146943.3139.228.78
84.41920.1835-0.28363.3104-0.69791.6107-0.04880.13-0.18490.11130.05360.06630.0851-0.1940.00470.07130.02060.0110.10230.0080.165541.85533.3518.6
94.00644.23795.04945.95845.29877.0728-0.185-0.4823-0.20950.5782-0.1242-0.04140.2657-0.06530.14850.15410.06560.01980.20690.02230.165649.0631.44824.796
104.23590.68391.06646.46243.12353.0468-0.1590.192-0.79450.20380.09650.060.45490.25370.06590.1320.04370.05880.17580.00320.309553.17523.79414.702
112.85321.3824-0.35482.635-0.03420.97420.0432-0.0721-0.27660.38540.0591-0.23090.08430.043-0.08460.12850.0151-0.03170.09060.01640.128631.83353.88221.739
127.4815-1.5548-3.99414.97760.46272.4506-0.27470.90180.4307-0.54720.2026-0.8192-0.18820.77660.09440.3187-0.04570.07930.41140.02750.33142.71955.8858.735
132.01490.74340.56642.9651.18832.924-0.00280.3170.201-0.17190.1559-0.1754-0.09850.0307-0.05520.083-0.01190.00940.14060.0160.067735.24968.83215.247
142.70370.61130.46263.5069-0.34173.97570.0337-0.02410.24140.1304-0.11660.2815-0.1123-0.34940.02980.06290.02190.03220.13020.00250.107525.61766.60218.051
152.1569-0.3433-0.34731.84290.33342.7472-0.0277-0.152-0.01850.12720.07210.54970.1039-0.2863-0.01480.0749-0.00640.040.10740.01510.16255.1830.48226.196
160.020.1055-0.02255.85780.4340.44310.02420.17880.7639-0.24760.13070.4349-0.0657-0.1256-0.10250.16540.02450.0170.1560.04350.4425-0.06339.42921.048
175.03992.2612-0.79356.23133.4237.2419-0.33860.6572-0.8772-0.44620.1708-0.2171.24840.30830.15440.3585-0.03150.05040.3271-0.09050.30324.54821.66811.568
182.4733-0.59820.81682.1243-0.06393.2356-0.020.4946-0.0823-0.52870.0051-0.06810.22950.09030.00010.1693-0.02310.04550.1860.01270.071816.60229.98715.099
193.0470.0956-0.42012.4077-0.42542.698-0.03610.05820.2727-0.0076-0.0021-0.0389-0.08920.04070.01410.0764-0.01760.02350.0549-0.00230.087117.70438.53522.913
201.90880.7344-0.36622.9139-1.71223.1686-0.3667-0.2675-0.10760.66540.1201-0.2393-0.37130.1463-0.03110.34040.14990.09960.16810.05040.228532.36513.23925.341
212.92040.33991.23740.322-0.28051.26190.0314-0.34570.27850.57530.0594-0.30770.13460.3632-0.03370.76230.28360.21930.46390.11140.593726.2715.63836.083
221.6852-0.7334-2.01411.90340.47372.5416-0.1447-0.0463-0.2220.11540.0952-0.56250.0534-0.01240.08050.16550.03760.05380.16450.04630.275237.21417.82321.285
235.6837-0.88791.06953.5991.81734.3294-0.04150.78730.1003-0.30830.14291.1536-0.0576-0.9432-0.05510.42230.00650.03030.34040.10930.483622.93311.24216.372
240.13710.6095-0.58532.6653-2.58342.5138-0.342-0.2253-0.41240.25750.22220.60630.452-0.1841-0.12410.50520.11180.3937-0.05620.39030.416226.806-0.79628.976
252.70920.08791.06243.95-1.92819.6619-0.12050.2337-0.482-0.37370.090.73120.5779-0.6676-0.01260.5349-0.14220.00040.33010.08190.769222.896-0.19217.43
263.6937-0.27321.2643.019-2.67056.5271-0.28540.3059-0.3211-0.42670.16710.31960.261-0.12920.05180.41910.0660.10810.17220.0540.344930.7881.84116.748
270.0487-0.13040.2050.3636-0.53670.8116-0.1988-0.269-0.23270.03270.0449-0.08880.19210.10890.07610.90490.36710.4572-0.00940.44890.568333.31-6.31831.194
281.6547-0.21050.99954.78351.84966.6998-0.4545-0.68750.04790.87750.0725-0.4375-0.3698-0.05320.16150.57590.32680.0040.46370.18410.370337.8853.36131.081
295.0804-0.3476-2.00964.53960.03612.1414-0.298-0.2372-0.34290.05370.2074-0.80290.62690.52330.020.23510.07470.03850.19270.05220.35940.4467.78819.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:25 )A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 26:37 )A26 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 38:46 )A38 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 47:57 )A47 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 58:74 )A58 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 75:86 )A75 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 87:104 )A87 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 105:137 )A105 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 138:151 )A138 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 152:167 )A152 - 167
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 0:57 )B0 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 58:74 )B58 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 75:126 )B75 - 126
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 127:167 )B127 - 167
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 1:37 )C1 - 37
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 38:57 )C38 - 57
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 58:74 )C58 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 75:116 )C75 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 117:166 )C117 - 166
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 1:25 )D1 - 25
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 26:37 )D26 - 37
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 38:57 )D38 - 57
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 58:76 )D58 - 76
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 77:92 )D77 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 93:103 )D93 - 103
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 104:116 )D104 - 116
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 117:137 )D117 - 137
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 138:151 )D138 - 151
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 152:166 )D152 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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