PDB-7u6g: Structure of PQS Response Protein PqsE(E182W,E280A) Variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u6g

タイトル

Structure of PQS Response Protein PqsE(E182W,E280A) Variant

要素

Quinolone signal response protein

キーワード

HYDROLASE / Quorum Sensing / PQS / PqsE / mutant

機能・相同性

: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / metal ion binding / : / Quinolone signal response protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Jeffrey, P.D. / Taylor, I.R. / Bassler, B.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32GM134583	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1713731	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: The PqsE Active Site as a Target for Small Molecule Antimicrobial Agents against Pseudomonas aeruginosa.
著者: Taylor, I.R. / Jeffrey, P.D. / Moustafa, D.A. / Goldberg, J.B. / Bassler, B.L.

履歴

登録	2022年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u6g.cif.gz	161.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u6g.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u6g_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u6g_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	7u6g_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	7u6g_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tz9C 7tzaC 7kgxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Quinolone signal response protein

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.621, 60.621, 145.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Quinolone signal response protein 分子量: 34631.633 Da / 分子数: 1 / 変異: E182W,E280A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: pqsE, PA14_51380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z6F6
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 27% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.44→29.96 Å / Num. obs: 12028 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 116855 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.44-2.51	7.8	0.936	6200	798	0.659	0.342	1	1.8	89.9
10.93-29.96	7.6	0.046	1287	169	0.998	0.017	0.05	41	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.17-3644	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7KGX

7kgx

解像度: 2.45→29.96 Å / SU ML: 0.3258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.4995
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	539	4.5 %
R_work	0.1728	11452	-
obs	0.1759	11991	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2330	0	2	34	2366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	2387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9114	3240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0486	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	421
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1893	877

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.69	0.3012	109	0.2288	2749	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.69-3.08	0.292	143	0.218	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.88	0.2331	144	0.1886	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-29.96	0.2284	143	0.1485	3008	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.65028049823	-3.33849145869	-2.04766227151	2.70597772132	3.31218273419	4.99520992106	-0.185981970796	0.88368401815	0.16038572508	-0.328179713688	0.0808399181422	0.456127795553	-0.351797648757	-0.00661768860961	0.0609517101836	0.483267231058	0.0207753078694	-0.06614921934	0.429195663148	0.0223225367507	0.622007572391	-25.6262154045	-9.75686352478	-27.724534349
2	8.29823183906	-0.836313198703	-0.0730889329482	6.3211516027	1.02911954585	5.67286215093	-0.289197270142	-0.447930178857	-0.583336075442	0.710810134947	0.22456469502	0.613909438234	-0.113930689477	-0.406222683214	0.0397211084023	0.515640893998	0.107660337255	0.147853365229	0.426295319281	0.0714853267648	0.507973031458	-31.7458404735	-10.0397998876	-14.5725487188
3	9.24675239371	-2.304203565	1.20675313807	4.446199283	-0.507148497026	5.49448907773	-0.34258793634	-1.60348058506	-0.428420792061	1.40719954235	0.26368937671	0.416489367078	-0.37280009673	-0.174326264322	0.00746761504551	1.05866765843	0.011450079964	0.216128787253	0.852015771997	0.152566952104	0.542416147887	-29.2700716702	-11.7186309842	-2.74437242196
4	6.62513260671	-5.17473907745	5.51862760052	7.15530909139	-5.07890946437	4.78712466603	-1.06054114842	-1.7437406989	0.896910314526	1.71234934987	0.465015407154	-0.33791401376	-1.90407379843	-1.62320955284	0.680930976271	1.31302089918	0.139186419394	0.0746695357919	0.805767194279	-0.21140788758	0.697631916981	-26.8967568903	3.28924815361	-0.0693847774332
5	8.62419744738	-0.470352040056	-2.61110149387	4.18127106048	2.961778588	6.14968913939	-0.512696231879	-1.33668693419	0.0459908576589	0.785672034393	-0.0539258862994	0.928719986557	-0.112003243773	-0.931885589402	0.251897944685	0.991330298716	0.207126627703	0.0916184307954	0.816048219404	0.0660829002022	0.570728115177	-31.4367972268	-7.16217290749	-4.08260189518
6	5.86264276632	2.81424782609	3.03320221277	8.80567899166	2.03632470949	9.40275273162	-0.0439724094238	0.236237654309	-2.27378680257	0.789859426757	-0.0698725564883	-0.132572849695	1.87401988202	0.322462104736	-0.123285100412	0.771129849535	0.106396499351	0.122366619331	0.463506624177	0.215328125037	0.903922418554	-21.1231512487	-24.0188594608	-13.7720352122
7	7.74768847166	-0.122627445879	-0.955489341916	5.65107517975	0.31020041042	7.53532561134	-0.145553585799	-0.5802117749	0.318838652023	1.03027978056	-0.0556959369892	-0.196315341098	-0.292996565978	0.368227077663	0.149348864343	0.482780088578	0.0838610354274	-0.0867674578466	0.361665673805	-0.0328188028202	0.47207865349	-14.231945326	-8.27413237566	-15.7921162841
8	5.64265019881	0.545276089266	-0.00964035367247	6.52056553193	6.01826634754	8.00938444116	0.10291495861	-0.101342421487	-0.145852062867	0.563464387898	0.260332516375	-0.66478492807	0.128947143151	0.893791823476	-0.353903246851	0.518094891214	0.0733925371504	0.000676796545489	0.395888039364	0.063900297377	0.493366128133	-10.3997852088	-11.5056414523	-19.2945391033
9	6.39687036447	4.60657831697	3.06389018119	4.08285378044	4.39026226571	9.01051291158	-0.431122509108	0.0135809187761	-0.0160286161228	0.277049925741	1.43892410078	-0.504737591434	-1.12873182137	0.912143237389	-0.905685503369	0.689605396608	0.0391945682054	-0.162993518074	0.728736729289	-0.20079628539	0.678619073182	0.274121550964	2.90678689159	-16.5348521144
10	7.60882734892	-6.08426113349	2.54728516737	7.1810510115	-4.92444233179	6.58152597139	-0.295289738132	-0.787219507416	2.75680889585	-0.183887311742	-0.341815921402	1.34379379494	-2.08334874773	0.36084817586	0.791351292637	1.31653704582	-0.0513171052299	-0.196200272965	0.837574330033	-0.215641310719	1.36674431031	-6.90514406005	13.7560293723	-13.561364643
11	3.09709408198	4.81063544863	3.72001746137	9.18141649234	5.71794255998	4.47795260415	0.0963275088911	-1.31560934608	2.06304104156	0.0449118820962	-0.196375012695	0.144626144031	-0.599955362914	-0.803922883309	0.204518226501	1.18478536504	-0.0200317670937	-0.0072849269263	0.945560486746	-0.1838033031	1.07862685354	-8.90869427288	6.21761555984	-7.86917608694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 142 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 232 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 233 through 254 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 255 through 269 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 270 through 297 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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