PDB-7u8c: Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-MORAb 15B6 FAB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u8c

タイトル

Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-MORAb 15B6 FAB complex

要素

MORab 15B6 Fab heavy chain
MORab 15B6 Fab light chain
Mesothelin, cleaved form

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Mesothelin

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Zhan, J. / Esser, L. / Xia, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Highly active CAR T cells that bind to a juxtamembrane region of mesothelin and are not blocked by shed mesothelin.
著者: Liu, X. / Onda, M. / Watson, N. / Hassan, R. / Ho, M. / Bera, T.K. / Wei, J. / Chakraborty, A. / Beers, R. / Zhou, Q. / Shajahan, A. / Azadi, P. / Zhan, J. / Xia, D. / Pastan, I.

履歴

登録	2022年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u8c.cif.gz	311.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u8c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rifS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

BA2: Mesothelin, cleaved form

H: MORab 15B6 Fab heavy chain

L: MORab 15B6 Fab light chain

47.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.832, 64.832, 250.134
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-301- HOH
2	1	H-431- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Mesothelin, cleaved form 分子量: 1863.138 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal peptide (UNP residues 590-606) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421
#2: 抗体	MORab 15B6 Fab heavy chain 分子量: 22799.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	MORab 15B6 Fab light chain 分子量: 22864.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 26% PEG550 MME, 6% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 53658 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 27.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 1.74→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.497 / Num. unique obs: 3899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BALBES		位相決定
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RIF

