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- PDB-7u6u: Structure of an intellectual disability-associated ornithine deca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u6u
タイトルStructure of an intellectual disability-associated ornithine decarboxylase variant G84R in complex with PLP
要素Ornithine decarboxylaseオルニチンデカルボキシラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ornithine decarboxylase (オルニチンデカルボキシラーゼ) / intellectual disability-associated variant
機能・相同性
機能・相同性情報


オルニチンデカルボキシラーゼ / putrescine biosynthetic process from ornithine / ornithine decarboxylase activity / Metabolism of polyamines / polyamine metabolic process / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / regulation of protein catabolic process / kidney development / response to virus / cell population proliferation ...オルニチンデカルボキシラーゼ / putrescine biosynthetic process from ornithine / ornithine decarboxylase activity / Metabolism of polyamines / polyamine metabolic process / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / regulation of protein catabolic process / kidney development / response to virus / cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
オルニチンデカルボキシラーゼ / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...オルニチンデカルボキシラーゼ / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ピリドキサールリン酸 / オルニチンデカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Schultz, C.R. / Powell, K.S. / Henrickson, A. / Lamp, J. / Brunzelle, J.S. / Demeler, B. / Vega, I.E. / Bachmann, A.S. / Melcher, K.
資金援助 米国, カナダ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120600 米国
Canada Research ChairsC150-2017-00015 カナダ
Canada Foundation for InnovationCFI-37589 カナダ
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Structure and Enzymatic Activity of an Intellectual Disability-Associated Ornithine Decarboxylase Variant, G84R.
著者: Zhou, X.E. / Schultz, C.R. / Suino Powell, K. / Henrickson, A. / Lamp, J. / Brunzelle, J.S. / Demeler, B. / Vega, I.E. / Bachmann, A.S. / Melcher, K.
履歴
登録2022年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine decarboxylase
B: Ornithine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1784
ポリマ－94,6842
非ポリマー4942
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.147, 86.098, 153.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ornithine decarboxylase / オルニチンデカルボキシラーゼ / ODC


分子量: 47341.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G84R variant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ODC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11926, オルニチンデカルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 84340 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 4377 / CC1/2: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S3F

7s3f


解像度: 1.85→43.049 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 5905 7.01 %
Rwork0.1806 78344 -
obs0.1822 84249 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.32 Å2 / Biso mean: 28.1147 Å2 / Biso min: 9.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→43.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6295 0 30 553 6878
Biso mean--22.31 37.33 -
残基数----802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8488782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3543871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.8710.28191860.25352567100
1.871-1.89310.26421960.23962595100
1.8931-1.91610.29142100.22512537100
1.9161-1.94040.23241980.21462559100
1.9404-1.96590.2392190.20472568100
1.9659-1.99290.2231880.19452600100
1.9929-2.02130.24881910.20292562100
2.0213-2.05150.22722030.20142607100
2.0515-2.08360.21791750.20262551100
2.0836-2.11770.2312100.20722601100
2.1177-2.15420.22372240.1932546100
2.1542-2.19340.24951930.19592617100
2.1934-2.23560.21561710.19252589100
2.2356-2.28120.23511860.18572603100
2.2812-2.33080.20182180.18732598100
2.3308-2.3850.20622080.18432586100
2.385-2.44470.21961840.1842614100
2.4447-2.51080.21271650.18782623100
2.5108-2.58460.21612210.18822592100
2.5846-2.6680.21641920.1842601100
2.668-2.76340.21051930.18882640100
2.7634-2.8740.20531740.17682629100
2.874-3.00480.19941970.17932614100
3.0048-3.16320.172000.172631100
3.1632-3.36130.17161960.1692643100
3.3613-3.62070.18452040.17262599
3.6207-3.98480.17812030.1598262099
3.9848-4.56090.18111900.14992698100
4.5609-5.7440.17162070.16612701100
5.744-430.20822030.17922827100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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