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Yorodumi- PDB-7u8h: Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7u8h | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit | ||||||
Components | GTPase KRas | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / KRAS / P21 / GTP-BINDING PROTEIN / ONCOGENES / BINDER / HYDROLASE / INHIBITOR OF SOS-MEDIATED | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationresponse to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / female pregnancy / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.702 Å | ||||||
Authors | Phan, J. / Fesik, S.W. | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2022Title: Fragment Optimization of Reversible Binding to the Switch II Pocket on KRAS Leads to a Potent, In Vivo Active KRAS G12C Inhibitor. Authors: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. ...Authors: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. / Rumpel, K. / Savarese, F. / Gerstberger, T. / Mischerikow, N. / Treu, M. / Herdeis, L. / Wunberg, T. / Gollner, A. / Weinstabl, H. / Mantoulidis, A. / Kramer, O. / McConnell, D.B. / W Fesik, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7u8h.cif.gz | 308.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7u8h.ent.gz | 250.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7u8h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8h | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8afbC ![]() 8afcC ![]() 8afdC ![]() 4epyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 19370.891 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: G12V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KRAS, KRAS2, RASK2 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 646 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-2XO / #3: Chemical | ChemComp-GDP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion Details: 30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→30 Å / Num. obs: 76938 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Num. unique obs: 3773 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4EPY Resolution: 1.702→29.819 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.91 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 110.52 Å2 / Biso mean: 28.4008 Å2 / Biso min: 5.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.702→29.819 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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