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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u58 | ||||||
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タイトル | YcaO-mediated ATP-dependent peptidase activity in ribosomal peptide biosynthesis | ||||||
要素 | MusD | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ripps / Ycao domain / musD / Cyanobactin | ||||||
機能・相同性 | Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / ユビキチン活性化酵素 / MusD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023 タイトル: YcaO-mediated ATP-dependent peptidase activity in ribosomal peptide biosynthesis. 著者: Yiwu Zheng / Satish K Nair / 要旨: YcaO enzymes catalyze ATP-dependent post-translation modifications on peptides, including the installation of (ox/thi)azoline, thioamide and/or amidine moieties. Here we demonstrate that, in the ...YcaO enzymes catalyze ATP-dependent post-translation modifications on peptides, including the installation of (ox/thi)azoline, thioamide and/or amidine moieties. Here we demonstrate that, in the biosynthesis of the bis-methyloxazolic alkaloid muscoride A, the YcaO enzyme MusD carries out both ATP-dependent cyclodehydration and peptide bond cleavage, which is a mechanism unprecedented for such a reaction. YcaO-catalyzed modifications are proposed to occur through a backbone O-phosphorylated intermediate, but this mechanism remains speculative. We report, to our knowedge, the first characterization of an acyl-phosphate species consistent with the proposed mechanism for backbone amide activation. The 3.1-Å-resolution cryogenic electron microscopy structure of MusD along with biochemical analysis allow identification of residues that enable peptide cleavage reaction. Bioinformatics analysis identifies other cyanobactin pathways that may deploy bifunctional YcaO enzymes. Our structural, mutational and mechanistic studies expand the scope of modifications catalyzed by YcaO proteins to include peptide hydrolysis and provide evidence for a unifying mechanism for the catalytically diverse outcomes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u58.cif.gz | 233.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u58.ent.gz | 184.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u58 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 26344MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88844.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア) 株: PCC 7906 / 遺伝子: musD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q0TWV7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MusD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 88.76 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: HEPES pH 7.5. 25 mM KCl. |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.33 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123786 / 対称性のタイプ: POINT |