PDB-7tz9: Structure of PQS Response Protein PqsE(E182W) Variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tz9

タイトル

Structure of PQS Response Protein PqsE(E182W) Variant

要素

Quinolone signal response protein

キーワード

HYDROLASE / Quorum Sensing / PQS / PqsE / mutant

機能・相同性

: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / metal ion binding / : / Quinolone signal response protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Jeffrey, P.D. / Taylor, I.R. / Bassler, B.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32GM134583	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1713731	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: The PqsE Active Site as a Target for Small Molecule Antimicrobial Agents against Pseudomonas aeruginosa.
著者: Taylor, I.R. / Jeffrey, P.D. / Moustafa, D.A. / Goldberg, J.B. / Bassler, B.L.

履歴

登録	2022年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tz9.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tz9.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tzaC 7u6gC 7kgxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Quinolone signal response protein

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.028, 61.028, 146.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Quinolone signal response protein 分子量: 34689.668 Da / 分子数: 1 / 変異: E182W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: pqsE, PA14_51380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z6F6
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 15% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→29.34 Å / Num. obs: 21945 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 288714

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 97.2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
2.01-2.06	13.2	1.056	20370	1549	0.738	0.302	1.1	2.7
8.97-29.34	10.6	0.031	3125	296	1	0.009	0.032	58.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7KGX

7kgx

解像度: 2.01→28.17 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	1152	5.26 %
R_work	0.1693	20744	-
obs	0.1717	21896	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.8 Å² / B_iso mean: 48.2897 Å² / B_iso min: 22.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→28.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	2	109	2485
B_iso mean	-	-	34.15	47.19	-
残基数	-	-	-	-	296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.749	896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	430

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.01-2.1	0.2807	138	0.2254	2544	2682	99
2.1-2.21	0.245	125	0.1986	2536	2661	100
2.21-2.35	0.2373	172	0.1827	2549	2721	100
2.35-2.53	0.2159	148	0.1751	2544	2692	100
2.53-2.78	0.2119	126	0.1831	2603	2729	100
2.78-3.18	0.2512	155	0.1842	2575	2730	100
3.19-4.01	0.2308	149	0.1637	2612	2761	100
4.01-28.17	0.1801	139	0.1512	2781	2920	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7204	-0.816	-1.7085	3.1818	-0.2322	3.1462	0.2497	0.7098	0.2848	-0.1625	0.0639	0.1354	-0.3762	-0.1354	-0.2867	0.3265	0.0208	-0.0057	0.3034	-0.0327	0.3289	-25.8015	-9.8723	-27.8213
2	2.8725	-0.104	-0.0568	3.0065	-0.7996	2.9614	-0.1347	0.1854	-0.3219	-0.0216	0.0593	0.2701	0.0458	-0.2257	0.0673	0.2999	0.003	0.0516	0.2493	-0.0351	0.3489	-30.4696	-11.8836	-17.6685
3	2.9431	-1.2326	0.2648	2.8874	-0.296	2.662	-0.0061	-0.1542	-0.2739	0.3319	0.0878	0.3495	-0.0692	-0.4315	-0.0667	0.2915	0.0056	0.0561	0.3171	0.0394	0.2867	-33.0234	-8.8316	-13.0176
4	3.2949	-0.0182	0.4269	2.1834	-0.1047	1.9595	-0.1019	-1.1419	-0.326	0.7524	0.1406	0.1637	0.0281	-0.2562	-0.0482	0.5659	0.0258	0.0844	0.4457	0.0492	0.3066	-29.7275	-11.6077	-2.9054
5	2.2439	-0.5315	3.1279	1.3117	-1.552	9.3687	-0.6408	-0.7816	1.1103	1.1965	0.1061	-0.106	-2.0354	-0.6889	0.2946	0.7836	0.0957	0.0156	0.5312	-0.1439	0.4841	-27.176	3.5839	-0.3224
6	3.712	0.8244	-1.0228	1.8227	1.7961	3.5125	-0.1495	-0.7179	0.2339	0.4573	0.0594	0.632	-0.097	-0.626	0.0935	0.48	0.0678	0.0256	0.4888	0.0244	0.3586	-31.8005	-7.0573	-4.1667
7	5.7453	1.8219	0.921	3.6903	0.8284	2.1313	-0.1033	-0.0352	-0.9113	0.0515	0.1314	0.2186	0.638	0.0716	-0.0889	0.5319	0.0169	0.0012	0.2215	0.0522	0.4589	-21.3638	-23.9699	-13.7628
8	4.2792	-1.0435	-0.8381	1.2912	-0.8124	3.3727	0.0942	-0.2652	-0.5777	0.5748	0.0269	-0.036	0.4603	0.0625	-0.1109	0.3265	0.0352	-0.042	0.233	0.0253	0.3003	-16.2081	-14.6581	-12.306
9	3.0673	0.0417	-1.1346	3.3949	1.7643	1.6956	0.1612	-0.078	0.2631	0.1787	-0.1337	-0.061	-0.0682	0.218	-0.0558	0.295	-0.0028	-0.0468	0.2677	0.0255	0.2937	-13.2748	-4.1814	-18.161
10	1.5144	0.1685	-0.8378	3.9575	1.8959	2.596	0.1188	0.1923	-0.1286	0.0444	-0.0131	-0.3506	0.1987	0.3706	-0.0741	0.267	0.028	0.0009	0.2356	0.0157	0.2608	-10.6621	-11.482	-19.3277
11	3.2323	3.7378	0.2765	5.2722	1.3021	0.9712	-0.1774	0.0523	0.2701	0.1094	0.3833	-0.0363	-0.162	0.4055	-0.1656	0.3801	-0.0588	-0.094	0.4442	-0.0393	0.4347	0.2353	2.7847	-16.5662
12	3.5504	0.9924	-0.8825	2.336	0.0949	2.0683	0.2873	0.28	1.6499	-0.1862	-0.2785	0.5943	-0.6008	-0.2897	-0.0489	0.8251	0.0344	-0.0366	0.4182	-0.0163	0.8171	-11.0987	11.5311	-14.6187
13	6.273	-2.9756	1.023	5.2231	-0.9093	3.6334	0.3878	-0.8813	0.4666	-0.1769	-0.1984	0.1361	-0.0304	0.3655	-0.2339	0.6063	-0.1205	-0.0024	0.4655	-0.1474	0.5078	-5.9414	5.7605	-6.0711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )	A	0 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 41 )	A	18 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 77 )	A	42 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 102 )	A	78 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 116 )	A	103 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 141 )	A	117 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	142 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 171 )	A	156 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 197 )	A	172 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 198 through 232 )	A	198 - 232
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 233 through 254 )	A	233 - 254
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 255 through 282 )	A	255 - 282
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 283 through 297 )	A	283 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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