3rif

解像度: 1.74→24.01 Å / SU ML: 0.2218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 26.3108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	2770	5.17 %
R_work	0.2043	50761	-
obs	0.2061	53531	95.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→24.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3322	0	0	311	3633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	3405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5343	4651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8365	1189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.77	0.3716	88	0.3691	1661	X-RAY DIFFRACTION	63.37
1.77-1.8	0.3723	132	0.349	1995	X-RAY DIFFRACTION	76.9
1.8-1.84	0.384	116	0.3459	2188	X-RAY DIFFRACTION	83.97
1.84-1.87	0.3268	125	0.3393	2282	X-RAY DIFFRACTION	88.59
1.87-1.91	0.3337	153	0.3167	2483	X-RAY DIFFRACTION	94.11
1.91-1.96	0.3542	125	0.3067	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.96-2.01	0.3016	151	0.2947	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.01-2.06	0.3215	134	0.2688	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.06-2.12	0.2911	148	0.2558	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.19	0.3024	140	0.2325	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.19-2.27	0.2638	152	0.2125	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.36	0.2464	150	0.209	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.36-2.47	0.2495	144	0.2038	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.6	0.2311	149	0.194	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.6-2.76	0.2388	148	0.2014	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.76-2.97	0.2388	142	0.2174	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.97-3.27	0.2209	119	0.2066	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.27-3.74	0.2372	127	0.1913	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.71	0.1928	162	0.1534	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-24.01	0.2075	165	0.1779	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.23364589296	-0.852472134457	-2.78337449748	4.37506807309	2.71375241424	7.01797819961	-0.460952823265	-0.479600582759	0.185069251765	1.32396178635	0.212365189401	-0.265347912345	0.416020492408	0.67368892487	0.204087255195	0.524606069319	0.101873907919	-0.0399746283632	0.828571191065	0.0653962737062	0.312387124809	12.1635830533	-8.78910717132	58.3586865499
2	5.17055258045	-4.6098381572	-1.31326439598	5.93709288229	1.6021588417	4.39679953566	-0.662256042233	-0.50495972031	0.148660719633	1.13156295441	0.27041496397	-0.535663054314	0.238762566933	0.77915291318	0.19162825061	0.335919324542	0.0859930760663	-0.0176032355658	0.97316377093	0.0218433243563	0.335879579919	20.8723997214	-18.1063008141	51.0457557672
3	1.27429781693	0.193987924	0.674632043969	1.55449913119	-0.318443818313	3.96051711686	-0.13780040459	-0.154023764195	0.132880341041	-0.0462157186977	0.0857112714466	0.0397907940222	-0.588474113908	0.224277800468	0.0747394186598	0.210166261507	-0.0384830782142	-0.053802841873	0.588504504766	0.0673592634059	0.365292876858	11.3413495293	-0.812839077671	37.4232006991
4	1.82878368619	0.970853771957	0.735174421719	7.58300754993	-0.238824292105	3.49954105226	0.0393295210471	0.79550379998	-0.100415347035	-1.67693955535	0.203401804075	-1.19334466509	-0.148169314527	1.05892630399	-0.242131636304	0.814287563533	-0.116853692299	-0.013314493899	0.978441375873	0.109141025072	0.596116227507	15.4768364287	-11.2929414217	-6.22473367896
5	1.45362578142	-0.477270607653	0.232415775035	2.28206813575	0.904995697515	4.49106295739	-0.159464160179	0.246397881049	-0.209080312846	-0.457972963526	0.045511011136	0.202038129269	-0.131684444021	0.0935153661257	0.0340104410837	0.499362653033	-0.165838518452	-0.136364283847	0.666907605839	0.221796826801	0.419062692233	7.27311805654	-8.47229965316	3.09300762759
6	1.78391899743	-0.411128187516	0.0735553037698	0.733540207162	0.078400724174	0.54149467679	-0.0242626142413	-0.187963877791	0.117304628101	0.0631639237808	0.0422561137153	-0.385911272563	0.0496285702233	0.252760897726	-0.116276198881	0.142517263467	-0.0156574899874	-4.45411489417E-5	0.842909583768	0.0890372621584	0.427589990425	29.1195867737	-20.2715294518	33.3180617899
7	1.3011466257	-0.114347874447	0.332682076116	0.983525505231	0.294128857706	1.11940372163	-0.199499777396	-0.383341768579	-0.0824304587742	0.123147046075	0.149664633694	-0.0770879937899	0.227088683989	0.208606654674	-0.134383386486	0.113432371991	0.0177166248656	-0.0189210019524	0.818481432129	0.120836163103	0.387760552594	20.5466598176	-19.2507560876	37.8987554388
8	0.762460520618	-0.357935885862	0.682074558998	0.462733409772	0.572043530388	3.29399981067	-0.0604724356769	0.158239857386	0.0773331154402	-0.152449796944	0.0340318800988	0.0239180273549	-0.0454553385832	0.317573132732	-0.0184780953273	0.219575635854	-0.0511710065201	0.0329677015815	0.669456729757	0.099321014035	0.382972445944	20.1788294256	-26.937177963	18.5132129646
9	1.21152320495	-0.599334413774	0.170113708603	4.86341487523	-0.996195655018	1.1795150586	-0.0131964043779	0.503983523706	0.273621857729	-0.720620752918	-0.129972099961	-0.0985500503414	-0.443376011195	0.515057371729	0.173261500711	0.547194718959	-0.199572763409	-0.0752372987692	0.903042613257	0.276080678543	0.418550426949	18.9076306184	-7.08611503887	0.52694806392
10	1.31827793352	-0.196232810541	-0.23076116511	2.44766395596	0.0180112783357	0.571871243272	-0.0972485109945	0.385214689619	0.209666035365	-0.293577930339	-0.000708272220104	-0.306446546379	-0.41664515453	0.442147001619	0.0550417327447	0.445079660988	-0.241552259411	-0.0529961786731	0.889289190477	0.245308557819	0.46198006603	23.8758979583	-9.96875418373	8.14591072245
11	0.390016008401	-0.358550669745	0.0790328611222	1.25100270949	0.496920830162	0.725268297257	0.112806794426	0.261333838723	0.222517855182	-0.890700793023	-0.0682736106865	-0.280897959381	-0.205307318316	0.356075607393	0.0956992901696	0.582628738079	-0.12387742695	0.072220407748	1.08281873226	0.200764389901	0.486051371449	29.2945328791	-13.9889350286	0.856009443735

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'BA2' and (resid 584 through 590 )	BA2	A	584 - 590	1 - 7
2	2	chain 'BA2' and (resid 591 through 598 )	BA2	A	591 - 598	8 - 15
3	3	chain 'H' and (resid 1 through 120 )	H	B	1 - 120	1 - 120
4	4	chain 'H' and (resid 121 through 135 )	H	B	121 - 135	121 - 135
5	5	chain 'H' and (resid 136 through 214 )	H	B	136 - 214	136 - 214
6	6	chain 'L' and (resid 1 through 30 )	L	C	1 - 30	1 - 30
7	7	chain 'L' and (resid 31 through 103 )	L	C	31 - 103	31 - 103
8	8	chain 'L' and (resid 104 through 116 )	L	C	104 - 116	104 - 116
9	9	chain 'L' and (resid 117 through 142 )	L	C	117 - 142	117 - 142
10	10	chain 'L' and (resid 143 through 190 )	L	C	143 - 190	143 - 190
11	11	chain 'L' and (resid 191 through 213 )	L	C	191 - 213	191 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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