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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u5z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with JLJ353 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / REVERSE TRANSCRIPTASE / ANTIVIRAL / DRUG DESIGN / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hollander, K. / Carter, Z. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design, synthesis, and biological testing of biphenylmethyloxazole inhibitors targeting HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Carter, Z.J. / Hollander, K. / Spasov, K.A. / Anderson, K.S. / Jorgensen, W.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 769.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4g1qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-LE8 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 50 mM imidazole pH 6.4, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.299→80.081 Å / Num. obs: 56437 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 61.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.299→2.338 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2831 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.873 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4G1Q 解像度: 2.3→48.9 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.11 Å2 / Biso mean: 74.3874 Å2 / Biso min: 28.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.9 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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