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- PDB-7u56: Crystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Klebsiella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u56
タイトルCrystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae in complex with AMP
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / cell wall formation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of D-alanine--D-alanine ligase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae in complex with AMP
著者: Abendroth, J. / Bolejack, M.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,16918
ポリマ－83,7882
非ポリマー1,38116
水13,583754
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.350, 115.420, 68.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 41893.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: ddl, KPHS_10610 / プラスミド: KlpnC.00137.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GSI5, D-alanine-D-alanine ligase

-
非ポリマー , 5種, 770分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Anatrace/Calibre MCSG1 screen, condition B11: 200mM magnesium chloride, 100mM TrisBase / HCl pH 8.5, 20% (w/V) PEG 8000: KlpnC.00137.a.B1.PW38983 at 17mg/ml + 3mM Magensium chloride + 3mM AMP: ...詳細: Anatrace/Calibre MCSG1 screen, condition B11: 200mM magnesium chloride, 100mM TrisBase / HCl pH 8.5, 20% (w/V) PEG 8000: KlpnC.00137.a.B1.PW38983 at 17mg/ml + 3mM Magensium chloride + 3mM AMP: tray: 322140 B11: cryo: 20% EG, puck: ody5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月10日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 65184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.136 % / Biso Wilson estimate: 27.571 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 16.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.96.1330.6462.7447500.8150.706100
1.9-1.956.1710.4893.6546430.8890.534100
1.95-2.016.1790.3984.4745270.9240.434100
2.01-2.076.1830.3185.6443740.9460.347100
2.07-2.146.1860.2527.0142870.9670.275100
2.14-2.216.190.2048.6441070.9790.223100
2.21-2.296.1930.1799.7339700.9840.196100
2.29-2.396.1890.13912.2638440.990.152100
2.39-2.496.1940.12113.8936940.9920.132100
2.49-2.626.2010.10815.3135380.9940.118100
2.62-2.766.1780.08718.633450.9950.095100
2.76-2.936.1720.07221.8231890.9970.079100
2.93-3.136.1380.06225.1230200.9970.067100
3.13-3.386.1350.05129.1428090.9980.056100
3.38-3.76.0850.04334.4225910.9990.047100
3.7-4.146.0470.03737.8823570.9990.041100
4.14-4.786.0320.03541.6120940.9990.038100
4.78-5.855.9570.03640.518030.9990.03999.9
5.85-8.275.7990.03740.7914170.9980.041100
8.27-505.2180.03543.648250.9980.03998.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3i12 as per Morda

3i12


解像度: 1.85→39.13 Å / SU ML: 0.1947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.9761
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 1967 3.02 %0
Rwork0.1617 63212 --
obs0.1628 65179 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5119 0 84 755 5958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88687229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0618862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.30411945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.27871260.23154476X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.2361530.20024425X-RAY DIFFRACTION99.98
1.95-20.20831210.18124465X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.2261400.16654460X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.19791500.16484473X-RAY DIFFRACTION99.98
2.14-2.230.21851500.16744466X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.23121450.16264461X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.21431540.15794514X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.610.19051210.16314476X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.20821360.16444532X-RAY DIFFRACTION99.98
2.81-3.090.20071330.1654542X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.21841480.15274534X-RAY DIFFRACTION99.96
3.54-4.460.15841410.144612X-RAY DIFFRACTION100
4.46-39.130.17531490.16094776X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76570871526-0.581837512336-0.3570909414654.5308312385-1.445673415996.120237559130.01731569185220.231269717414-0.496267760919-0.1650630540050.08245050456140.1731909017340.899159638574-0.0575616956118-0.08659526462340.3000275247310.0165129727329-0.01545814884350.278836329814-0.05449813480710.21016653249441.5171236361-26.7268789439-21.5190406311
23.441878408721.390399346823.488379516380.5597381172871.430879631163.913480367270.05292348312661.04242330173-0.670593611699-1.037797327830.05665178640280.7143083488080.494323608872-0.207217566734-0.207448858680.832594765745-0.0738954804062-0.2390669369720.666661438687-0.1797038311160.51923330851640.8864472348-35.7081557378-19.604910196
31.53574153523-1.300561284090.4207703813291.99880541134-1.778071007992.483601568660.03874339131570.129632766048-0.214287551265-0.0750932240354-0.01684870591860.0903616462870.0780090534951-0.171551862937-0.007805138521720.103669379696-0.00667053878974-0.01113264078960.145727235088-0.03612680661150.15126919950842.2743051018-20.4794519025-9.80049158123
41.255933230560.905069255309-0.1457714390811.37286601858-0.3903477582471.10510690553-0.03700690998480.141675741941-0.0699405105967-0.07799223166830.1196565642570.120363154640.119767522027-0.117417220534-0.09169327473990.0924027033053-0.000292987406449-0.01951734139180.142245975340.002071286283070.1158208854029.33753623817-17.4054650342-13.7418350065
51.75251532122-0.3835150851570.9667430741011.263347344940.01228950103242.444948271870.0562984491160.1176431554780.000611153355938-0.10521393506-0.00139537714083-0.04790537995270.0594332613520.130582818047-0.0639507993360.0973772186277-0.01470671729260.01546538913450.1167995994450.006005277888640.090877789330628.323291609-10.147647371-26.9848579594
62.61861173952-0.0797474649144-0.8919625449851.251803549760.09387777783342.969904990640.0883468493209-0.5200539557760.2880648139540.1940357773480.0105619807134-0.153337791334-0.1445201735990.317137553074-0.07197738011940.142132776146-0.00411522939119-0.01780465625970.184670658161-0.04120072272950.16973727595340.1956887809-17.931204647415.1851121708
74.23696489205-3.384889540131.474351217222.7441187427-1.348296551010.9731760858510.1009246085010.168982976232-0.0638497085011-0.072848780117-0.138511678892-0.0843736959210.03867205150040.07644947254780.02006486876180.111994564957-0.00982523210485-0.007333762918170.107333581858-0.01273311754260.12141316600134.3192188381-21.56466267831.93561862029
83.052872870252.016144415040.03426836947442.410243161250.2376922946220.3686876439690.009458921084120.1148882623440.309465075616-0.02668801692910.02429501196740.0268292848361-0.08078544432550.0194442659707-0.02499721155150.1376252040310.0174986238223-0.01421764442180.09979588145460.01875519186690.14573351052128.09190854579.76016366972-6.00714639436
90.718110031587-0.203620851387-0.1064559638331.07552939546-0.3867646110121.34652658471-0.0115550517035-0.0751319568760.06804755840840.1236018152020.04088901689110.0317931188367-0.140400724722-0.0561697026544-0.02888735408360.1076872685620.00210612788333-0.01104255717050.117601463535-0.005896491421180.11089100531419.5495369044-6.120919673989.47330077141
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 68 )AA13 - 681 - 56
22chain 'A' and (resid 69 through 89 )AA69 - 8957 - 77
33chain 'A' and (resid 90 through 142 )AA90 - 14278 - 130
44chain 'A' and (resid 143 through 236 )AA143 - 236131 - 222
55chain 'A' and (resid 237 through 375 )AA237 - 375223 - 346
66chain 'B' and (resid 14 through 89 )BJ14 - 891 - 76
77chain 'B' and (resid 90 through 151 )BJ90 - 15177 - 138
88chain 'B' and (resid 152 through 224 )BJ152 - 224139 - 209
99chain 'B' and (resid 225 through 373 )BJ225 - 373210 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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